Steven A. Benner - Steven A. Benner

Steven Albert Benner
narozený (1954-10-23) 23. října 1954 (věk 66)[1]
NárodnostSpojené státy
Alma materuniverzita Yale
Harvardská Univerzita
Vědecká kariéra
PoleChemie, syntetická biologie
InstituceHarvardská Univerzita
ETH Curych
University of Florida Nadace pro aplikovanou molekulární evoluci
Doktorský poradceRobert Burns Woodward, Frank Westheimer
webová stránkahttp://www.ffame.org/

Steven Albert Benner (narozen 23. října 1954) byl profesorem na Harvardská Univerzita, ETH Curych a University of Florida kde byl V.T. & Významná profesorka chemie Louise Jackson. V roce 2005 založil The Westheimer Institute of Science and Technology (TWIST) a Foundation for Applied Molecular Evolution. Benner také založil společnosti EraGen Biosciences a Firebird BioMolecular Sciences LLC.

Benner a jeho kolegové byli první, kdo syntetizoval gen, počínaje polem syntetická biologie. Zasloužil se o založení oboru paleogenetika. Zajímá se o původ života a chemické podmínky a procesy potřebné k výrobě RNA. Benner pracoval s NASA vyvinout detektory pro cizí genetické materiály s využitím definice života vyvinuté pracovní skupinou NASA pro exobiologickou disciplínu v roce 1992, „soběstačný chemický systém schopný darwinovské evoluce“.[2][3][4][5]

Vzdělávání

Benner se zúčastnil univerzita Yale, přijímající jeho B.S./M.S. v molekulární biofyzice a biochemii v roce 1976. Poté šel do Harvardská Univerzita, který získal titul Ph.D. v chemii v roce 1979.[6] Pracoval pod dohledem Robert Burns Woodward, dokončil svou diplomovou práci Frank Westheimer po Woodwardově smrti. Jeho Ph.D. práce byla Absolutní stereochemie acetoacetát dekarboxylázy, betain-homocystein transmethylázy a 3-hydroxybutyrát dehydrogenázy.[7]

Kariéra

Po absolvování Harvardská Univerzita, Benner se stal spolupracovníkem na Harvardu a v roce 1982 obdržel Dreyfusovu cenu pro mladou fakultu. V letech 1982 až 1986 působil jako odborný asistent na katedře chemie na Harvardově univerzitě.[8]

V roce 1986 se Benner přestěhoval do ETH Curych, Švýcarský federální technologický institut v Curychu.[9] V letech 1986 až 1993 působil jako docent bioorganické chemie a v letech 1993 až 1996 jako profesor bioorganické chemie.[8]

Do roku 1996[10] Benner se připojil k fakultě na University of Florida jako profesor chemie a buněčné a molekulární biologie. Byl jmenován V.T. & Louise Jackson Distinguished Professor of Chemistry at the University of Florida's Department of Chemistry in 2004.[11]

Benner opustil University of Florida na konci prosince 2005 a založil The Westheimer Institute of Science and Technology (TWIST) na počest Frank Westheimer. Je součástí Nadace pro aplikovanou molekulární evoluci (FfAME) v Alachua, Florida, kterou Benner založil v roce 2001.[12]

Benner založil EraGen Biosciences v roce 1999. Společnost byla koupena společností Luminex v roce 2011.[13][14] V roce 2005 založil společnost Firebird BioMolecular Sciences LLC.[12][15][16]

Výzkum

Bennerův výzkum spadá do čtyř hlavních oblastí:

  1. rozšiřování genetické abecedy syntézou umělých struktur
  2. prebiotická chemie, rekreace chemického původu života
  3. paleogenetika, studium starověkých proteinů z dávno vyhynulých druhů
  4. detekce mimozemského života[17]

Laboratoř Benner je původcem oboru „syntetická biologie ", který se snaží generovat tím, že chemická syntéza, molekuly, které reprodukují komplexní chování živých systémů, včetně jejich genetiky, dědičnosti a evoluce. Níže jsou uvedeny některé hlavní body minulé práce v chemické genetice.

