Sean Ekins - Sean Ekins - Wikipedia

Sean Ekins
narozený
Cleethorpes, Anglie
NárodnostSpojené království, Spojené státy
Alma materUniversity of Aberdeen
Nottingham Trent University
Známý jakoModely ADME / Tox
Farmakofory
Nové technologie pro farmaceutický výzkum a vývoj
Vědecká kariéra
PoleFarmakologie
Cheminformatika
Vědecká spolupráce
Alternativy k testování na zvířatech
InstituceSpolupráce v chemii
Doktorský poradceGabrielle M. Hawksworth a M. Danny Burke

Sean Ekins je Brit farmakolog a odborník v oborech ADME / Tox, výpočetní toxikologie a cheminformatika ve společnosti Collaborations in Chemistry, a division of corporate communications firm Collaborations in Communications. Je také editorem čtyř knih a knižních seriálů pro John Wiley & Sons.

Životopis

Sean Ekins se narodil v Cleethorpes, Anglie, dne 2. března 1970 John Ekins a Elsie May Ekins. Vyrostl v Grimsby. Ekins navštěvoval základní a střední školu na Edward Street, následovanou Havelock School. Ekins poté získal HND Science Applied Biology na Nottingham Trent University (dříve Polytechnic, 1988–1991), kterou ukončil v roce 1991 sendvičový rok (1989–1990) ve farmaceutické společnosti Sluha ve Fulmeru ve Velké Británii, kde byl prokázán jeho zájem o objevování drog. Ekins poté získal titul MSc v klinické farmakologii (1991–1992) na University of Aberdeen s disertační prací s názvem „Spekulace o relativních rolích cytochromu P450 a monooxygenázy obsahující flavin v metabolismu S12363“[1] poté získal doktorát z klinické farmakologie na univerzitě v Aberdeenu v roce 1996, financovaný Servierem, a napsal práci s názvem „Udržování a kryokonzervace xenobiotického metabolismu v precizně řezaných řezech jater. Vyhodnocení alternativního modelu in vitro k izolovaným hepatocytům ". Během svého doktorského studia vyvinul zájem o předpovídání lékové interakce výpočetně jako alternativa k používání zvířecích modelů.

V letech 1996-1998 Ekins pokračoval ve svém výzkumu jako Postdoc v Eli Lilly and Company laboratoře charakterizující málo známé CYP2B6 a aplikoval výpočetní metody na tento enzym. Sbíral údaje o interakci lék-lék Ki pro další P450 a generoval farmakofory. Vytvořil testovací sady pro testování modelů, které byly nakonec publikovány.[2][3][4][5][6] Publikoval klíčové myšlenky, jak by tyto modely mohly být použity k profilování knihoven sloučenin pro predikované lékové interakce.[7][8]

Na konci roku 1998 se připojil Ekins Pfizer a pokračoval ve svém zájmu o předpovídání lékových interakcí a vlastností ADME. V roce 1999 se přestěhoval do Lilly, kde vybudoval prediktivní skupinu ADME / Tox. V letech 1999 až koncem roku 2001 generoval farmakofory a statistické modely pro různé proteiny včetně P-glykoprotein,[9][10][11][12] PXR[13] a enzymy.[14][15]

V prosinci 2001 nastoupil do práce pro začínající společnost, Souběžná léčiva (Nyní Vitae Pharmaceuticals )[16] jako zástupce ředitele, Computational Drug Discovery. Byl zodpovědný za vývoj výpočetních modelů pro ADME / Tox a cílů zájmu. Během této doby se začal zajímat o polyfarmakologie proteinů ADME / Tox. V roce 2004 nastoupil GeneGo (nyní ve vlastnictví Thomson Reuters ) jako viceprezident pro výpočetní biologii a vyvinul produkt MetaDrug (čeká na udělení patentu).[17][18][19][20]

V roce 2005 získal titul D.Sc. in Science z University of Aberdeen s prací nazvanou „Výpočtové a in vitro modely pro předpovídání lékových interakcí u lidí“.

