Ribotyping - Ribotyping - Wikipedia

Ribotyping je molekulární technika pro bakteriální identifikaci a charakterizaci, která využívá informace z fylogenetických analýz založených na rRNA.[1] Jedná se o rychlou a specifickou metodu široce používanou v klinické diagnostice a analýze mikrobiálních komunit v potravinách, vodě a nápojích.[1]

Všechny bakterie mají ribozomální geny, ale přesná sekvence je pro každý druh jedinečná a slouží jako genetický otisk prstu. Sekvenování konkrétního genu 16S a jeho porovnání s databází by tedy přineslo identifikaci konkrétního druhu.[2]

Technika

Ribotypizace zahrnuje trávení bakteriální genomové DNA specifickou restrikční enzymy. Každý restrikční enzym štěpí DNA ve specifické nukleotidové sekvenci, což vede k fragmentům různé délky.[3]

Tyto fragmenty jsou poté spuštěny na a Gelová elektroforéza, kde jsou odděleny podle velikosti: aplikace elektrického pole na gel, ve kterém jsou suspendovány, způsobí pohyb fragmentů DNA (všechny negativně nabité v důsledku přítomnosti fosfátových skupin) přes matrici směrem ke kladně nabitému konci pole. Malé fragmenty se pohybují snadněji a rychleji matricí a dosahují větší vzdálenosti od výchozí polohy než větší fragmenty.

Po separaci v gelové matrici se fragmenty DNA přenesou na nylonové membrány a hybridizují se značenou sondou 16S nebo 23S rRNA. Tímto způsobem jsou vizualizovány pouze fragmenty kódující takovou rRNA a mohou být analyzovány.[4] Vzor je poté digitalizován a použit k identifikaci původu DNA porovnáním s referenčními organismy v počítačové databázi.[1]

Koncepčně je ribotypizace podobná zkoumání restrikčních fragmentů chromozomální DNA pomocí klonované sondy (náhodně klonované sondy nebo sondy odvozené ze specifické kódující sekvence, jako je sekvence a faktor virulence ).[5]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C Madigan, Michael T. (2012). Biologie mikroorganismů. Pearson. str. 491. ISBN  978-0-321-73551-5.
  2. ^ „Vyšetřování mikrobiální rozmanitosti: dříve a nyní“. learn.genetics.utah.edu. Citováno 2016-03-15.
  3. ^ „Restriction Enzymes | ASU - Ask a Biologist“. askabiologist.asu.edu. Citováno 2016-03-13.
  4. ^ „ribotyp“. kurzy.cit.kornell.edu. Citováno 2016-03-13.
  5. ^ Grimont, F. a P. A. Grimont. 1986. Omezení genů ribozomální kyseliny ribonukleové jako potenciální taxonomické nástroje. Ann. Inst. Pasteur Microbiol. 137B: 165–175