Genová syntéza

V roce 1984 Bennerova laboratoř na Harvardu jako první uvedla chemickou syntézu genu kódujícího enzym,[18][19][20] po Khoranově syntéze kratšího genu pro tRNA v roce 1970.[21] Toto byl první navržený gen jakéhokoli druhu, průkopnický úspěch, který položil základy proteinové inženýrství.[22] Strategie návrhu zavedené v této syntéze jsou nyní široce používány na podporu proteinového inženýrství.[23]

Umělé genetické systémy

Snahy o cíl umělých genetických systémů byly poprvé hlášeny Bennerem a spolupracovníky v roce 1989, kdy vyvinuli první nepřirozený základní pár.[24][25][26][27] Benner a jeho kolegové od té doby vyvinuli šestipísmenný uměle rozšířený genetický informační systém zvaný Uměle rozšířený genetický informační systém (AEGIS), který kromě dvou standardních nukleotidů (G, A, C a T) zahrnuje dva další nestandardní nukleotidy (Z a P).[28][29][30][31] AEGIS má vlastní podpůrnou molekulární biologii.[5] Umožňuje syntézu proteinů s více než 20 přirozeně kódovanými aminokyselinami a poskytuje pohled na to, jak nukleové kyseliny tvoří duplexní struktury, jak proteiny interagují s nukleovými kyselinami,[32] a jak by se v mimozemském životě mohly objevit alternativní genetické systémy.[33]

Benner je jedním z řady výzkumníků, včetně Erica T. Kool, Floyda E. Romesberga, Ichira Hiraa, Mitsuhiko Shionoyi a Andrew Ellingtona, kteří vytvořili rozšířenou abecedu syntetických bází, které lze začlenit do DNA (stejně jako RNA) pomocí Watson-Crickova lepení (stejně jako jiného než Watson-Crickova lepení). Zatímco většina z těchto syntetických bází jsou deriváty bází A, C, G, T, některé se liší. Zatímco některé jsou ve dvojicích Watson-Crick (A / T, C / G), některé se samy doplňují (X / X). Genetická abeceda se tak rozšířila.[15][25][27][34][35][36][37][38]:88–98

Počet možných tripletů nukleotidů, nebo kodony dostupné při syntéze proteinů závisí na počtu dostupných nukleotidů. Standardní abeceda (G, A, C a T) poskytuje 43 = 64 možných kodonů, zatímco rozšířená abeceda DNA s 9 bázemi DNA by měla 93 = 729 možných kodonů, z nichž mnohé jsou syntetické. Aby tyto kodony byly užitečné, Aminoacyl tRNA syntetáza byl vytvořen tak, že tRNA může kódovat možnou syntetickou aminokyselinu, která má být spojena s odpovídajícím syntetickým antikodonem. Brenner popsal takový systém, který používá syntetickou iso-C / iso-G DNA, která používá syntetický kodon DNA [iso-C / A / G], který nazývá 65. kodon. Syntetická mRNA se syntetickým antikodonem [iso-G / U / C] se syntetickou aminoacyl-tRNA syntetázou vede k in vivo experiment, který může kódovat syntetickou aminokyselinu zabudovanou do syntetických polypeptidů (syntetické proteomika ).[38]:100–106

Model „druhé generace“ pro nukleové kyseliny

Benner použil syntetickou organickou chemii a biofyziku k vytvoření modelu „druhé generace“ pro strukturu nukleových kyselin. Model první generace DNA navrhl James Watson a Francis Crick, na základě krystalizovaných rentgenových struktur, které studoval Rosalind Franklin. Podle dvojitá spirála model, DNA se skládá ze dvou komplementárních řetězců nukleotidů stočených kolem sebe.[39] Bennerův model zdůrazňuje roli páteře cukru a fosfátů v případě genetického molekulárního rozpoznávání. Polyanionová páteř je důležitá při vytváření rozšířené struktury, která pomáhá DNA replikovat se.[40][41][42]

V roce 2004 Benner ohlásil první úspěšný pokus navrhnout umělou molekulu podobnou DNA schopnou se samy reprodukovat.[22]

Sekvenování genomu a predikce struktury proteinu

Na konci 80. let Benner poznal potenciál projektů sekvenování genomu generovat miliony sekvencí a umožnit vědcům provádět rozsáhlé mapování molekulárních struktur v organické chemii. Na počátku 90. let se Benner setkal Gaston Gonnet, zahájením spolupráce, která aplikovala nástroje Gonnetu pro textové vyhledávání na správu proteinových sekvencí.[43][44] V roce 1990 ve spolupráci s Gaston Gonnet, laboratoř Benner představila pracovní stůl pro bioinformatiku DARWIN. DARWIN (analýza a vyhledávání dat pomocí indexovaných sekvencí nukleové kyseliny a peptidů) bylo programovací prostředí na vysoké úrovni pro zkoumání genomových sekvencí. Podporovala shodu genomových sekvencí v databázích a generovala informace, které ukazovaly, jak se přírodní proteiny mohou odlišně vyvíjet za funkčních omezení akumulací mutací, inzercí a delecí.[45] Na základě Darwina poskytla laboratoř Benner nástroje pro předpovědi trojrozměrné struktury proteinů ze sekvenčních dat. Informace o známých proteinových strukturách byly shromážděny a uvedeny na trh jako komerční databáze, hlavní katalog, od Bennerova startupu EraGen.[45]

Použití informací o více sekvencích k předpovědi sekundární struktury proteinů se stalo populárním v důsledku práce Bennera a Gerloffa.[46][47][48] Předpovědi sekundární struktury bílkovin od Bennera a kolegů dosáhli vysoké přesnosti.[49] Bylo možné modelovat proteinové záhyby, detekovat vzdálené homology, umožnit strukturní genomiku a spojit proteinovou sekvenci, strukturu a funkci. Tato práce dále navrhla omezení predikce struktury pomocí homologie a definovala, co lze a co nelze s touto strategií udělat.[45]

Praktické nástroje pro genotypizaci

Bennerův přístup otevřel nové pohledy na fungování nukleových kyselin i nástroje pro diagnostiku a nanotechnologie. FDA schválila produkty, které používají AEGIS DNA v lidské diagnostice. Sledují množství viru u pacientů infikovaných žloutenka typu B, hepatitida C. a HIV.[50] AEGIS byl základem vývoje nástrojů pro multiplexní detekci genetických markerů, jako jsou rakovinné buňky[51] a jednonukleotidové polymorfismy ve vzorcích pacientů. Tyto nástroje umožní používání personalizované medicíny „bod péče "genetická analýza,[52] stejně jako výzkumné nástroje, které měří hladinu jednotlivých molekul mRNA v rámci jednotlivých procesů jednotlivých živých neuronů.[53]

Interpretační proteomika

Interpretace genomových dat a projekce zpět ke společnému genetickému předkovi „Lucovi“ zavedla bennerská laboratoř nástroje, které analyzují vzorce zachování a variací pomocí strukturní biologie, studují variace těchto vzorců napříč různými větvemi evolučního stromu a korelují události v genetický záznam s událostmi v historii biosféry známými z geologie a fosilií. Z toho vyplynuly příklady, které ukazují, jak lze prostřednictvím modelů historické minulosti chápat role biomolekul v současném životě.[54][55]

Experimentální paleogenetika

Další informace: Vzkříšení genů předků

Benner byl původcem oblasti experimentu paleogenetika, kde jsou geny a proteiny ze starověkých organismů vzkříšeny pomocí bioinformatiky a technologie rekombinantní DNA.[56] Experimentální práce na starověkých bílkovinách testovala hypotézy o vývoji komplexních biologických funkcí, včetně biochemie trávení přežvýkavců,[57][58]:209 the teplomilně starých bakterií a interakce mezi rostlinami, plody a houbami v době Křída vyhynutí.[58]:17 Rozvíjejí naše chápání biologického chování, které sahá od molekuly k buňce organismu, ekosystému a planetě, někdy označované jako planetární biologie.[58]:221

Astrobiologie

Benner se hluboce zajímá o původ života a podmínky nezbytné k podpoře RNA-světový model ve kterém je samoreplikující se RNA předchůdcem života na Zemi. Identifikoval vápník, borát, a molybden stejně důležité pro úspěšnou tvorbu sacharidů a stabilizaci RNA.[59] Navrhl planetu Mars může mít pro počáteční produkci RNA příznivější podmínky než Země,[60][61] ale nedávno se shodli, že modely rané Země ukazující suchou zem a přerušovanou vodu, vyvinuté Stephenem Mojzsisem, představují dostatečné podmínky pro vývoj RNA.[12]

Bennerova skupina pracovala na identifikaci molekulárních struktur, které pravděpodobně budou univerzálními rysy živých systémů bez ohledu na jejich genezi, a pravděpodobných produktů nebiologických procesů. Tyto jsou "bio podpisy “, a to jak pro život podobný teroru, tak pro„ podivné “formy života.[3][62][63]

Reference

  1. ^ „Benner, Steven A. (Steven Albert), 1954-“. Library of Congress Authority Records. Citováno 30. června 2016.
  2. ^ Mullen, Leslie (1. srpna 2013). „Definování života: Otázky a odpovědi s vědcem Geraldem Joycem“. Astrobiologický časopis. Citováno 5. července 2016.
  3. ^ A b Benner, Steven A. (prosinec 2010). „Definování života“. Astrobiologie. 10 (10): 1021–1030. Bibcode:2010AsBio..10.1021B. doi:10.1089 / ast.2010.0524. PMC  3005285. PMID  21162682.
  4. ^ Klotz, Irene (27. února 2009). „Syntetická forma života roste v laboratoři na Floridě“. Věda. Citováno 5. července 2016.
  5. ^ A b Lloyd, Robin (14. února 2009). „Nová umělá DNA ukazuje na život mimozemšťanů“. LiveScience. Citováno 5. července 2016.
  6. ^ Impey, Chris Impey; Spitz, Anna H .; Stoeger, William, eds. (2013). Setkání se životem ve vesmíru: etické základy a sociální důsledky astrobiologie. Tucson: University of Arizona Press. str. 259. ISBN  978-0-8165-2870-7. Citováno 30. června 2016.
  7. ^ „Steven A. Benner“. Chemický strom. Citováno 30. června 2016.
  8. ^ A b „Události v Rice“. Rice University. Archivovány od originál dne 19. září 2016. Citováno 1. července 2016.
  9. ^ Kwok, Roberta (21. listopadu 2012). „Chemická biologie: nová abeceda DNA“. Příroda. 491 (7425): 516–518. Bibcode:2012Natur.491..516K. doi:10.1038 / 491516a. PMID  23172197.
  10. ^ Brenner, Steven A. „Nestandardní základní páry jako nástroje biomedicínského výzkumu“. Grantome. Citováno 1. července 2016.
  11. ^ „Účastníci“. Iniciativa pokorného přístupu. Citováno 1. července 2016.
  12. ^ A b C Clark, Anthony (24. března 2016). „Místní tým povede pátrání za studiem původu života na Zemi za 5,4 milionu dolarů“. Gainesville Sun. Citováno 30. června 2016.
  13. ^ Wyzan, Andrew (12. července 2011). „Bývalá biotechnologie z Gainesville se prodala za 34 milionů dolarů“. Gainesville Sun. Citováno 1. července 2016.
  14. ^ Carrolle, Johne. „Společnost Luminex uzavře smlouvu s EraGen Biosciences v ceně 34 milionů USD“. Fierce Biotech. Citováno 22. června 2011.
  15. ^ A b Howgego, Josh (25. února 2014). „Na cizích nukleotidech“. Chemický svět. Citováno 1. července 2016.
  16. ^ „Firebird BioMolecular Sciences LLC“.
  17. ^ „Prezidentské vysněné kolokvium“. Univerzita Simona Frasera. Citováno 1. července 2016.
  18. ^ Gross, Michael (srpen 2011). „Co přesně je syntetická biologie?“. Aktuální biologie. 21 (16): R611 – R614. doi:10.1016 / j.cub.2011.08.002.
  19. ^ Nambiar, K .; Stackhouse, J; Stauffer, D .; Kennedy, W .; Eldredge, J .; Benner, S. (23. března 1984). "Celková syntéza a klonování genu kódujícího protein ribonukleázy S" (PDF). Věda. 223 (4642): 1299–1301. Bibcode:1984Sci ... 223.1299N. doi:10.1126 / science.6322300. PMID  6322300. Citováno 5. července 2016.
  20. ^ D'Alessio, Giuseppe; Riordan, James F. (1997). Struktury a funkce ribonukleáz. San Diego: Academic Press. str. 214. ISBN  9780125889452. Citováno 5. července 2016.
  21. ^ Khorana, H.G .; Agarwal, K.L .; Büchi, H .; Caruthers, M.H .; Gupta, N.K .; Klbppe, K .; Kumar, A .; Ohtsuka, E .; RajBhandary, U.L .; van de Sande, J.H .; Sgaramella, V .; Tebao, T .; Weber, H .; Yamada, T. (prosinec 1972). "CIII. Celková syntéza strukturního genu pro alanin přenášející ribonukleovou kyselinu z kvasinek". Journal of Molecular Biology. 72 (2): 209–217. doi:10.1016/0022-2836(72)90146-5. PMID  4571075.