Od roku 2006 konzultovala společnost Ekins několik společností, mimo jiné ohledně farmakoekonomiky a provádění výzkumu Tuberkulóza Objev drog pro Collaborative Drug Discovery.[21][22][23]

Ekins také provedl nezávislý výzkum a společný výzkum na témata včetně farmakoforů pro transportéry léčiv, cheminformatiky pro predikci zkřížené reaktivity imunoanalýzy, modelů pro studium koevoluce jaderných receptorů a ligandů, výpočetních modelů pro agonisty a antagonisty PXR i analýz velkých datových souborů a crowdsourcing dat.

Zpřístupnění farmaceutických údajů

V roce 2010 byl Sean Ekins spoluautorem seminárních prací o sdílení údajů a zpřístupňování farmaceutických údajů. V těchto příspěvcích uvádí:

1. o opožděné potřebě učinit preklinická data ADME / Tox předkonkurenčními[24]

2. jak crowdsourcing lze použít ve farmaceutickém průmyslu[25]

3. jak výpočetní modely pro farmakoekonomie by mohla být sdílena vědeckou komunitou[26]

4. jaké nástroje jsou v cheminformatice stále zapotřebí a jak důležité budou metody sdílení modelů[27]

5. Jak by farmaceutické společnosti mohly používat molekulární deskriptory a algoritmy otevřeného zdroje, které by usnadnily sdílení výpočetního modelu s akademickou a zanedbávanou komunitou nemocí[28]

Tato práce je důležitá, protože se jedná o první prominentní zastánce zpřístupnění široké škály přístupů k zpřístupnění preklinických a postmarketingových dat a modelů, jakož i demonstrace proveditelnosti těchto přístupů. Ekins pracoval v poradní skupině pro ChemSpider a poskytl databázi farmaceutických datových sad, aby byla k dispozici komunitě.

Výzkum tuberkulózy a malárie

Během práce pro Collaborative Drug Discovery (financováno z Bill and Melinda Gates Foundation ) analyzoval veřejně dostupné údaje poskytované farmaceutickým průmyslem. Konkrétně to bylo malárie screening dat z GlaxoSmithKline pro více než 13 000 sloučenin. V důsledku této práce byla vědecké komunitě věnována důležitá opatrnost při přijímání těchto údajů v nominální hodnotě.[29] Tyto údaje byly porovnány s jinými údaji o malárii a tuberkulóze.[30]

Kromě toho poskytl analýzy velmi velkých knihoven údajů o tuberkulóze, které zdůrazňují důležité fyzikálně-chemické vlastnosti.[31][32]

Ekins zdůraznil mezery ve výzkumu TB, konkrétně v tom, jak by mohla být integrována cheminformatika a další výpočetní nástroje pro zlepšení efektivity[33] a poskytli příklady toho, jak lze použít výpočetní metody k pomoci při screeningu sloučenin aktivních proti TBC[34]

V únoru 2011 se Ekins začal účastnit projektu MM4TB v rámci Collaborative Drug Discovery.[35] vedená profesorem Stewartem Colem.[36]

Věda mobilní aplikace

Ekins společně vyvinul Wiki Antony John Williams s názvem Science Mobile Applications[37] zahájeno 21. června 2011.[38] Zpočátku to vycházelo z touhy sledovat chemické aplikace[39] (pro příspěvek odeslaný) a poté Aplikace pro vědu v učebně chemie.[40]

Kvalita databáze

Ekins a Antony Williams pomocí svých příslušných blogů varovali vědeckou komunitu během několika dní po vydání prohlížeče NCGC NPC.[41] že v molekulárních strukturách byly významné chyby. Tato pozorování byla později publikována jako úvodník v Drug Discovery Today.[42]

Vydavatelství

Ekins upravil nebo společně upravil 4 knihy pro Wiley včetně: Počítačové aplikace ve farmaceutickém výzkumu a vývoji (2006), Computational Toxicology: Assessment Risk For Pharmaceutical and Environmental Chemicals(1007), Účinnost, bezpečnost a biologický objev léčiv(2009) a Kolaborativní výpočetní technologie pro biomedicínský výzkum (2011) Všechny knihy mají základní souvislost s výpočetními technologiemi a jejich aplikací pro farmaceutický výzkum a vývoj.

