ProBiS - ProBiS - Wikipedia

ProBiS
Vývojáři	Insilab (Národní chemický institut Slovinsko)
První vydání	2010; před 10ti lety
Napsáno	C ++, Java Script, PHP
Operační systém	Unixový, Okna
Typ	webový server, zapojit, algoritmus, databáze
webová stránka	probis.cmm.ki.si

ProBiS je počítač software což umožňuje predikci vazebných míst a jejich odpovídajících ligandů pro danou proteinovou strukturu. ProBiS byl původně vyvinut jako algoritmus ProBiS Janezem Koncem a Dušankou Janežič v roce 2010^[1] a je nyní k dispozici jako server ProBiS, server ProBiS CHARMMing, algoritmus ProBiS a plugin ProBiS. Název ProBiS pochází z účelu samotného softwaru, tj. Předpovídat daný Proteinová struktura Binding Sa jejich odpovídající ligandy.

Popis

Software ProBiS byl spuštěn jako algoritmus ProBiS, který detekuje strukturně podobné stránky na proteinových površích pomocí lokálního vyrovnání povrchové struktury pomocí rychlý maximální klikový algoritmus. Algoritmus ProBiS byl následován serverem ProBiS, který poskytuje přístup k programu ProBiS, který detekuje vazebná místa pro proteiny na základě lokálních strukturálních zarovnání. K dispozici jsou dva servery ProBiS, server ProBiS a server ProBiS CHARMMing. Ten spojuje ProBiS a CHARMMing servery do jedné funkční jednotky, která umožňuje predikci komplexů protein-ligand a umožňuje jejich optimalizaci geometrie a výpočet energie interakce. Server ProBiS CHARMMing s těmito doplňkovými funkcemi lze používat pouze na adrese Národní institut zdraví, USA. Jinak funguje jako běžný server ProBiS. Navíc ProBiS PyMOL plugin a ProBiS UCSF Chimera plugin byl vytvořen. Oba pluginy jsou připojeny přes internet k nově připravené databázi předem vypočítaných srovnání vazebných míst, aby bylo možné rychle předpovědět vazebná místa ve stávajících proteinech z Protein Data Bank. Umožňují prohlížení předpokládaných vazebných míst a póz ligandů v trojrozměrné grafice.

Nástroje pro tvorbu proteinů

Ukázkový výstup softwaru ProBiS pro detekci strukturně podobných vazebných míst.

Ukázkový výstup softwaru ProBiS pro párové vyrovnání dvou proteinů.

Detekujte strukturně podobná vazebná místa: Tento nástroj bere jako vstup dotazovaný protein nebo vazebné místo. Algoritmus ProBiS strukturně srovnává dotaz nezávisle na sekvenci nebo záhybu s databází neredundantních proteinových struktur. Výstupem tohoto nástroje je 3D dotazovaný protein zbarvený stupni strukturální konzervace od modré (nekonzervované) po červenou (strukturálně konzervovanou) v prohlížeči Jmol a tabulku podobných proteinů.
Párové místní strukturální vyrovnání: Tento nástroj bere jako vstup dva proteiny nebo vazebná místa. Algoritmus ProBiS porovnává struktury založené na geometrii i fyzikálně-chemických vlastnostech a vrací jejich místní strukturní zarovnání.
Webový server ProBiS RESTful Web Services: Webový server ProBiS obsahuje webové služby RESTful (Representational State Transfer), díky nimž jsou vazebné stránky podobné a místní párové zarovnání pro jakoukoli strukturu proteinu PDB snadno přístupné z libovolného skriptu.
Přístup k databázi ProBiS: ProBiS-Database lze přistupovat přímo ze serveru ProBiS (CHARMMing), widgetu ProBiS-Database, který lze zahrnout na jakoukoli webovou stránku, aby poskytoval přístup k ProBiS-databázi, nebo RESTful Web Services, díky nimž je ProBiS-databáze snadno přístupná z libovolného skript.

Dějiny

Algoritmus ProBiS pro detekci strukturně podobných vazebných míst pro proteiny lokálním strukturálním srovnáním (březen 2010)^[1]
ProBiS: Webový server pro detekci strukturně podobných vazebných míst pro proteiny (únor 2010)^[2]
Databáze ProBiS: Předpočítané podobnosti vazebných stránek a místní párové zarovnání struktur Pdb (prosinec 2011)^[3]
ProBiS - 2012: Webový server a webové služby pro detekci strukturně podobných vazebných míst v proteinech (únor 2012)^[4]
Parallel-ProBiS: Rychlý paralelní algoritmus pro lokální strukturní srovnání proteinových struktur a vazebných míst (březen 2012)^[5]
ProBiS-ligandy: webový server pro predikci ligandů zkoumáním vazebných míst pro proteiny (únor 2014)^[6]
ProBiS-Charmming: Webové rozhraní pro predikci a optimalizaci ligandů na stránkách vázajících proteiny (srpen 2015)^[7]

Reference

^ ^A ^b Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). „Algoritmus ProBiS pro detekci strukturně podobných vazebných míst pro proteiny lokálním strukturním srovnáním“. Bioinformatika. 26 (9): 1160–1168. doi:10.1093 / bioinformatika / btq100. PMC 2859123. PMID 20305268.^{[trvalý mrtvý odkaz ]}
^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). „ProBiS: Webový server pro detekci strukturně podobných vazebných míst pro proteiny“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s webovým serverem): W436 – W440. doi:10.1093 / nar / gkq479. PMC 2896105. PMID 20504855.
^ Tomo Česnik; Joanna Trykowska Konc; Matej Penca; Dušanka Janežič (2012). „ProBiS-Database: Precalculated Binding Site Simitiesities and Local Pairwise Alignments of Pdb Structures“. Journal of Chemical Information and Modeling. 52 (2): 604–612. doi:10.1021 / ci2005687. PMC 3287116. PMID 22268964.
^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2012). „ProBiS - 2012: Webový server a webové služby pro detekci strukturně podobných vazebných míst v proteinech“ (PDF). Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s webovým serverem): W214–21. doi:10.1093 / nar / gks435. PMC 3394329. PMID 22600737.
^ Janez Konc; Matjaz Depolli; Roman Trobec; Kati Rozman; Dušanka Janežič (2012). „Parallel-ProBiS: Rychlý paralelní algoritmus pro lokální strukturní srovnání proteinových struktur a vazebných míst“ (PDF). Journal of Computational Chemistry. 33 (27): 2199–2203. doi:10.1002 / jcc.23048. PMID 22718529. S2CID 12067419.
^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2014). „ProBiS-ligandy: webový server pro predikci ligandů zkoumáním vazebných míst pro proteiny“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s webovým serverem): W215–20. doi:10.1093 / nar / gku460. PMC 4086080. PMID 24861616.
^ Janez Konc; Benjamin T. Miller; Tanja Štular; Samo Lešnik; H. Lee Woodcock; Bernard R. Brooks; Dušanka Janežič (2015). „ProBiS-Charmming: Webové rozhraní pro predikci a optimalizaci ligandů na stránkách vázajících proteiny“. Journal of Chemical Information and Modeling. 55 (11): 2308–2314. doi:10.1021 / acs.jcim.5b00534. PMID 26509288.

externí odkazy

Server ProBiS

[Konc2010-1] A ^b Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). „Algoritmus ProBiS pro detekci strukturně podobných vazebných míst pro proteiny lokálním strukturním srovnáním“. Bioinformatika. 26 (9): 1160–1168. doi:10.1093 / bioinformatika / btq100. PMC 2859123. PMID 20305268.^{[trvalý mrtvý odkaz ]}

[2] Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). „ProBiS: Webový server pro detekci strukturně podobných vazebných míst pro proteiny“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s webovým serverem): W436 – W440. doi:10.1093 / nar / gkq479. PMC 2896105. PMID 20504855.

[3] Tomo Česnik; Joanna Trykowska Konc; Matej Penca; Dušanka Janežič (2012). „ProBiS-Database: Precalculated Binding Site Simitiesities and Local Pairwise Alignments of Pdb Structures“. Journal of Chemical Information and Modeling. 52 (2): 604–612. doi:10.1021 / ci2005687. PMC 3287116. PMID 22268964.

[4] Janez Konc; Dušanka Janežič (2012). „ProBiS - 2012: Webový server a webové služby pro detekci strukturně podobných vazebných míst v proteinech“ (PDF). Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s webovým serverem): W214–21. doi:10.1093 / nar / gks435. PMC 3394329. PMID 22600737.

[5] Janez Konc; Matjaz Depolli; Roman Trobec; Kati Rozman; Dušanka Janežič (2012). „Parallel-ProBiS: Rychlý paralelní algoritmus pro lokální strukturní srovnání proteinových struktur a vazebných míst“ (PDF). Journal of Computational Chemistry. 33 (27): 2199–2203. doi:10.1002 / jcc.23048. PMID 22718529. S2CID 12067419.

[6] Janez Konc; Dušanka Janežič (2014). „ProBiS-ligandy: webový server pro predikci ligandů zkoumáním vazebných míst pro proteiny“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s webovým serverem): W215–20. doi:10.1093 / nar / gku460. PMC 4086080. PMID 24861616.

[7] Janez Konc; Benjamin T. Miller; Tanja Štular; Samo Lešnik; H. Lee Woodcock; Bernard R. Brooks; Dušanka Janežič (2015). „ProBiS-Charmming: Webové rozhraní pro predikci a optimalizaci ligandů na stránkách vázajících proteiny“. Journal of Chemical Information and Modeling. 55 (11): 2308–2314. doi:10.1021 / acs.jcim.5b00534. PMID 26509288.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]