Software pro strukturální vyrovnání - Structural alignment software
Tento seznam strukturálního srovnávacího a srovnávacího softwaru je kompilace softwarových nástrojů a webových portálů používaných v páru nebo více strukturální srovnání a strukturální vyrovnání.
Strukturální srovnání a zarovnání
| NÁZEV | Popis | Třída | Typ | Flexibilní | Odkaz | Autor | Rok |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAMUT | MAmravenčení Molekulární Mvůně Ózískané z THeory | Ca | Pár | Ne | serveru stažení | CEM Strauss & AR Ortiz | 2002 |
| CE | Combinatorial Eprodloužení | Ca | Pár | Ne | serveru | I. Shindyalov | 2000 |
| CE-MC | Combinatorial Extension-Monte Carlo | Ca | Multi | Ne | serveru | C. Guda | 2004 |
| DaliLite | Djistice Matrix Alivláda | C-mapa | Pár | Ne | server a stáhnout | L. Holm | 1993 |
| TM-align | TM-struktura proteinu založená na skóre sladitment | Ca | Pár | nula | server a stáhnout | Y. Zhang & J. Skolnick | 2005 |
| mTM-align | Zarovnání více proteinových struktur na základě TM-align | Ca | Multi | Ne | server a stáhnout | R. Dong, Z. Peng, Y. Zhang a J. Yang | 2018 |
| VAST | PROTIector Alignment Shledat Tool | SSE | Pár | nula | serveru | Bryant | 1996 |
| Hranol | Protein Jánformatika Systems for Modeling | SSE | Multi | nula | serveru | B. Honig | 2000 |
| VOČKO | Molekulární Óperating Eprostředí. Rozsáhlá platforma pro modelování struktury proteinů a proteinových ligandů. | Ca, AllA, Seq | Multi | Ne | stránky | Skupina pro chemické výpočty | 2000 |
| SSAP | Sekvivalenční Struktura Alignment Program | SSE | Multi | Ne | serveru | C. Orengo a W. Taylor | 1989 |
| SARF2 | Spatial ARpáteře Fřádky | SSE | Pár | nula | serveru | N. Alexandrov | 1996 |
| KENOBI / K2 | NA | SSE | Pár | nula | serveru | Z. Weng | 2000 |
| RAZÍTKO | SVATÝructural Alignment z Multiple Pbílkoviny | Ca | Multi | Ne | stažení serveru | R. Russell a G. Barton | 1992 |
| HMOTNOST | Multiple Alignment od Ssekundární Struktura | SSE | Multi | Ne | serveru | O. Dror a H. Wolfson | 2003 |
| SCALI | Structural CRuda ALIgnment proteinů | Seq / C-mapa | Pár | nula | serveru stažení | X. Yuan & C. Bystroff | 2004 |
| DEJAVU | NA | SSE | Pár | nula | serveru | GJ. Kleywegt | 1997 |
| SSM | Ssekundární Struktura Msvědění | SSE | Multi | nula | serveru | E. Krissinel | 2003 |
| SHEBA | Structural Homologie od EprostředíBased Alignment | Sekv | Pár | nula | serveru | J Jung & B Lee | 2000 |
| LGA[1] | Local-Global Alignment a měřítko podobnosti struktury Global Distance Test (GDT-TS) | Cα, AllA, jakýkoli atom | Pár | nula | server a stáhnout | A. Zemla | 2003 |
| POSA | Pumělecké Órder Struktura Alignment | Ca | Multi | Ano | serveru | Y. Ye & A. Godzik | 2005 |
| PyMOL | Příkaz „super“ provede 3D sekvenčně nezávislé zarovnání | Protein | Hybridní | Ne | stránky | W. L. DeLano | 2007 |
| TLUSTÁ KOČKA | Flexibilní struktura AlignmenT podle Chaining Apřidělil pár fragmentů umožňující Tzápěstí | Ca | Pár | Ano | serveru | Y. Ye & A. Godzik | 2003 |
| dekonstruovat | Hledání v databázi na substrukturální úrovni a párové zarovnání. | SSE | Multi | Ne | serveru | ZH. Zhang a kol. | 2010 |
| Matras | MArkovian TRASekce bílkovin Struktura | Ca & SSE | Pár | nula | serveru | K. Nishikawa | 2000 |
| MAMMOTH-mult | MAMUT- více zarovnání struktury | Ca | Multi | Ne | serveru | D. Lupyan | 2005 |
| Protein3Dfit | NA | C-mapa | Pár | nula | serveru | D. Schomburg | 1994 |
| HRDOST | PRpoddajnost IDEntity | Ca | Pár | nula | serveru | S. Pongor | 2002 |
| RYCHLE | FAST Alignment a Shledat Tool | Ca | Pár | nula | serveru | J. Zhu | 2004 |
| C-BOP | Cpodřízený-Based Óorganizace Pbílkoviny | N / A | Multi | nula | serveru | E. Sandelin | 2005 |
| Zisk | Protein nejméně čtverců Vejít seting | Ca | Multi | nula | serveru | ACR. Martin | 1996 |
| TOPOFIT | Zarovnání jako superpozice běžných objemů v bodě topomax | Ca | Pár | nula | serveru | VA. Ilyin | 2004 |
| MUSTANG | MUprvní SVATÝructural AligNduševníGoritmus | Ca & C-mapa | Multi | nula | stažení | TAK JAKO. Konagurthu et al. | 2006 |
| URMS | Unit-vektor RMSD | Ca | Pár | nula | serveru | K. Kedem | 2003 |
| ZÁMEK | Hierarchická superpozice proteinové struktury | SSE | Pár | Ne | NA | AP. Singh | 1997 |
| ZÁMEK 2 | Vylepšení oproti LOCK | SSE | Pár | Ne | stažení | J. Shapiro | 2003 |
| CBA | Consistency Based Alignment | SSE | Multi | nula | stažení | J. Ebert | 2006 |
| TetraDA | Tetrakatedrála Decomposition Alignment | SSE | Multi | Ano | NA | J. Roach | 2005 |
| POPRUH | STRna základě struktury Alignment Program | Ca | Multi | nula | serveru | C. Gille | 2006 |
| LOVOALIGN | Lou Órder PROTIalue Óptimizační metody pro strukturální Zarovnatment | Ca | Pár | nula | serveru | Andreani et al. | 2006 |
| GANGSTA | Genetický Aalgoritmus pro Non-sekvenční, Gaplikovaný protein SVATÝzničení Alignment | SSE / C-mapa | Pár | Ne | serveru | B. Kolbeck | 2006 |
| GANGSTA + | Kombinatorický algoritmus pro nesekvenční a mezerové strukturální zarovnání | SSE / C-mapa | Pár | Ne | serveru | A. Guerler & E.W. Knapp | 2008 |
| MatAlign[2] | Srovnání struktury bílkovin podle Rohožrix Zarovnatment | C-mapa | Pár | nula | stránky | Z. Aung & K.L. Opálení | 2006 |
| Vorolign | Rychlé vyrovnání struktury pomocí kontaktů Voronoi | C-mapa | Multi | Ano | serveru | F. Birzele et al. | 2006 |
| EXPRESSO | Rychlé vícenásobné strukturální vyrovnání pomocí T-Coffee a Sap | Ca | Multi | nula | stránky | C. Notredame et al. | 2007 |
| CAALIGN | Ca Align | Ca | Multi | nula | stránky | T.J. Oldfield | 2007 |
| YAKUSA | Interní souřadnice a algoritmus typu BLAST | Ca | Pár | nula | stránky | M. Carpentier et al. | 2005 |
| BLOMAPY | Zarovnání abecedy založené na konformaci | Ca | Multi | nula | serveru | W-M. Zheng & S.Wang | 2008 |
| CLEPAPS | Zarovnání abecedy založené na konformaci | Ca | Pár | nula | serveru | W-M. Zheng & S.Wang | 2008 |
| TALI F | Torsion Angle ALIvláda | Ca | Pár | Ne | NA | X. Mioa | 2006 |
| MolCom | NA | Geometrie | Multi | nula | NA | S.D. O'Hearn | 2003 |
| MALECON | NA | Geometrie | Multi | nula | NA | S. Wodak | 2004 |
| FlexProt | Flexible Zarovnání Protein Struktury | Ca | Pár | Ano | serveru | M. Shatsky & H. Wolfson | 2002 |
| MultiProt | Multiple Zarovnání Protein Struktury | Geometrie | Multi | Ne | serveru | M. Shatsky & H. Wolfson | 2004 |
| CTSS | Zarovnání struktury bílkovin pomocí lokálních geometrických prvků | Geometrie | Pár | nula | stránky | T. Can | 2004 |
| KŘIVKA | NA | Geometrie | Multi | Ne | stránky | D. Zhi | 2006 |
| Matt | Multiple Alignment s Tvýkupné a Tzápěstí | Ca | Multi | Ano | serveru stažení | M. Menke | 2008 |
| TopMatch[3] | Zarovnání struktury proteinů a vizualizace strukturních podobností; zarovnání komplexů multiproteinů | Ca | Pár | Ne | serveru stažení | M. Sippl a M. Wiederstein | 2012 |
| SSGS | Ssekundární Struktura Guided Superimposition | Ca. | Pár | Ne | stránky | G. Wainreb et al. | 2006 |
| Matchprot | Srovnání proteinových struktur rostoucím sousedstvím | Ca | Pár | Ne | serveru | S. Bhattacharya et al. | 2007 |
| UCSF Chimera | vidět Dohazovač nástroj a příkaz „dohazovač“ | Sekvence a SSE | Multi | Ne | stránky | E. Meng et al. | 2006 |
| BLIKAT | Fast aLzapálení Aalgoritmus pro hledání Structural Homologie bílkovin | SSE | Pár | Ne | NA | E.S.C. Shih & M-J Hwang | 2003 |
| RAPIDO | Rapid Alignment z Pproteinové struktury Ján přítomnost Domain mÓvements | Ca | Pár | Ano | serveru | R. Mosca & T.R. Schneider | 2008 |
| ComSubstruct | Strukturální zarovnání založené na diferenciálním geometrickém kódování | Geometrie | Pár | Ano | stránky | N. Morikawa | 2008 |
| ProCKSI | Protein (struktura) Comparison, K.nyní, Spodobnost a Jáinformace | jiný | Pár | Ne | stránky | D. Barthel et al. | 2007 |
| SARST | Shledání podobnosti truktury Aidentifikován Ramachandran Sekvivalenční Transformace | Ca | Pár | nula | stránky | TOALETA. hle et al. | 2007 |
| Zarovnání Fr-TM | Fr.agmentaceTM- proteinová struktura založená na skóre sladitment | Ca | Pár | Ne | stránky | S.B. Pandit a J. Skolnick | 2008 |
| TOPY + POROVNÁNÍ | Porovnání topologických modelů proteinových struktur vylepšených informací o ligandu | Topologie | Pár | Ano | serveru | M. Veeramalai a D. Gilbert | 2008 |
| TOPS ++ FATCAT | Flexibilní struktura AlignmenT podle Chaining Apřidělil pár fragmentů umožňující Tzápěstí odvozené od TOPS + Řetězcový model | Ca | Pár | Ano | serveru | M. Veeramalai et al. | 2008 |
| MolLoc | Molradostný Local Zarovnání povrchu | Surfovat | Pár | Ne | serveru | ME Bock et al. | 2007 |
| FASE | Flexibilní Alignment z Ssekundární struktura Elementy | SSE | Pár | Ano | NA | J. Vesterstrom a W. R. Taylor | 2006 |
| SABERTOOTH | Strukturální vyrovnání proteinů na základě vektorové reprezentace struktury | Ca | Pár | Ano | serveru | F. Teichert et al. | 2007 |
| KAMEN | NA | Ca | Pár | Ne | stránky | C. Eslahchi et al. | 2009 |
| SALIGN | Hybridní metoda se sekvenční strukturou | Sekv | Multi | Ne | stránky | SLEČNA. Madhusudhan et al. | 2007 |
| MAX-PÁRY | NA | Ca | Pár | Ne | stránky | A. Poleksic | 2009 |
| TESEUS | Maximální pravděpodobnost superpozice | Ca | Multi | Ne | stránky | D.L. Theobald & D.S.Wuttke | 2006 |
| TABULKAVyhledávání | Strukturální vyhledávání a načítání pomocí tabla reprezentace vzorů skládání proteinů | SSE | Pár | Ne | serveru | TAK JAKO. Konagurthu et al. | 2008 |
| QP Tableau Search | Hledání proteinové substruktury založené na tablu pomocí kvadratického programování | SSE | Pár | Ne | stažení serveru | A. Stivala et al. | 2009 |
| ProSMoS | Protein Struktura Motif Shledat | SSE | Pár | Ne | serveru stažení | S. Shi et al. | 2007 |
| MISTRAL | Energetické vícenásobné strukturní vyrovnání proteinů | Ca | Multi | Ne | serveru | C. Micheletti a H. Orland | 2009 |
| MSVNS pro MaxCMO | Jednoduchá a rychlá heuristika pro srovnání struktury proteinů | C-mapa | Pár | Ne | stránky | D. Pelta et al. | 2008 |
| Strukturální | Minimální kvadratická odmocnina Minimalizace odchylek čtverce dynamickým programováním | Ca | Pár | Ne | serveru stažení | Gerstein & Levitt | 2005 |
| ProBiS[4] | Detekce strukturně podobných Protein Binding Sit by Local Structural Alignment | Surfovat | Pár | Ano | serveru stažení | J. Konc & D. Janezic | 2010 |
| ALADYN | Dynna bázi amics Alzapalování: superpozice proteinů sladěním jejich kolektivních pohybů | Ca | Pár | Ne | serveru | Potestio et al. | 2010 |
| SWAPSC | Svíčko Žindow Analýza Ppostup pro detekci Svolitelný Constraints pro analýzu genetických dat strukturovaných pro rodinný nebo fylogenetický strom s využitím omezení v zarovnání sekvencí kódujících proteiny. | Sekv | Multi | Ano | Server | Mario A. Tares | 2004 |
| SA Tableau Search | Rychlé a přesné vyhledávání proteinové substruktury se simulovaným žíháním a GPU | SSE | Pár | Ne | stažení serveru | A. Stivala et al. | 2010 |
| RCSB PDB Nástroj pro srovnání proteinů | Poskytuje varianty CE, FATCAT, CE Kruhové obměny, Sekvenční zarovnání | Ca | Pár | Ano | serveru stažení | A. Prlic et al. | 2010 |
| CSR | Maximální běžný 3D motiv; neparametrické; výstupy párové korespondence; funguje také na malých molekulách | SSE nebo Ca | Pár | Ne | serveru stažení | M. Petitjean | 1998 |
| EpitopeMatch | nespojitá shoda struktury; zvážení indukovaného přizpůsobení; flexibilní definice geometrické a fyzikálně-chemické specifičnosti; transplantace podobných prostorových uspořádání aminokyselinových zbytků | Ca-AllA | Multi | Ano | stažení | S. Jakuschev | 2011 |
| KLIKNĚTE | Porovnání 3D struktury nezávislé na topologii | SSE & Ca & SASA | Pár | Ano | serveru | M. Nguyen | 2011 |
| Smolign | Spatial mostrukturní proteinový protein na bázi tif alignment | SSE & C-mapa | Multi | Ano | stažení | H. Sun | 2010 |
| 3D tryskání | Porovnání trojrozměrné hustoty tvaru | Hustota | Pár | Ne | serveru | L. Mavridis et. al. | 2011 |
| DEDAL | DEskriptátor Dusilovně ALzapálení | SSE & Ca & C-mapa | Pár | Ano | serveru | P. Daniluk & B. Lesyng | 2011 |
| msTALI | multiple Svatýzničení ALIvláda | Cα & Dihed & SSE & Surf | Multi | Ano | serveru | P. Shealy a H. Valafar | 2012 |
| mulPBA | multiple PB zarovnání sekvence | PB | Multi | Ano | NA | A.P. Joseph et. al. | 2012 |
| SAS-Pro | Snesmyslný Alignment a Superimposition of PROteins | ??? | Pár | Ano | serveru | Shah & Sahinidis | 2012 |
| MIRAGE - zarovnání | Match Jámetoda strukturálního vyrovnání založená na ndexu | SSE a OOP | Pár | Ne | webová stránka | K. Hung et. al. | 2012 |
| SPalign | Struktura Pvzduchově sladitment | Ca | Pár | Ne | serveru stažení | Y. Yang et.al. | 2012 |
| Kpax | Rychlé zarovnání pomocí Gaussova překrytí | jiný | Pár | Ne | webová stránka | D.W. Ritchie et. al. | 2012 |
| DeepAlign[5] | Zarovnání struktury proteinů mimo prostorovou blízkost (zohledňují se evoluční informace a vodíkové vazby) | Cα + Seq | Pár | Ne | stažení serveru | S. Wang a J. Xu | 2013 |
| 3DCOMB[6] | rozšíření DeepAlign | Ca | Multi | Ne | stažení serveru | S. Wang a J. Xu | 2012 |
| TS-AMIR[7] | Metoda zarovnání řetězce topologie pro intenzivní rychlé porovnání struktury proteinů | SSE a Ca | Pár | Ne | NA | J. Razmara et. al. | 2012 |
| MICAN[8] | MICAN zvládne Multra-řetězy, Jánverzní zarovnání, C pouze modely α, Aalternativní zarovnání a Npostupné zarovnání | Ca | Pár | Ne | stažení | S.Minami et. al. | 2013 |
| SPalignNS[9] | Struktura Pvzduchově sladitment Nna-Sekvivalenční | Ca | Pár | Ne | serveru stažení | P. Brown et.al. | 2015 |
| Fit3D[10] | vysoce přesný screening malých strukturních motivů s definicí pozičně specifických výměn, detekcí intra- a inter-molekulárních výskytů, definicí libovolných atomů použitých pro zarovnání motivu | AllA, Ca | Multi | Ne | serveru stažení | F. Kaiser et al. | 2015 |
| MMLigner[11] | Bayesovské statistické závěry o zarovnání na základě teorie informace a komprese. | Ca | Pár | Ano | serveru stažení | J. Collier et al. | 2017 |
Klíčová mapa:
- Třída:
- Ca - zarovnání páteřního atomu (Ca);
- AllA - Zarovnání všech atomů;
- SSE - Zarovnání prvků sekundární struktury;
- Sekv - Zarovnání podle sekvence
- Pár - Pairwise Alignment (2 struktury * pouze *);
- Multi - Zarovnání více struktur (MStA);
- C-mapa - Mapa kontaktů
- Surfovat - Connolly Molecular Surface Alignment
- SASA - Plocha přístupná rozpouštědlům
- Dihed - Dihedral Backbone Angles
- PB - Proteinové bloky
- Flexibilní:
- Ne - Mezi srovnávanými strukturami jsou uvažovány pouze transformace tuhého těla.
- Ano - Metoda umožňuje určitou flexibilitu ve srovnávaných strukturách, jako jsou pohyby kolem oblastí závěsů.
Reference
- ^ Zemla A (2003). „LGA: Metoda pro zjištění 3D podobností v proteinových strukturách“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (13): 3370–3374. doi:10.1093 / nar / gkg 571. PMC 168977. PMID 12824330.
- ^ Aung, Zeyar; Kian-Lee Tan (prosinec 2006). Msgstr "MatAlign: Přesné srovnání struktury proteinů podle zarovnání matice". Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 4 (6): 1197–216. doi:10.1142 / s0219720006002417. PMID 17245810.
- ^ Sippl, M .; Wiederstein, M. (2012). „Detekce prostorových korelací v proteinových strukturách a molekulárních komplexech“. Struktura. 20 (4): 718–728. doi:10.1016 / j.str.2012.01.024. PMC 3320710. PMID 22483118.
- ^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). „Algoritmus ProBiS pro detekci strukturně podobných vazebných míst pro proteiny lokálním strukturním srovnáním“. Bioinformatika. 26 (9): 1160–1168. doi:10.1093 / bioinformatika / btq100. PMC 2859123. PMID 20305268.
- ^ Wang, Sheng; Jianzhu Ma; Jian Peng; Jinbo Xu (březen 2013). "Zarovnání struktury proteinů za prostorovou blízkost". Vědecké zprávy. 3: 1448. doi:10.1038 / srep01448. PMC 3596798. PMID 23486213.
- ^ Wang, Sheng; Jian Peng; Jinbo Xu (září 2011). "Zarovnání vzdáleně souvisejících proteinových struktur: algoritmus, vazba a důsledky pro modelování homologie". Bioinformatika. 27 (18): 2537–45. doi:10.1093 / bioinformatika / btr432. PMC 3167051. PMID 21791532.
- ^ Razmara, Jafar; Safaai Deris; Sepideh Parvizpour (únor 2012). „TS-AMIR: metoda zarovnání topologického řetězce pro intenzivní rychlé porovnání struktury proteinů“. Algoritmy pro molekulární biologii. 7 (4): 4. doi:10.1186/1748-7188-7-4. PMC 3298807. PMID 22336468.
- ^ Minami, S .; Sawada K .; Chikenji G. (leden 2013). „MICAN: algoritmus zarovnání proteinové struktury, který zvládne více řetězců, inverzní zarovnání, modely pouze s Ca, alternativní zarovnání a nesekvenční zarovnání“. BMC bioinformatika. 14 (24): 24. doi:10.1186/1471-2105-14-24. PMC 3637537. PMID 23331634.
- ^ Brown, P .; Pullan W .; Yang Y .; Zhou Y. (říjen 2015). „Rychlé a přesné nesekvenční sladění struktury proteinů pomocí nové heuristiky asymetrického přiřazení lineárního součtu“. Bioinformatika. 32 (3): 370–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btv580. PMID 26454279.
- ^ Kaiser, F .; Eisold A .; Bittrich S .; Labudde D. (říjen 2015). „Fit3D: webová aplikace pro vysoce přesné testování vzorů prostorových výsledků v datech struktury proteinů“. Bioinformatika. 32 (5): 792–4. doi:10.1093 / bioinformatika / btv637. PMID 26519504.
- ^ Collier, J .; Allison L .; Lesk A .; Stuckey P .; Garcia de la Banda M .; Konagurthu A. (duben 2017). „Statistická inference strukturních vyrovnání proteinů pomocí informací a komprese“. Bioinformatika. 33 (7): 1005–13. doi:10.1093 / bioinformatika / btw757. PMID 28065899.