  22. ^ A b Gramling, Carolyn (2005). „Pro profesora chemie Stevena Bennera život, jak ho známe, nemusí být jedinou alternativou“. Úžasná věda. 10 (1). Citováno 9. července 2016.
  23. ^ Köhrer, Caroline; RajBhandary, Uttam L., vyd. (2009). Proteinové inženýrství. Berlín: Springer. str. 274–281, 297. ISBN  978-3-540-70941-1. Citováno 5. července 2016.
  24. ^ Fikes, Bradley J. (8. května 2014). „Život vytvořený s rozšířeným genetickým kódem“. San Diego Union Tribune. Citováno 5. července 2016.
  25. ^ A b Matsuda, Shigeo; Fillo, Jeremiah D .; Henry, Allison A .; Rai, Priyamrada; Wilkens, Steven J .; Dwyer, Tammy J .; Geierstanger, Bernhard H .; Wemmer, David E .; Schultz, Peter G .; Spraggon, Glen; Romesberg, Floyd E. (srpen 2007). „Úsilí o rozšíření genetické abecedy: struktura a replikace nepřirozených párů bází“. Journal of the American Chemical Society. 129 (34): 10466–10473. doi:10.1021 / ja072276d. PMC  2536688. PMID  17685517.
  26. ^ Switzer, Christopher; Moroney, Simon E .; Benner, Steven A. (říjen 1989). "Enzymatická inkorporace nového páru bází do DNA a RNA". Journal of the American Chemical Society. 111 (21): 8322–8323. doi:10.1021 / ja00203a067.
  27. ^ A b Piccirilli, Joseph A .; Benner, Steven A .; Krauch, Tilman; Moroney, SimonE .; Benner, Steven A. (4. ledna 1990). „Enzymatické začlenění nového páru bází do DNA a RNA rozšiřuje genetickou abecedu“. Příroda. 343 (6253): 33–37. Bibcode:1990 Natur.343 ... 33P. doi:10.1038 / 343033a0. PMID  1688644.
  28. ^ Benner, SA; Hutter, D; Sismour, AM (2003). „Syntetická biologie s uměle rozšířenými genetickými informačními systémy. Od personalizované medicíny po mimozemský život“. Výzkum nukleových kyselin. Doplněk. 3 (3): 125–6. doi:10.1093 / nass / 3.1.125. PMID  14510412. Citováno 5. července 2016.
  29. ^ Yang, Z; Hutter, D; Sheng, P; Sismour, AM; Benner, SA (2006). „Uměle rozšířený genetický informační systém: nový pár bází s alternativním vzorem vodíkových vazeb“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (21): 6095–101. doi:10.1093 / nar / gkl633. PMC  1635279. PMID  17074747. Citováno 1. července 2016.
  30. ^ Yang, Zunyi; Chen, Fei; Alvarado, J. Brian; Benner, Steven A. (28. září 2011). „Amplifikace, mutace a sekvenování šestipísmenného syntetického genetického systému“. Journal of the American Chemical Society. 133 (38): 15105–15112. doi:10.1021 / ja204910n. PMC  3427765. PMID  21842904.
  31. ^ Merritt, Kristen K; Bradley, Kevin M; Hutter, Daniel; Matsuura, Mariko F; Rowold, Diane J; Benner, Steven A (9. října 2014). "Autonomní sestava syntetických oligonukleotidů vytvořená z rozšířené abecedy DNA. Celková syntéza genu kódujícího rezistenci na kanamycin". Beilstein Journal of Organic Chemistry. 10: 2348–2360. doi:10,3762 / bjoc.10.245. PMC  4222377. PMID  25383105. Citováno 1. července 2016.
  32. ^ Laos, Roberto; Thomson, J. Michael; Benner, Steven A. (31. října 2014). „DNA polymerázy vytvořené řízenou evolucí za účelem začlenění nestandardních nukleotidů“. Hranice v mikrobiologii. 5: 565. doi:10.3389 / fmicb.2014.00565. PMC  4215692. PMID  25400626.
  33. ^ Výbor pro meze organického života v planetárních systémech, Výbor pro počátky a vývoj života; Rada pro vesmírné studie, divize pro inženýrství a fyzikální vědy; Board on Life Sciences, Division on Earth and Life Sciences; Národní rada pro výzkum národních akademií (2007). "4. Alternativy k terranské biochemii ve vodě". Meze organického života v planetárních systémech. Washington, DC: National Academies Press. ISBN  978-0-309-10484-5.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  34. ^ Pollack, Andrew (24. července 2001). „Vědci začínají přidávat písmena k životní abecedě“. The New York Times. Citováno 30. června 2016.
  35. ^ Singer, Emily (10. července 2015). „Nové písmena přidaná do genetické abecedy“. Časopis Quanta. Citováno 30. června 2016.
  36. ^ Switzer, CY; Moroney, SE; Benner, SA (5. října 1993). "Enzymatické rozpoznávání páru bází mezi isocytidinem a isoguanosinem". Biochemie. 32 (39): 10489–96. CiteSeerX  10.1.1.690.1426. doi:10.1021 / bi00090a027. PMID  7691174.
  37. ^ Takezawa, Yusuke; Shionoya, Mitsuhiko (18. prosince 2012). „Kovem zprostředkované párování bází DNA: Alternativy k vodíkově vázaným párům bází Watson – Crick“. Účty chemického výzkumu. 45 (12): 2066–2076. doi:10.1021 / ar200313h. PMID  22452649.
  38. ^ A b Simon, Matthew (2005). Naléhavé výpočty s důrazem na bioinformatiku. New York: AIP Press / Springer Science + Business Media. ISBN  978-0-387-27270-2.
  39. ^ Watson JD, Crick FH (1953). "Struktura DNA". Cold Spring Harb. Symp. Kvant. Biol. 18: 123–31. doi:10.1101 / SQB.1953.018.01.020. PMID  13168976.
  40. ^ Výbor pro meze organického života v planetárních systémech, Výbor pro počátky a vývoj života; Rada pro vesmírné studie, divize pro inženýrství a fyzikální vědy; Board on Life Sciences, Division on Earth and Life Sciences; Národní rada pro výzkum národních akademií (2007). "4. Alternativy k terranské biochemii ve vodě". Meze organického života v planetárních systémech. Washington, DC: National Academies Press. ISBN  978-0-309-10484-5.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  41. ^ Benner, Steven (2004). „Analýza genomu založená na evoluci: Alternativa k analýze skládání a funkce v proteinech“. In Westhof, E .; Hardy, N. (eds.). Skládání a samosestavování biologických a makromolekul: jednání deuxièmes Entretiens de Bures, Bures-sur-Yvette, Francie, 27. listopadu - 1. prosince 2001. Singapur: World Scientific. s. 1–42. ISBN  978-981-238-500-0. Citováno 6. července 2016.
  42. ^ Benner, Steven A .; Hutter, Daniel (únor 2002). „Fosfáty, DNA a hledání nerealistického života: model druhé generace pro genetické molekuly“ (PDF). Bioorganická chemie. 30 (1): 62–80. doi:10.1006 / bioo.2001.1232. PMID  11955003. Citováno 6. července 2016.
  43. ^ „Prof. Gaston Gonnet: když technologie drží klíč k evoluci“. ETH Curych. Citováno 9. července 2016.
  44. ^ Gonnet, GH; Cohen, MA; Benner, SA (5. června 1992). „Vyčerpávající shoda celé databáze proteinových sekvencí“ (PDF). Věda. 256 (5062): 1443–5. Bibcode:1992Sci ... 256.1443G. doi:10.1126 / science.1604319. PMID  1604319. Citováno 9. července 2016.
  45. ^ A b C „Genomika se setkává s geologií“. Časopis AstroBiologie. 10. září 2001. Citováno 1. července 2016.
  46. ^ Jones, David T. (1999). „Predikce sekundární struktury bílkovin na základě polohově specifických skórovacích matic“ (PDF). Journal of Molecular Biology. 292 (2): 195–202. doi:10.1006 / jmbi.1999.3091. PMID  10493868. Archivovány od originál (PDF) dne 2016-08-18. Citováno 6. července 2016.