Ekins je redaktorem Odborné recenze pro Journal of Pharmaceutical Research,[43][44] A Springer Časopis. Získává recenze, komentáře a perspektivy pro oblast farmaceutického výzkumu. Je členem redakční rady pro Metabolismus a dispozice léků,[45] Journal of Pharmacological and Toxicological Methods,[46]Výzkum mutací / Recenze v oblasti výzkumu mutací,[47] a Objev drog dnes.[48]

Patenty

Ekins je vynálezcem dvou vydaných amerických patentů,[49] a [50]

Reference

  1. ^ Ekins, S .; et al. (1993). "Úloha cytochromu P4503A v metabolismu derivátu vinka alkaloidu a-aminofosfonátu S12363 v lidských jaterních mikrozomech". Br J Clin Pharmacol. 36 (2): 165P – 166P. doi:10.1111 / j.1365-2125.1993.tb04214.x. PMC  1364582. PMID  8398587.
  2. ^ Ekins, J.H .; Bravi, S .; Binkley, G .; Gillespie, S .; Ring, J.S .; Wikel, B.J .; Wrighton, S.A. (1999). „Trojrozměrné a čtyřrozměrné kvantitativní analýzy struktury a aktivity aktivity inhibitorů CYP3A4“. J. Pharmacol. Exp. Ther. 290: 429–438.
  3. ^ Ekins, S .; et al. (1999). „Trojrozměrné a kvantitativní kvantitativní vztahy mezi strukturou a aktivitou (3D / 4D-QSAR) analýzy inhibitorů CYP2D6“. Farmakogenetika. 9 (4): 477–489. PMID  10780267.
  4. ^ Ekins, S .; et al. (1999). „Trojrozměrné a kvantitativní analýzy struktury a aktivity substrátů pro CYP2B6“. Pharm Exp Ther. 288 (1): 21–29. PMID  9862748.
  5. ^ Ekins, G. Wikel J.H .; Bravi, S .; Wrighton, SA (1999). „Trojrozměrná analýza vztahu kvantitativní struktury a aktivity (3D-QSAR) substrátů CYP3A4“. J Pharmacol Exp Ther. 291: 424–433.
  6. ^ Ekins, S .; Wrighton, S.A. (1999). "Úloha CYP2B6 v lidském xenobiotickém metabolismu". Drug Metab Rev. 31 (3): 719–754. doi:10.1081 / dmr-100101942. PMID  10461547.
  7. ^ Ekins, S. a kol. (2000) Predicting drug-drug interactions in silico using pharmacophores: a paradigm for the next millennium. In Pharmacophore perception, development, and use in drug design (Guner, O.F., ed.), Str. 269-299, IUL
  8. ^ Ekins, S .; et al. (2000). "Pokrok v predikci lidských parametrů ADME in silico". Metody J. Pharmacol Toxicol. 44 (1): 251–272. doi:10.1016 / s1056-8719 (00) 00109-x. PMID  11274894.
  9. ^ Ekins, S .; et al. (2002). „Aplikace trojrozměrných kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou inhibitorů a substrátů P-glykoproteinu“. Mol Pharmacol. 61 (5): 974–981. doi:10,1124 / mol 61,5,974. PMID  11961114.
  10. ^ Ekins, S .; et al. (2002). „Trojrozměrný kvantitativní vztah mezi strukturou a aktivitou inhibitorů P-glykoproteinu“. Mol Pharmacol. 61 (5): 964–973. doi:10,1124 / mol 61,5,964. PMID  11961113.
  11. ^ hERG
  12. ^ http://jpet.aspetjournals.org/content/301/2/427.full.pdf+html?sid=99bffa04-48cb-4cbf-bac6-d94e568b5b31 Ekins, S. Crumb, W. J. Sarazan, R. D. Wikel, J. H. a Wrigton, S.A. (2002) Trojrozměrný vztah kvantitativní struktury a aktivity pro inhibici hERG (gen související s lidským etherem a gogo) draslíkovým kanálem. J Pharmacol Exp Ther 301, 427-434
