Secretoglobin - Secretoglobin

Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

Secretoglobin
Identifikátory
Symbol	Secretoglobin
Pfam	PF01099
InterPro	IPR016126
STRÁNKA	PS51311
SCOP2	d1utra_ / Rozsah / SUPFAM
CDD	cd00633
Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

Secretoglobiny (SGCBs) are a family of small, alpha-helical, disulfid spojené, dimerní bílkoviny vyskytuje se pouze u savců. Tato rodina byla dříve známá jako Uteroglobin / Clara buňka 10-kDa rodina, po dvou aliasech jejího zakládajícího člena Uteroglobin.

Struktura a funkce

Proteiny jsou většinou alfa-helikální a dimer je tvořen antiparalelním způsobem. Rozhraní dimeru má dutinu vytvořenou napříč dvěma monomery, která může pojmout malé až středně velké ligandy, jako jsou steroidy a fosfolipidy.^[1] Vazba a uvolňování mohou být spojeny s redoxním stavem cystinů, tj. Přítomností těchto disulfidových vazeb.^[2]

Mnoho z nich má regulační funkce.

Klasifikace

Rodina byla v roce 2006 klasifikována sekvenční homologií do 6 podskupin.^[3] Lidské a myší genomy obsahují pouze první tři rodiny, podle aktualizace z roku 2011. Ne každá rodina je monofyletická.^[4]

Podčeleď		Skupina		Člen
Podčeleď		Skupina		Symbol^[4]	název	Ligand (y)
1	UGB	A	UGB	SCGB1A1	Uteroglobin (UGB); blastokinin, CCSP	fosfatidylcholin, fosfatidylinositol, PCB
		B	ABPA-jako
		C
		D	lipofilin A / B
2		A
2		B	ABPBG-jako
3	UGB-like	A	UGB-like	SCGB3A1
3	UGB-like	A	UGB-like	SCGB3A2

Potkaní prostatein je třísložkový protein vytvořený ze tří genů podobných lipofilinům ve skupinách 2 a 3.^[3]

Extra podskupiny

Podrodiny 4 až 6 se nenacházejí u lidí ani u myší a mohou také být duplikáty existujících skupin.^[3]

Podčeleď 6 měla zahrnovat krysí RYD5,^[3] nyní přidělen Scgb1c1.^[4]

Podčeleď 4 dříve zahrnovala to, co je nyní známé jako skupina 1B a 2B jako skupina 4A. Páry genů 1B / 2B (ABP) jsou uspořádány přímo na chromozomu do „modulů“, které byly nezávisle duplikovány.^[4]

Fel d 1 měl být rozdělen na dvě podskupiny: řetěz 1 v podčeledi 4 a řetěz 2 v podčeledi 5.^[3] Ačkoli to není zmíněno v aktualizaci z roku 2011, InterPro shody naznačují, že CH1 je podobný 1B a CH2 je podobný 2B.^[5] Extra výpočetní výzkum potvrzuje podobnost, což může také zneplatnit podskupiny 4 a 5.^[6]

Reference

^ Umland TC, Swaminathan S, Singh G, Warty V, Furey W, Pletcher J, Sax M (srpen 1994). "Struktura komplexu lidských buněk Clara s fosfolipidy vázajícími se na protein a ligand v rozlišení 1,9 A". Přírodní strukturní biologie. 1 (8): 538–45. doi:10.1038 / nsb0894-538. PMID 7664082. S2CID 28261246.
^ Härd T, Barnes HJ, Larsson C, Gustafsson JA, Lund J (listopad 1995). "Struktura řešení savčího proteinu vázajícího PCB v komplexu s PCB". Přírodní strukturní biologie. 2 (11): 983–9. doi:10.1038 / nsb1195-983. PMID 7583672. S2CID 10369347.
^ ^A ^b ^C ^d ^E Klug J, Beier HM, Bernard A, Chilton BS, Fleming TP, Lehrer RI, et al. (25. ledna 2006). „Uteroglobin / Clara cell 10-kDa rodina proteinů: zpráva výboru pro nomenklaturu“. Annals of the New York Academy of Sciences. 923 (1): 348–54. doi:10.1111 / j.1749-6632.2000.tb05549.x. PMID 11193777.
^ ^A ^b ^C ^d Jackson BC, Thompson DC, Wright MW, McAndrews M, Bernard A, Nebert DW, Vasiliou V (říjen 2011). „Aktualizace nadrodiny genů lidského sekretoglobinu (SCGB) a příklad„ evolučního rozkvětu “genů proteinů vázajících androgen v myší nadrodině genů Scgb“. Lidská genomika. 5 (6): 691–702. doi:10.1186/1479-7364-5-6-691. PMC 3251818. PMID 22155607.
^ „Fel d 1 chain 1“, Mus musculus, „Fel d 1 chain 2“, Mus musculus. InterPro.
^ Durairaj R, Pageat P, Bienboire-Frosini C (2018). „Další hra pro kočky a myši: Dešifrování vývoje superrodiny SCGB a zkoumání molekulární podobnosti hlavního kočičího alergenu Fel d 1 a myší ABP pomocí výpočtových přístupů“. PLOS ONE. 13 (5): e0197618. Bibcode:2018PLoSO..1397618D. doi:10.1371 / journal.pone.0197618. PMC 5957422. PMID 29771985.

Tento protein související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[1] Umland TC, Swaminathan S, Singh G, Warty V, Furey W, Pletcher J, Sax M (srpen 1994). "Struktura komplexu lidských buněk Clara s fosfolipidy vázajícími se na protein a ligand v rozlišení 1,9 A". Přírodní strukturní biologie. 1 (8): 538–45. doi:10.1038 / nsb0894-538. PMID 7664082. S2CID 28261246.

[2] Härd T, Barnes HJ, Larsson C, Gustafsson JA, Lund J (listopad 1995). "Struktura řešení savčího proteinu vázajícího PCB v komplexu s PCB". Přírodní strukturní biologie. 2 (11): 983–9. doi:10.1038 / nsb1195-983. PMID 7583672. S2CID 10369347.

[cls-3] A ^b ^C ^d ^E Klug J, Beier HM, Bernard A, Chilton BS, Fleming TP, Lehrer RI, et al. (25. ledna 2006). „Uteroglobin / Clara cell 10-kDa rodina proteinů: zpráva výboru pro nomenklaturu“. Annals of the New York Academy of Sciences. 923 (1): 348–54. doi:10.1111 / j.1749-6632.2000.tb05549.x. PMID 11193777.

[hsa-4] A ^b ^C ^d Jackson BC, Thompson DC, Wright MW, McAndrews M, Bernard A, Nebert DW, Vasiliou V (říjen 2011). „Aktualizace nadrodiny genů lidského sekretoglobinu (SCGB) a příklad„ evolučního rozkvětu “genů proteinů vázajících androgen v myší nadrodině genů Scgb“. Lidská genomika. 5 (6): 691–702. doi:10.1186/1479-7364-5-6-691. PMC 3251818. PMID 22155607.

[5] „Fel d 1 chain 1“, Mus musculus, „Fel d 1 chain 2“, Mus musculus. InterPro.

[6] Durairaj R, Pageat P, Bienboire-Frosini C (2018). „Další hra pro kočky a myši: Dešifrování vývoje superrodiny SCGB a zkoumání molekulární podobnosti hlavního kočičího alergenu Fel d 1 a myší ABP pomocí výpočtových přístupů“. PLOS ONE. 13 (5): e0197618. Bibcode:2018PLoSO..1397618D. doi:10.1371 / journal.pone.0197618. PMC 5957422. PMID 29771985.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]