SRGAP2C - SRGAP2C

SRGAP2C
Identifikátory
Aliasy	SRGAP2C„SRGAP2P1, SLIT-ROBO Rho GTPáza aktivující protein 2C
Externí ID	OMIM: 614704 Genové karty: SRGAP2C
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	121,392,874 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Rac GTPase vazba; • aktivita homodimerizace proteinu; • GO: 0005097, GO: 0005099, GO: 0005100 Aktivátor aktivity GTPázy; • aktivita heterodimerizace proteinu;
Buněčná složka	• cytoplazma;
Biologický proces	• rozšíření vedoucího procesu podílejícího se na motilitě buněk v mozkové kůře vedené migrací vedenou radiální glií; • negativní regulace buněčné migrace; • negativní regulace vývoje dendritické páteře; • vývoj nervového systému; • negativní regulace sestavy filopodia; • pozitivní regulace migrace neuronů; • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 pozitivní regulace aktivity GTPázy;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	653464
	n / a
	ENSG00000171943
	n / a
	P0DJJ0
	n / a
	NM_001271872; NM_001329984
	n / a
	NP_001258801; NP_001316913
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

SLIT-ROBO Rho GTPáza aktivující protein 2C je protein u lidí, který je kódován SRGAP2C gen.^[3]

Gen kortikálního vývoje Slit-Robo Rho GTPase-aktivující protein 2 (SRGAP2 ) byl v průběhu evoluce savců vysoce konzervovaný a člověk je jedinou linií, ve které došlo k genovým duplikacím (třikrát). Promotor a prvních devět exonů SRGAP2 duplikovány od 1q23.1 (SRGAP2A ) až 1q21.1 (SRGAP2B ) Před 3,4 miliony let (mya). Dvě větší duplikace později zkopírovaly SRGAP2B do chromozomu 1p12 (SRGAP2C) a do proximálního 1q21.1 (SRGAP2D ) ∼2,4 a ∼1 mya. Rodová SRGAP2A a odvozená kopie SRGAP2C jsou fixovány na diploidní kopii číslo dvě. Naproti tomu SRGAP2B a SRGAP2D mají vysoký počet kopií polymorfních, u běžných jedinců bylo zjištěno, že tyto paralogové kopie zcela postrádají. SRGAP2C je nejpravděpodobnějším duplikátem ke kódování funkčního proteinu a patří mezi nejpevnější duplicitní geny specifické pro člověka. Neúplná duplikace vytvořila novou genovou funkci - antagonizující rodičovskou funkci SRGAP2 okamžitě „při narození“ 2–3 mya, což je doba odpovídající přechodu z Australopithecus na Homo a začátek roku neokortex expanze.^[4]^[5]

SRGAP2C je exprimován v lidském mozku a dimerizuje se s předkem SRGAP2, aby si jej antagonizoval. V myším neokortexu SRGAP2 podporuje zrání páteře a omezuje hustotu páteře. Fenokopie SRGAP2C Nedostatek SRGAP2 a je základem trvalé radiální migrace a vede ke vzniku specifických rysů člověka, včetně neoteny během zrání páteře a zvýšené hustoty delších trnů. Ukazuje se, že SRGAP2C nakonec převzal antagonistickou funkci duplikátu SRGAP2B, což svědčí o pseudogenizaci u současných lidí. Je nepravděpodobné, že SRGAP2B a SRGAP2D jsou nyní funkční, protože SRGAP2B má výrazně sníženou expresi v lidském mozku ve srovnání se SRGAP2C a transkripty produkované SRGAP2D postrádají dva vnitřní exony, což vede k předčasnému terminačnímu kodonu^[4]^[6]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000171943 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ "Entrez Gene: SLIT-ROBO Rho GTPáza aktivující protein 2C".
^ ^A ^b Charrier C, Joshi K, Coutinho-Budd J, Kim JE, Lambert N, de Marchena J, Jin WL, Vanderhaeghen P, Ghosh A, Sassa T, Polleux F (květen 2012). „Inhibice funkce SRGAP2 jeho lidsky specifickými paralogy vyvolává neotenii během zrání páteře“. Buňka. 149 (4): 923–35. doi:10.1016 / j.cell.2012.03.034. PMC 3357949. PMID 22559944.
^ Sporny, M; Guez-Haddad, J; Kreusch, A; Shakartzi, S; Nezňanský, A; Kříž, A; Isupov, MN; Qualmann, B; Kessels, MM; Opatowsky, Y (1. června 2017). "Strukturální historie lidských proteinů SRGAP2". Molekulární biologie a evoluce. 34 (6): 1463–1478. doi:10,1093 / molbev / msx094. PMC 5435084. PMID 28333212.
^ Dennis MY, Nuttle X, Sudmant PH, Antonacci F, Graves TA, Nefedov M, Rosenfeld JA, Sajjadian S, Malig M, Kotkiewicz H, Curry CJ, Shafer S, Shaffer LG, de Jong PJ, Wilson RK, Eichler EE (květen 2012). "Vývoj lidských specifických neurálních genů SRGAP2 neúplnou segmentovou duplikací". Buňka. 149 (4): 912–22. doi:10.1016 / j.cell.2012.03.033. PMC 3365555. PMID 22559943.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000171943 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-3] "Entrez Gene: SLIT-ROBO Rho GTPáza aktivující protein 2C".

[pmid22559944-4] A ^b Charrier C, Joshi K, Coutinho-Budd J, Kim JE, Lambert N, de Marchena J, Jin WL, Vanderhaeghen P, Ghosh A, Sassa T, Polleux F (květen 2012). „Inhibice funkce SRGAP2 jeho lidsky specifickými paralogy vyvolává neotenii během zrání páteře“. Buňka. 149 (4): 923–35. doi:10.1016 / j.cell.2012.03.034. PMC 3357949. PMID 22559944.

[pmid28333212-5] Sporny, M; Guez-Haddad, J; Kreusch, A; Shakartzi, S; Nezňanský, A; Kříž, A; Isupov, MN; Qualmann, B; Kessels, MM; Opatowsky, Y (1. června 2017). "Strukturální historie lidských proteinů SRGAP2". Molekulární biologie a evoluce. 34 (6): 1463–1478. doi:10,1093 / molbev / msx094. PMC 5435084. PMID 28333212.

[pmid22559943-6] Dennis MY, Nuttle X, Sudmant PH, Antonacci F, Graves TA, Nefedov M, Rosenfeld JA, Sajjadian S, Malig M, Kotkiewicz H, Curry CJ, Shafer S, Shaffer LG, de Jong PJ, Wilson RK, Eichler EE (květen 2012). "Vývoj lidských specifických neurálních genů SRGAP2 neúplnou segmentovou duplikací". Buňka. 149 (4): 912–22. doi:10.1016 / j.cell.2012.03.033. PMC 3365555. PMID 22559943.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]