  13. ^ Ekins, S .; Erickson, J.A. (2002). „Farmakofor pro lidské ligandy pregnan-X-receptor“. Drug Metab Dispos. 30 (1): 96–99. doi:10,1124 / dmd.30.1.96. PMID  11744617.
  14. ^ Ekins, S. a kol. (2002) Pharmacophore vhled do aktivních míst enzymů CYP3A. Dodatek farmakologa 44, 114.
  15. ^ Ethell, B.T .; et al. (2002). „Vztahy kvantitativní struktury a aktivity pro glukuronidaci jednoduchých fenolů exprimovaným lidským UGT1A6 a UGT1A9“. Drug Metab. Dispos. 30 (6): 734–738. doi:10,1124 / dmd.30.6.734. PMID  12019203.
  16. ^ „Souběžná léčiva mění název na Vitae Pharmaceuticals a zajišťují financování ve výši 34 milionů dolarů“. biospace.com. 19. října 2005. Citováno 23. května 2014.
  17. ^ Ekins, S .; et al. (2005). "Výpočetní predikce lidského metabolismu drog". Expert Opin Drug Metab Toxicol. 1 (2): 303–324. doi:10.1517/17425255.1.2.303. PMID  16922645.
  18. ^ Ekins, S. a kol. (2005) Systémová biologie: aplikace při objevování drog. V Příručce pro objevování drog (Gad, S., ed.), Str. 123-183, Wiley
  19. ^ Ekins, S .; et al. (2005). „Nová metoda vizualizace sítí receptorů jaderných hormonů souvisejících s metabolizmem drog“. Drug Metab Dispos. 33 (3): 474–481. doi:10.1124 / dmd.104.002717. PMID  15608136.
  20. ^ Ekins, S .; et al. (2005). „Techniques: Application of Systems Biology to Absorpce, Distribuce, Metabolismus, Vylučování a Toxicita“. Trends Pharmacol Sci. 26 (4): 202–209. doi:10.1016 / j.tips.2005.02.006. PMID  15808345.
  21. ^ Ekins, S .; et al. (2010). „Kolaborativní databáze a výpočetní modely pro objevování léků na tuberkulózu“. Molekulární biosystémy. 6 (5): 840–851. doi:10.1039 / b917766c. PMID  20567770.
  22. ^ Ekins, S. a kol. (2010) Analýza a filtrování hitů velmi velké knihovny sloučenin vyšetřovaných proti Mycobacterium tuberculosis Mol BioSyst 6, 2316-2324
  23. ^ Lamichhane, G .; et al. (2011). „Základní metabolity M. tuberculosis a jejich napodobeniny“. mBio. 2 (1): e00301–00310. doi:10,1128 / mbio.00301-10. PMC  3031304. PMID  21285434.
  24. ^ Ekins, S; Williams, AJ (2010). „Precompetitive Preclinical ADME / Tox Data: Set Free to the Web to Facilitate Computational Model Building to Assist Drug Development“. Laboratoř na čipu. 10 (1): 13–22. doi:10.1039 / b917760b. PMID  20024044.
  25. ^ Ekins S. a Williams AJ, Oslovení pro spolupracovníky: crowdsourcing pro farmaceutický výzkum, Pharm Res, 27: 393-395, 2010.
  26. ^ Arnold RJG a Ekins S, Time for cooperation in health economics within the modeling community, PharmacoEconomics, 28 (8): 609-613, 2010
  27. ^ Ekins S, Gupta R, Gifford E, Bunin BA, Waller CL, Chemický prostor: chybějící kousky v cheminformatice, Pharm Res, 27: 2035-2039, 2010
  28. ^ Gupta, Rishi R .; Gifford, EM; Liston, T; Waller, CL; Hohman, M; Bunin, BA; Ekins, S (2010). „Používání výpočetních nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem pro předpovídání metabolické stability člověka a dalších vlastností ADME / Tox“. Drug Metab Dispos. 38 (11): 2083–2090. doi:10.1124 / dmd.110.034918. PMID  20693417.
