RBM9 - RBM9
RNA vazebný motivový protein 9 (RBM9), také známý jako Rbfox2, je protein který je u lidí kódován RBM9 gen.[5]
Funkce
Rbfox2 je jedním z několika lidských genů podobných C. elegans gen Fox-1. Tento gen kóduje protein vázající RNA, který je považován za klíčový regulátor alternativní sestřih v nervovém systému a jiných typech buněk. Rbfox2 a související protein Rbfox1 váže se na konzervované (U) GCAUG RNA motivy v intronech sousedících s mnoha alternativně sestřiženými exony a podporuje začlenění nebo vyloučení alternativního exonu do zralých transkriptů.[6][7] Protein také interaguje s transkripčním faktorem estrogenového receptoru 1 a reguluje transkripční aktivitu estrogenového receptoru 1. Pro tento gen bylo nalezeno několik variant transkriptu kódujících různé izoformy.[5]
Rbfox2, jak je stanoveno pomocí CLIP-seq, se váže poblíž alternativně sestřižených exonů a reguluje zahrnutí nebo vyloučení exonů během alternativního sestřihu vazbou v intronech buď downstream (zahrnutí) nebo upstream (přeskočení exonu) exonů. Jeho přítomnost je důležitá pro přežití kmenových buněk a eliminace aktivačních markerů Rbfox2 pro apoptóza.[8]
Viz také
Reference
- ^ A b C ENSG00000100320 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000277564, ENSG00000100320 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000033565 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b "Entrez Gene: RBM9 RNA vázající motivový protein 9".
- ^ Jin, Y. (2003-02-17). „Protein vázající RNA na obratlovce Fox-1 reguluje tkáňově specifické sestřih prostřednictvím pentanukleotidu GCAUG“. Časopis EMBO. 22 (4): 905–912. doi:10.1093 / emboj / cdg089. ISSN 1460-2075. PMC 145449. PMID 12574126.
- ^ Ponthier, Julie L .; Schluepen, Christina; Chen, Weiguo; Lersch, Robert A .; Gee, Sherry L .; Hou, Victor C .; Lo, Annie J .; Krátce, Sarah A .; Chasis, Joel A .; Winkelmann, John C .; Conboy, John G. (2006-03-14). „Faktor sestřihu Fox-2 se váže k motivu konzervovaného intronu, který podporuje začlenění alternativního exonu 16 proteinu 4.1R“. Journal of Biological Chemistry. 281 (18): 12468–12474. doi:10.1074 / jbc.m511556200. ISSN 0021-9258. PMID 16537540.
- ^ Yeo GW, Coufal NG, Liang TY, Peng GE, Fu XD, Gage FH (únor 2009). „RNA kód pro regulátor sestřihu FOX2 odhalený mapováním interakcí RNA-protein v kmenových buňkách“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 16 (2): 130–137. doi:10.1038 / nsmb.1545. PMC 2735254. PMID 19136955.
Další čtení
- Dunham I, Shimizu N, Roe BA a kol. (1999). „Sekvence DNA lidského chromozomu 22“. Příroda. 402 (6761): 489–495. doi:10.1038/990031. PMID 10591208.
- Lieberman AP, Friedlich DL, Harmison G a kol. (2001). „Androgeny regulují savčí homology genů pro určení pohlaví bezobratlých tra-2 a fox-1“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282 (2): 499–506. doi:10.1006 / bbrc.2001.4617. PMID 11401487.
- Norris JD, Fan D, Sherk A, McDonnell DP (2002). „Negativní koregulátor pro lidský ER“. Mol. Endokrinol. 16 (3): 459–468. doi:10.1210 / mě.16.3.459. PMID 11875103.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Collins JE, Goward ME, Cole CG a kol. (2003). „Přehodnocení anotace lidského genu: analýza druhé generace chromozomu 22“. Genome Res. 13 (1): 27–36. doi:10,1101 / gr. 695703. PMC 430954. PMID 12529303.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–45. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Collins JE, Wright CL, Edwards CA a kol. (2005). „Přístup ke klonování lidského ORFeome založený na anotaci genomu“. Genome Biol. 5 (10): R84. doi:10.1186 / gb-2004-5-10-r84. PMC 545604. PMID 15461802.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–1178. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514.
- Underwood JG, Boutz PL, Dougherty JD a kol. (2005). „Homologové proteinu Fox-1 Caenorhabditis elegans jsou regulátory sestřihu neuronů u savců“. Mol. Buňka. Biol. 25 (22): 10005–10016. doi:10.1128 / MCB.25.22.10005-10016.2005. PMC 1280273. PMID 16260614.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y a kol. (2006). „Diverzifikace transkripční modulace: rozsáhlá identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Ponthier JL, Schluepen C, Chen W a kol. (2006). „Fox-2 sestřihový faktor se váže na konzervovaný intronový motiv, aby podporoval začlenění alternativního exonu 16 proteinu 4.1R“. J. Biol. Chem. 281 (18): 12468–12474. doi:10,1074 / jbc.M511556200. PMID 16537540.
- Lim J, Hao T, Shaw C a kol. (2006). „Síť interakce protein-protein pro lidské zděděné ataxie a poruchy degenerace Purkyňových buněk“. Buňka. 125 (4): 801–814. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569.
externí odkazy
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: O43251 (RNA vázající protein fox-1 homolog 2) na PDBe-KB.
Galerie PDB | |
|---|---|
|
 | Tento článek o gen na lidský chromozom 22 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |