SF3A3 - SF3A3

SF3A3
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2DT7
Identifikátory
Aliasy	SF3A3, PRP9, PRPF9, SAP61, SF3a60, spojovací faktor 3a podjednotka 3
Externí ID	OMIM: 605596 MGI: 1922312 HomoloGene: 4949 Genové karty: SF3A3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	37,990,075 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	124,732,460 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba iontů zinku; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kovových iontů; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• jaderná skvrna; • katalytický krok 2 spliceosom; • spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • U2 snRNP; • Prekatalytický spliceosom typu U2;
Biologický proces	• Sestřih RNA prostřednictvím transesterifikačních reakcí; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • Zpracování mRNA; • rozpoznávání mRNA 3'-místa sestřihu; • Sestřih RNA; • Sestava prespliceosomů typu U2;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10946
	75062
	ENSG00000183431
	ENSMUSG00000028902
	Q12874
	Q9D554
	NM_006802; NM_001320830
	NM_029157
	NP_001307759; NP_006793
	NP_083433
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor sestřihu 3A podjednotka 3 je protein že u lidí je kódován SF3A3 gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen kóduje podjednotku 3 proteinového komplexu sestřihu faktoru 3a. Heterotrimer sestřihového faktoru 3a zahrnuje podjednotky 1, 2 a 3 a je nezbytný pro in vitro konverzi 15S U2 snRNP na aktivní 17S částici, která provádí sestřih pre-mRNA. Podjednotka 3 interaguje s podjednotkou 1 prostřednictvím svého amino-konce, zatímco doména zinkového prstu podjednotky 3 hraje roli při jeho vazbě na 15S U2 snRNP. Tento gen má na chromozomu 20 pseudogen.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že SF3A3 komunikovat s SF3A1.^[6]^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000183431 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028902 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Kramer A; Legrain P; Mulhauser F; Groning K; Brosi R; Bilbe G (únor 1995). „Splicing factor SF3a60 je savčí homolog PRP9 z S. cerevisiae: konzervovaný zinkový prstovitý motiv je funkčně vyměnitelný in vivo“. Nucleic Acids Res. 22 (24): 5223–8. doi:10.1093 / nar / 22.24.5223. PMC 332064. PMID 7816610.
^ ^A ^b Chiara MD; Champion-Arnaud P; Buvoli M; Nadal-Ginard B; Reed R (srpen 1994). „Specifické interakce protein-protein mezi základními proteiny asociovanými se spliceosomy savců SAP 61 a SAP 114“. Proc Natl Acad Sci U S A. 91 (14): 6403–7. Bibcode:1994PNAS ... 91.6403C. doi:10.1073 / pnas.91.14.6403. PMC 44210. PMID 8022796.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SF3A3 sestřihový faktor 3a, podjednotka 3, 60 kDa“.
^ Nesic, D; Krämer A (říjen 2001). „Domény v lidských spojovacích faktorech SF3a60 a SF3a66 potřebné pro vazbu na SF3a120, sestavení 17S U2 snRNP a tvorbu prespliceosomu“. Mol. Buňka. Biol. Spojené státy. 21 (19): 6406–17. doi:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. ISSN 0270-7306. PMC 99788. PMID 11533230.

Další čtení

Marujama K; Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Bonaldo MF; Lennon G; Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Neubauer G, král A, Rappsilber J a kol. (1998). „Hmotnostní spektrometrie a vyhledávání v databázi EST umožňuje charakterizaci komplexu víceproteinových spliceosomů“. Nat. Genet. 20 (1): 46–50. doi:10.1038/1700. PMID 9731529.
Das R; Zhou Z; Reed R (2000). "Funkční asociace U2 snRNP s ATP nezávislým spliceozomálním komplexem E". Mol. Buňka. 5 (5): 779–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80318-4. PMID 10882114.
Will CL, Schneider C, MacMillan AM a kol. (2001). „Nový protein snRNP U2 a U11 / U12, který se asociuje s místem pobočky pre-mRNA“. EMBO J.. 20 (16): 4536–46. doi:10.1093 / emboj / 20.16.4536. PMC 125580. PMID 11500380.
Nesic D; Krämer A (2001). „Domény v lidských spojovacích faktorech SF3a60 a SF3a66 potřebné pro vazbu na SF3a120, sestavení 17S U2 snRNP a tvorbu prespliceosomu“. Mol. Buňka. Biol. 21 (19): 6406–17. doi:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. PMC 99788. PMID 11533230.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR a kol. (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Will CL, Urlaub H, Achsel T a kol. (2002). „Charakterizace nových proteinů SF3b a 17S U2 snRNP, včetně humánního homologu Prp5p a proteinu SF3b DEAD-box“. EMBO J.. 21 (18): 4978–88. doi:10.1093 / emboj / cdf480. PMC 126279. PMID 12234937.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Dubois T; Zemličková E; Howell S; Aitken A (2003). „Centaurin-alfa 1 se asociuje in vitro a in vivo s nukleolinem“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 301 (2): 502–8. doi:10.1016 / S0006-291X (02) 03010-3. PMID 12565890.
Li J, Hawkins IC, Harvey CD a kol. (2003). „Regulace alternativního sestřihu pomocí SRrp86 a jeho interagujících proteinů“. Mol. Buňka. Biol. 23 (21): 7437–47. doi:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. PMC 207616. PMID 14559993.
Nesic D; Tanackovic G; Krämer A (2005). „Role Cajalových orgánů v závěrečných krocích biogeneze U2 snRNP“. J. Cell Sci. 117 (Pt 19): 4423–33. doi:10.1242 / jcs.01308. PMID 15316075.
Lin KT; Lu RM; Tarn WY (2004). „Proteiny obsahující WW doménu interagují s časným spliceosomem a účastní se sestřihu pre-mRNA in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 24 (20): 9176–85. doi:10.1128 / MCB.24.20.9176-9185.2004. PMC 517884. PMID 15456888.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Rush J, Moritz A, Lee KA a kol. (2005). "Imunoafinitní profil fosforylace tyrosinu v rakovinných buňkách". Nat. Biotechnol. 23 (1): 94–101. doi:10.1038 / nbt1046. PMID 15592455.
Andersen JS, Lam YW, Leung AK a kol. (2005). "Dynamika nukleolárního proteomu". Příroda. 433 (7021): 77–83. Bibcode:2005 Natur.433 ... 77A. doi:10.1038 / nature03207. PMID 15635413.
Tanackovic G; Krämer A (2005). „Lidský sestřihový faktor SF3a, ale nikoli SF1, je nezbytný pro sestřih pre-mRNA in vivo“. Mol. Biol. Buňka. 16 (3): 1366–77. doi:10,1091 / mbc.E04-11-1034. PMC 551499. PMID 15647371.

Tento článek o gen na lidský chromozom 1 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000183431 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028902 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7816610-5] Kramer A; Legrain P; Mulhauser F; Groning K; Brosi R; Bilbe G (únor 1995). „Splicing factor SF3a60 je savčí homolog PRP9 z S. cerevisiae: konzervovaný zinkový prstovitý motiv je funkčně vyměnitelný in vivo“. Nucleic Acids Res. 22 (24): 5223–8. doi:10.1093 / nar / 22.24.5223. PMC 332064. PMID 7816610.

[pmid8022796-6] A ^b Chiara MD; Champion-Arnaud P; Buvoli M; Nadal-Ginard B; Reed R (srpen 1994). „Specifické interakce protein-protein mezi základními proteiny asociovanými se spliceosomy savců SAP 61 a SAP 114“. Proc Natl Acad Sci U S A. 91 (14): 6403–7. Bibcode:1994PNAS ... 91.6403C. doi:10.1073 / pnas.91.14.6403. PMC 44210. PMID 8022796.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: SF3A3 sestřihový faktor 3a, podjednotka 3, 60 kDa“.

[pmid11533230-8] Nesic, D; Krämer A (říjen 2001). „Domény v lidských spojovacích faktorech SF3a60 a SF3a66 potřebné pro vazbu na SF3a120, sestavení 17S U2 snRNP a tvorbu prespliceosomu“. Mol. Buňka. Biol. Spojené státy. 21 (19): 6406–17. doi:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. ISSN 0270-7306. PMC 99788. PMID 11533230.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]