RBPMS - RBPMS

RBPMS
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	5DET, 5CYJ
Identifikátory
Aliasy	RBPMS, HERMES, protein vázající RNA s vícenásobným sestřihem, protein vázající RNA, faktor zpracování mRNA
Externí ID	OMIM: 601558 MGI: 1334446 HomoloGene: 38238 Genové karty: RBPMS
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 8 (lidský)
Konec	30,572,256 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	33,929,863 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • poly (A) vazba; • vazba nukleové kyseliny; • aktivita homodimerizace proteinu; • Vazba RNA; • Vazba U1 snRNA; • snRNA vázání kmenové smyčky; • mRNA vazba;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • nukleoplazma; • P-tělo; • Stresová granule; • U1 snRNP; • cytoplazma; • cytosol;
Biologický proces	• pozitivní regulace fosforylace proteinu SMAD s omezením dráhy; • Zpracování RNA; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace importu proteinu SMAD do jádra; • reakce na oxidační stres; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • pozitivní regulace transkripce templátované nukleovou kyselinou;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	11030
	19663
	ENSG00000157110
	ENSMUSG00000031586
	Q93062
	Q9WVB0
	NM_001008710; NM_001008711; NM_001008712; NM_006867
	NM_001042674; NM_001042675; NM_001286168; NM_019733
	NP_001008710; NP_001008711; NP_001008712; NP_006858
	NP_001036139; NP_001036140; NP_001273097; NP_062707
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein vázající RNA s vícenásobným sestřihem je protein že u lidí je kódován RBPMS gen.^[5]^[6]

Funkce

Tento gen kóduje člena rodiny RRM proteinů vázajících RNA. RRM doména má délku mezi 80-100 aminokyselinami a členové rodiny obsahují jednu až čtyři kopie domény. RRM doména se skládá ze dvou krátkých úseků konzervované sekvence zvané RNP1 a RNP2, stejně jako několika vysoce konzervovaných hydrofobních zbytků. Protein kódovaný tímto genem má na svém N-konci jedinou domnělou doménu RRM. Výsledkem alternativního sestřihu je více variant transkriptu kódujících různé izoformy.^[6]

Je jednoznačně vyjádřena v gangliové buňky sítnice u savců sítnice,^[7] z neznámých důvodů.

Interakce

RBPMS bylo prokázáno komunikovat s SMUG1.^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000157110 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031586 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Shimamoto A, Kitao S, Ichikawa K, Suzuki N, Yamabe Y, Imamura O, Tokutake Y, Satoh M, Matsumoto T, Kuromitsu J, Kataoka H, Sugawara K, Sugawara M, Sugimoto M, Goto M, Furuichi Y (listopad 1996) ). „Unikátní lidský gen, který se rozprostírá přes 230 kb v lidském chromozomu 8p11-12 a kóduje více proteinů rodiny, které sdílejí motivy vázající RNA“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (20): 10913–7. doi:10.1073 / pnas.93.20.10913. PMC 38257. PMID 8855282.
^ ^A ^b "Entrez Gene: RBPMS RNA vazebný protein s vícenásobným sestřihem".
^ Rodriguez AR, de Sevilla Müller LP, Brecha NC (březen 2014). „Protein vázající RNA RBPMS je selektivním markerem gangliových buněk v savčí sítnici“. J. Comp. Neurol. 522 (6): 1411–43. doi:10,1002 / cne.23521. PMC 3959221. PMID 24318667.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

Další čtení

Lim J, Hao T, Shaw C, Patel AJ, Szabó G, Rual JF, Fisk CJ, Li N, Smolyar A, Hill DE, Barabási AL, Vidal M, Zoghbi HY (2006). „Síť interakce protein-protein pro lidské zděděné ataxie a poruchy degenerace Purkyňových buněk“. Buňka. 125 (4): 801–14. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Brandenberger R, Wei H, Zhang S, Lei S, Murage J, Fisk GJ, Li Y, Xu C, Fang R, Guegler K, Rao MS, Mandalam R, Lebkowski J, Stanton LW (2004). „Charakterizace transkriptomu objasňuje signalizační sítě, které řídí růst a diferenciaci lidských ES buněk“. Nat. Biotechnol. 22 (6): 707–16. doi:10.1038 / nbt971. PMID 15146197. S2CID 27764390.
Hillman RT, Green RE, Brenner SE (2004). „Nedoceněná role pro dohled nad RNA“. Genome Biol. 5 (2): R8. doi:10.1186 / gb-2004-5-2-r8. PMC 395752. PMID 14759258.

Tento článek o gen na lidský chromozom 8 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000157110 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031586 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8855282-5] Shimamoto A, Kitao S, Ichikawa K, Suzuki N, Yamabe Y, Imamura O, Tokutake Y, Satoh M, Matsumoto T, Kuromitsu J, Kataoka H, Sugawara K, Sugawara M, Sugimoto M, Goto M, Furuichi Y (listopad 1996) ). „Unikátní lidský gen, který se rozprostírá přes 230 kb v lidském chromozomu 8p11-12 a kóduje více proteinů rodiny, které sdílejí motivy vázající RNA“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (20): 10913–7. doi:10.1073 / pnas.93.20.10913. PMC 38257. PMID 8855282.

[entrez-6] A ^b "Entrez Gene: RBPMS RNA vazebný protein s vícenásobným sestřihem".

[pmid24318667-7] Rodriguez AR, de Sevilla Müller LP, Brecha NC (březen 2014). „Protein vázající RNA RBPMS je selektivním markerem gangliových buněk v savčí sítnici“. J. Comp. Neurol. 522 (6): 1411–43. doi:10,1002 / cne.23521. PMC 3959221. PMID 24318667.

[pmid16189514-8] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]