  29. ^ Ekins, Sean; John Williams, Antony (2010). „Když farmaceutické společnosti zveřejní velké datové soubory: hojnost bohatství nebo bláznivé zlato?“. Drug Discov dnes. 15 (19–20): 812–815. doi:10.1016 / j.drudis.2010.08.010. PMID  20732447.
  30. ^ Ekins S a Williams AJ, 2010 Metaanalýza vzorců molekulárních vlastností a filtrování veřejných datových souborů antimalarických „nálezů“ a drog, MedChemComm 1: 325-330,
  31. ^ Ekins, S; Bradford, J; Dole, K; Spektor, A; Gregory, K; Blondeau, D; Hohman, M; Bunin, BA (2010). „Kolaborativní databáze a výpočetní modely pro objevování léků na tuberkulózu“. Mol BioSyst. 6 (5): 840–851. doi:10.1039 / b917766c. PMID  20567770.
  32. ^ Ekins, S; Kaneko, T; Lipinski, CA; Bradford, J; Dole, K; Spektor, A; Gregory, K; Blondeau, D; Ernst, S; Yang, J; Goncharoff, N; Hohman, M; Bunin, BA (2010). "Analýza a filtrování zásahů velmi velké knihovny sloučenin vyšetřovaných proti Mycobacterium tuberculosis". Mol Biosyst. 6 (11): 2316–2324. doi:10.1039 / c0mb00104j. PMID  20835433.
  33. ^ Ekins, S; Freundlich, JS; Choi, já; Sarker, M; Talcott, C (2011). „Výpočetní databáze, cesty a cheminformatické nástroje pro objevování léků na tuberkulózu“. Trendy v mikrobiologii. 19 (2): 65–74. doi:10.1016 / j.tim.2010.10.005. PMC  3034835. PMID  21129975.
  34. ^ Lamichhane, Gyanu; Freundlich, Joel S .; Ekins, Sean; Wickramaratne, Niluka; Nolan, Scott T .; Bishai, William R. (1. února 2011). „Základní metabolity Mycobacterium tuberculosis a jejich napodobeniny“. mBio. 2 (1): e00301–00310. doi:10,1 128 / mBio.00301-10. ISSN  2150-7511. PMC  3031304. PMID  21285434.
  35. ^ http://mm4tb.org/
  36. ^ http://cole-lab.epfl.ch/
  37. ^ Wiki SciMobileApps
  38. ^ Oznámení Wiki SciMobileApps
  39. ^ http://www.rsc.org/chemistryworld/Issues/2010/May/MobileChemistryChemistryHandsFace.asp
  40. ^ Williams, Antony J. (2011). „Inteligentní telefony, výkonný nástroj v učebně chemie“. Journal of Chemical Education. 88 (6): 683–686. Bibcode:2011JChEd..88..683W. doi:10.1021 / ed200029p.
  41. ^ http://tripod.nih.gov/npc/
  42. ^ Williams, AJ; Ekins, S (září 2011). "Kvalitní upozornění a výzva ke zlepšení správy veřejných chemických databází". Drug Discov. Dnes. 16 (17–18): 747–50. doi:10.1016 / j.drudis.2011.07.007. PMID  21871970.
  43. ^ https://www.springer.com/biomed/pharmaceutical+science/journal/11095
  44. ^ https://www.springer.com/biomed/pharmaceutical+science/journal/11095?detailsPage=editorialBoard
  45. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 10. srpna 2011. Citováno 10. září 2011.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  46. ^ [1]
  47. ^ [2]
  48. ^ [3]
  49. ^ Patent USA č. 6564152: Ekins S a Smith BJ, „Pharmacophore models for, methods of screening for, and identification of the cytochrome P-450 inhibitory potency of neurokinin-1 receptor antagonists.“[4]
  50. ^ Patent USA č. 6489094: Ekins S, Kelly KG, Johnson DL, „Metoda a zařízení pro přípravu vzorků pro testování interakcí mezi léčivy“ [5].

externí odkazy