Pseudomonas citronellolis - Pseudomonas citronellolis - Wikipedia
| Pseudomonas citronellolis | |
|---|---|
Vědecká klasifikace  | |
| Doména: | Bakterie |
| Kmen: | Proteobakterie |
| Třída: | Gammaproteobakterie |
| Objednat: | Pseudomonadales |
| Rodina: | Pseudomonadaceae |
| Rod: | Pseudomonas |
| Skupina druhů: | Pseudomonas aeruginosa skupina |
| Druh: | P. citronellolis |
| Binomické jméno | |
| Pseudomonas citronellolis Seubert 1960 | |
| Typ kmene | |
| ATCC 13674 CCUG 17933 | |
Pseudomonas citronellolis je Gramnegativní, bacil bakterie který se používá ke studiu mechanismů pyruvát karboxyláza.[1] Poprvé byl izolován z lesa půda pod borovice stromy, na severu Virginie, Spojené státy.[2]
Vlastnosti
Pseudomonas citronellolis A Gramnegativní, bacil bakterie. Poprvé byl izolován z lesa půda pod borovice stromy, na severu Virginie, Spojené státy.[2] Má jeden polární bičík umožňující jeho pohyblivost.
Vztah k rostlinám
Na agaru, P. citronellolis tvoří kulaté bílé kolonie, které produkují fluorescenčně zelené pigmenty. Vyrábí také a biofilm a je odolný vůči většině antibiotika. Bakterie mají biotický vztah s hostitelem rostliny (buď s borovicemi nebo bazalkou). Produkuje typ hormonu, který indukuje prodloužení a dělení rostlinných buněk, což vede ke zvýšení místních dostupných živin.[3]
Metabolický potenciál
Studie P. citronellolis je důležitá, protože by mohla být použita jako model pro výzkum metabolismu a enzymové aktivity týkající se glukózy. Má také potenciál pro použití při biodegradaci polyethylenu.[4]
Genom
Velikost genomu je 6 951 444 bp s velikostí DNA kódující 6 028 113 bp. Průměrný obsah GC je 67,11% a 4 665 300 bp. Z 6169 predikovaných genů bylo 6071 (98,41%) proteinových CDS, z nichž 4762 genů mělo funkční predikci. Bylo předpovězeno celkem 96 genů RNA, včetně 15 rRNA.[3]
Izolace DNA Pseudomonas citronellolis pro sekvenování 16sR templátu odhalila 25 μl zředěné genomové DNA. Jako primery pro amplifikaci DNA byly použity BOXAIR, opakovaná extragenní palindromická sekvenační PCR analýza (REP-PCR) a enterobakteriální repetitivní intergenní shoda (ERIC). PCR pro 29 kmenů P. citronellolis poskytlo 8 až 12 amplifikovaných pásem. Byly velmi rozlišitelné s velikostmi od 9 000 bp do 100 bp. REP-PCR produkuje nejsložitější zesílené pruhy, které odrážejí rozmanitost mezi kmeny P citronellolis izolovanými z různých vzorků půdy kontaminovaných olejovými kaly. The ribotyp vzory kmenů P. citronellolis vykazovaly více amplikony to silně naznačilo polymorfismus oblasti spaceru rRNA. Tento experiment na genomu neobsahoval žádné plazmidy a neposkytl žádné důkazy o své existenci.[5]
Na základě 16S rRNA analýza, P. citronellolis byl umístěn do P. aeruginosa skupina.[6] P. citronellolis bylo rovněž shledáno, že je schopné biosyntéza polyhydroxyal-kanoátů z „lineárních mono- a dikarboxylových kyselin“, což je typ bakteriálně syntetizovaných polyester.[7]
Genóm P. citronellolis P3B5 obsahuje geny kódující šest předpovězených laktamáz, které odolávají laktamovým antibiotikům. Kromě toho genom obsahuje geny kódující efluxní pumpy, které poskytují rezistenci vůči jiným antibiotikům, jako je např trimethoprim. Genom P3B5 kóduje geny, které by mu měly umožnit degradovat alkany. V kombinaci s odolností vůči stresu a životním stylem závislým na rostlinách činí tento organismus zajímavým kandidátem na přístupy k nápravě rostlin. Byla pozorována rezistence na několik AB a bylo detekováno několik genů ABR, ale nebyl nalezen žádný důkaz potenciálu mobilizace genu ABR.[4]
Reference
- ^ Seubert W, Remberger U (1961). "Čištění a mechanismus účinku pyruvátkarboxylázy z Pseudomonas citronellolis". Biochem Z. 334: 401–14. PMID 13750403.
- ^ A b Seubert W (březen 1960). „Rozklad izoprenoidových sloučenin mikroorganismy. I. Izolace a charakterizace bakterie degradující izoprenoidy, Pseudomonas citronellolis n. Sp.“. Journal of Bacteriology. 79: 426–34. doi:10.1128 / jb.79.3.426-434.1960. PMC 278703. PMID 14445211.
- ^ A b Remus-Emsermann MN, Schmid M, Gekenidis MT, Pelludat C, Frey JE, Ahrens CH, Drissner D (2016). „Pseudomonas citronellolis P3B5, kandidát na mikrobiální fylo-sanaci míst kontaminovaných uhlovodíky“. Standardy v genomických vědách. 11: 75. doi:10.1186 / s40793-016-0190-6. PMC 5037603. PMID 28300228.
- ^ A b Bhatia M, Girdhar A, Tiwari A, Nayarisseri A (2014). „Dopady nového druhu Pseudomonas na biodegradaci polyethylenu s nízkou hustotou: přístup in vitro až in silico“. SpringerPlus. 3: 497. doi:10.1186/2193-1801-3-497. PMC 4409612. PMID 25932357.
- ^ Bhattacharya D, Sarma PM, Krishnan S, Mishra S, Lal B (březen 2003). „Hodnocení genetické rozmanitosti mezi kmeny Pseudomonas citronellolis izolovanými z míst kontaminovaných mastnými kaly“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 69 (3): 1435–41. doi:10.1128 / AEM.69.3.1435-1441.2003. PMC 150093. PMID 12620826.
- ^ Anzai Y, Kim H, Park JY, Wakabayashi H, Oyaizu H (červenec 2000). "Fylogenetická příslušnost pseudomonád na základě 16S rRNA sekvence". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 (4): 1563–89. doi:10.1099/00207713-50-4-1563. PMID 10939664.
- ^ Choi MH, Yoon SC (září 1994). „Polyesterová biosyntéza - charakteristika Pseudomonas citronellolis pěstovaná na různých zdrojích uhlíku, včetně 3-methyl-rozvětvených substrátů“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 60 (9): 3245–54. doi:10.1128 / aem.60.9.3245-3254.1994. PMC 201795. PMID 16349378.