  47. ^ Benner, SA; Gerloff, D (1991). „Vzory divergence v homologních proteinech jako indikátory sekundární a terciární struktury: predikce struktury katalytické domény proteinových kináz“. Pokroky v regulaci enzymů. 31: 121–81. doi:10.1016 / 0065-2571 (91) 90012-b. PMID  1877385.
  48. ^ Gonnet, Gaston H .; Korostensky, Chantal; Benner, Steve (únor 2000). "Hodnotící opatření pro více sekvenční zarovnání". Journal of Computational Biology. 7 (1–2): 261–276. CiteSeerX  10.1.1.48.4250. doi:10.1089/10665270050081513. PMID  10890401.
  49. ^ Russell, R.B .; Sternberg, M.J.E. (Květen 1995). „Předpověď struktury: Jak jsme dobří?“. Aktuální biologie. 5 (5): 488–490. doi:10.1016 / S0960-9822 (95) 00099-6. PMID  7583096.
  50. ^ Spoto, Giuseppe; Corradini, Roberto, eds. (2012). Detekce nezesílené genomové DNA. Dordrecht: Springer. str. 104. ISBN  978-94-007-1226-3. Citováno 6. července 2016.
  51. ^ Dambrot, Stuart Mason (24. ledna 2014). „Vazby, které se váží: Obnova vývoje darwinovského ligandu in vitro“. Phys.org. Citováno 6. července 2016.
  52. ^ Jannetto, Paul J .; Laleli-Sahin, Elvan; Wong, Steven H. (1. ledna 2004). "Metodiky farmakogenomické genotypizace". Klinická chemie a laboratorní medicína. 42 (11): 1256–64. doi:10.1515 / CCLM.2004.246. PMID  15576288.
  53. ^ „Ocenění Abstract # 0304569 Nanoscale Arrays for Direct RNA Profiling in Single Cells and their Compartments“. Národní vědecká nadace. Citováno 6. července 2016.
  54. ^ Plaxco, Kevin W .; Gross, Michael (2006). Astrobiologie: krátký úvod. Baltimore: Johns Hopkins University Press. str. 165–170. ISBN  978-0801883675. Citováno 6. července 2016.
  55. ^ Benner, Steven A. (červen 2003). „Interpretativní proteomika - hledání biologického významu v databázích genomu a proteomu“ (PDF). Pokroky v regulaci enzymů. 43 (1): 271–359. CiteSeerX  10.1.1.104.7549. doi:10.1016 / S0065-2571 (02) 00024-9. PMID  12791396. Citováno 6. července 2016.
  56. ^ Jermann, TM; Opitz, JG; Stackhouse, J; Benner, SA (2. března 1995). „Rekonstrukce evoluční historie nadrodiny artiodactyl ribonukleázy“ (PDF). Příroda. 374 (6517): 57–9. Bibcode:1995 Natur.374 ... 57J. doi:10.1038 / 374057a0. PMID  7532788. Citováno 6. července 2016.
  57. ^ Benner, SA; Caraco, MD; Thomson, JM; Gaucher, EA (3. května 2002). "Planetární biologie - paleontologická, geologická a molekulární historie života". Věda. 296 (5569): 864–8. Bibcode:2002Sci ... 296..864B. doi:10.1126 / science.1069863. PMID  11988562.
  58. ^ A b C Liberles, David A. (2007). Rekonstrukce rodové sekvence. Oxford: Oxford University Press. str. 221. ISBN  9780199299188.
  59. ^ Ward, Peter; Kirschvink, Joe (2014). Nová historie života: Nové radikální objevy o počátcích a vývoji života na Zemi. USA: Bloomsbury. str. 55–60. ISBN  978-1608199075. Citováno 6. července 2016.
  60. ^ Zimmer, Carle (26. června 2004). „Co přišlo před DNA?“. Objevit. ISSN  0274-7529.
  61. ^ Zimmer, Carl (12. září 2013). „Vzdálená možnost původu života“. The New York Times. Citováno 1. července 2016.
  62. ^ Boyd, Robert S. (11. listopadu 2002). „JAKÉKOLI TAM venku? Extrémní prostředí Země testuje astrobiologické nápady“. Philadelphia Inquirer. Citováno 6. července 2016.
  63. ^ Greenwood, Veronique (9. listopadu 2009). „Co život zanechává za tím, co víme: Hledání života za naší bledě modrou tečkou je plné přerušovaných nadějí. Použijí se chemické a minerální otisky pozemských organismů na jiné světy?“. Seed Magazine. Citováno 6. července 2016.