SYTL2 - SYTL2

SYTL2
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3BC1
Identifikátory
Aliasy	SYTL2, CHR11SYT, EXO4, PPP1R151, SGA72M, SLP2, SLP2A, synaptotagmin like 2
Externí ID	OMIM: 612880 MGI: 1933366 HomoloGene: 131343 Genové karty: SYTL2
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 11 (lidský)
Konec	85,811,159 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 7 (myš)
Konec	90,410,719 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba iontů vápníku; • vazba fosfatázy; • clathrinová vazba; • vazba fosfatidylserinu; • vazba proteinů rodiny neurexinů; • Vazba Rab GTPázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba fosfolipidů závislá na vápníku; • vazba fosfatidylinositol-4,5-bisfosfátu; • syntaxinová vazba;
Buněčná složka	• cytoplazma; • exocytový váček; • membrána; • melanosom; • buněčná membrána; • vnější složka plazmatické membrány; • synapse; • presynapse;
Biologický proces	• negativní regulace aktivity fosfatázy; • dokování vezikul zapojené do exocytózy; • lokalizace proteinu na plazmatickou membránu; • transport intracelulárních proteinů; • pozitivní regulace sekrece hlenu; • transport zprostředkovaný vezikuly; • exocytóza; • regulace exocytózy závislé na iontech vápníku; • kalciová iontově regulovaná exocytóza neurotransmiteru; • fúze vezikul;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	54843
	83671
	ENSG00000137501
	ENSMUSG00000030616
	Q9HCH5
	Q99N50
NM_001162951; NM_001162952; NM_001162953; NM_001289608; NM_001289609;
	NM_001289610; NM_032379; NM_032943; NM_206927; NM_206928; NM_206929; NM_206930; NM_001365826; NM_001365827; NM_001365828; NM_001365829; NM_001365830; NM_001365831; NM_001365832; NM_001365833; NM_001365834; NM_001365835
NM_001040085; NM_001040086; NM_001040087; NM_001040088; NM_001289583;
	NM_001289584; NM_001289585; NM_001289586; NM_031394; NM_001368878
NP_001156423; NP_001156424; NP_001156425; NP_001276537; NP_001276538;
	NP_001276539; NP_116561; NP_996812; NP_996813; NP_001352755; NP_001352756; NP_001352757; NP_001352758; NP_001352759; NP_001352760; NP_001352761; NP_001352762; NP_001352763; NP_001352764; NP_996810; NP_996811
NP_001035174; NP_001035176; NP_001035177; NP_001276512; NP_001276513;
	NP_001276514; NP_001276515; NP_113571; NP_001355807
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Synaptotagmin podobný 2, také známý jako SYTL2, je člověk gen.^[5]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je synaptotagminový protein (SLP), který patří do rodiny proteinů obsahujících doménu C2. Ukázalo se, že homologická doména SLP (SHD) tohoto proteinu se specificky váže na GTP vázanou formu proteinu souvisejícího s Ras Rab-27A (RAB27A), což naznačuje roli v obchodování vezikul. Bylo pozorováno několik alternativně kořeněných variant transkriptu kódujících odlišné izoformy.^[5]

Interakce

SYTL2 bylo prokázáno komunikovat s RAB27A.^[6]^[7]^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000137501 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000030616 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SYTL2 synaptotagmin like 2“.
^ Fukuda M (duben 2003). "Slp4-a / granuphilin-a inhibuje exocytózu vezikul s hustým jádrem prostřednictvím interakce s formou Rab27A vázanou na GDP v buňkách PC12". The Journal of Biological Chemistry. 278 (17): 15390–6. doi:10,1074 / jbc.M213090200. PMID 12590134.
^ Strom M, Hume AN, Tarafder AK, Barkagianni E, Seabra MC (červenec 2002). "Rodina proteinů vázajících Rab27. Melanofilin spojuje Rab27a a funkci myosinu Va v transportu melanosomu". The Journal of Biological Chemistry. 277 (28): 25423–30. doi:10,1074 / jbc.M202574200. PMID 11980908.
^ Kuroda TS, Fukuda M, Ariga H, Mikoshiba K (březen 2002). „Doména Slp homologie synaptotagminových proteinů 1-4 a Slac2 funguje jako nová vazebná doména Rab27A“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (11): 9212–8. doi:10,1074 / jbc.M112414200. PMID 11773082.

Další čtení

Nalefski EA, Falke JJ (prosinec 1996). „Motiv vázající vápník na doménu C2: strukturální a funkční rozmanitost“. Věda o bílkovinách. 5 (12): 2375–90. doi:10.1002 / pro.5560051201. PMC 2143302. PMID 8976547.
Duncan RR, Shipston MJ, Chow RH (květen 2000). "Double C2 protein. Recenze". Biochimie. 82 (5): 421–6. doi:10.1016 / S0300-9084 (00) 00214-5. PMID 10865129.
Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Dias Neto E, Correa RG, Verjovski-Almeida S, Briones MR, Nagai MA, da Silva W, Zago MA, Bordin S, Costa FF, Goldman GH, Carvalho AF, Matsukuma A, Baia GS, Simpson DH, Brunstein A, de Oliveira PS, Bucher P, Jongeneel CV, O'Hare MJ, Soares F, Brentani RR, Reis LF, de Souza SJ, Simpson AJ (březen 2000). "Brokovnicové sekvenování lidského transkriptomu se značkami sekvencí exprimovanými ORF". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (7): 3491–6. doi:10.1073 / pnas.97.7.3491. PMC 16267. PMID 10737800.
Nagase T, Kikuno R, Nakayama M, Hirosawa M, Ohara O (srpen 2000). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XVIII. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. Výzkum DNA. 7 (4): 273–81. doi:10.1093 / dnares / 7.4.271. PMID 10997877.
Fukuda M, Mikoshiba K (březen 2001). „Protein podobný synaptotagminu 1-3: nová rodina tandemových proteinů C2 terminálního typu C2“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 281 (5): 1226–33. doi:10.1006 / bbrc.2001.4512. PMID 11243866.
Fukuda M, Saegusa C, Mikoshiba K (květen 2001). "Nové sestřihové izoformy synaptotagminových proteinů 2 a 3: identifikace domény SLP homologie". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 283 (2): 513–9. doi:10.1006 / bbrc.2001.4803. PMID 11327731.
Craxton M (září 2001). "Genomická analýza synaptotagminových genů". Genomika. 77 (1–2): 43–9. doi:10.1006 / geno.2001.6619. PMID 11543631.
Kuroda TS, Fukuda M, Ariga H, Mikoshiba K (březen 2002). „Doména Slp homologie synaptotagminových proteinů 1-4 a Slac2 funguje jako nová vazebná doména Rab27A“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (11): 9212–8. doi:10,1074 / jbc.M112414200. PMID 11773082.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Moore T , Max SI, Wang J, Hsieh F, Diatchenko L, Marusina K, Farmer AA, Rubin GM, Hong L, Stapleton M, Soares MB, Bonaldo MF, Casavant TL, Scheetz TE, Brownstein MJ, Usdin TB, Toshiyuki S, Carninci P, Prange C, Raha SS, Loquellano NA, Peters GJ, Abramson RD, Mullahy SJ, Bosak SA, McEwan PJ, McKernan KJ, Malek JA, Gunaratne PH, Richards S, Worley KC, Hale S, Garcia AM, Gay LJ, Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanchez A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodriguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (prosinec 2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Fukuda M (duben 2003). "Slp4-a / granuphilin-a inhibuje exocytózu vezikul s hustým jádrem prostřednictvím interakce s formou Rab27A vázanou na GDP v buňkách PC12". The Journal of Biological Chemistry. 278 (17): 15390–6. doi:10,1074 / jbc.M213090200. PMID 12590134.
Colland F, Jacq X, Trouplin V, Mougin C, Groizeleau C, Hamburger A, Meil A, Wojcik J, Legrain P, Gauthier JM (červenec 2004). "Funkční proteomické mapování lidské signální dráhy". Výzkum genomu. 14 (7): 1324–32. doi:10,1101 / gr. 2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Otsuki T, Ota T, Nishikawa T, Hayashi K, Suzuki Y, Yamamoto J, Wakamatsu A, Kimura K, Sakamoto K, Hatano N, Kawai Y, Ishii S, Saito K, Kojima S, Sugiyama T, Ono T, Okano K , Yoshikawa Y, Aotsuka S, Sasaki N, Hattori A, Okumura K, Nagai K, Sugano S, Isogai T (2007). „Signální sekvence a lapač klíčových slov in silico pro výběr lidských cDNA plné délky kódujících sekreci nebo membránové proteiny z knihoven cDNA s oligopohraničením“. Výzkum DNA. 12 (2): 117–26. doi:10.1093 / dnares / 12.2.117. PMID 16303743.
Yu M, Kasai K, Nagashima K, Torii S, Yokota-Hashimoto H, Okamoto K, Takeuchi T, Gomi H, Izumi T (únor 2007). „Exophilin4 / Slp2-a cílí granule glukagonu na plazmatickou membránu prostřednictvím jedinečné aktivity vázající Ca2 + na fosfolipidy v doméně C2A“. Molekulární biologie buňky. 18 (2): 688–96. doi:10,1091 / mbc.E06-10-0914. PMC 1783794. PMID 17182843.

Tento článek o gen na lidský chromozom 11 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000137501 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000030616 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: SYTL2 synaptotagmin like 2“.

[pmid12590134-6] Fukuda M (duben 2003). "Slp4-a / granuphilin-a inhibuje exocytózu vezikul s hustým jádrem prostřednictvím interakce s formou Rab27A vázanou na GDP v buňkách PC12". The Journal of Biological Chemistry. 278 (17): 15390–6. doi:10,1074 / jbc.M213090200. PMID 12590134.

[pmid11980908-7] Strom M, Hume AN, Tarafder AK, Barkagianni E, Seabra MC (červenec 2002). "Rodina proteinů vázajících Rab27. Melanofilin spojuje Rab27a a funkci myosinu Va v transportu melanosomu". The Journal of Biological Chemistry. 277 (28): 25423–30. doi:10,1074 / jbc.M202574200. PMID 11980908.

[pmid11773082-8] Kuroda TS, Fukuda M, Ariga H, Mikoshiba K (březen 2002). „Doména Slp homologie synaptotagminových proteinů 1-4 a Slac2 funguje jako nová vazebná doména Rab27A“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (11): 9212–8. doi:10,1074 / jbc.M112414200. PMID 11773082.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]