Motiv Pseudomon-1 RNA - Pseudomon-1 RNA motif

Pseudomon-1 RNA
Pseudomon-1-RNA.svg
Konsensuální sekundární struktura Pseudomon-1 RNA
Identifikátory
SymbolPseudomon-1
RfamRF01719
Další údaje
RNA typsRNA
DoményPseudomonas '
PDB strukturPDBe

The Pseudomon-1 motiv RNA je konzervovaný RNA identifikováno bioinformatika.[1] Používá ho většina druh jehož genomy byly sekvenovány a jsou klasifikovány v rámci rod Pseudomonas, a je také přítomen v Azotobacter vinelandii, blízce příbuzný druh. Předpokládá se, že funguje jako a nekódující RNA. Pseudomon-1 RNA má trvale downstream terminátor transkripce nezávislý na rho.

Intergenní oblast obsahující Pseudomon-1 RNA byly také detekovány později nezávislou studií založenou na hlubokém sekvenování a nazvanou SPA0122[2] Geny obklopující tuto oblast naznačují podobnost s Spot 42 RNA,[2] ale Pseudomonas Funkce RNA reguluje enzym AlgC[3] Na základě těchto informací nový název ErsA pro RNA byla přijata.[3] Negativně reguluje hlavní porin oprD výraz odpovědný za absorpci karbapenem antibiotika, párováním bází s oprD 5′UTR (vedoucí ke zvýšené bakteriální rezistenci na meropenem ).[4] ErsA pozitivně reguluje amrZ mRNA a přispívá k tvorbě a pohyblivosti biofilmu.[5]

Reference

  1. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biology. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ A b Ferrara S, Brugnoli M, De Bonis A, Righetti F, Delvillani F, Dehò G, Horner D, Briani F, Bertoni G (květen 2012). „Srovnávací profilování kmenů Pseudomonas aeruginosa odhaluje rozdílnou expresi nových jedinečných a konzervovaných malých RNA“. PLOS One. 7 (5): e36553. doi:10.1371 / journal.pone.0036553. PMC  3349714. PMID  22590564.
  3. ^ A b Ferrara S, Carloni S, Fulco R, Falcone M, Macchi R, Bertoni G (leden 2015). "Post-transkripční regulace virulence asociovaného enzymu AlgC pomocí σ (22) -dependentní malé RNA ErsA z Pseudomonas aeruginosa". Mikrobiologie prostředí. 17 (1): 199–214. doi:10.1111/1462-2920.12590. PMID  25186153.
  4. ^ Zhang YF, Han K, Chandler CE, Tjaden B, Ernst RK, Lory S (prosinec 2017). „Sondování regulačního prostředí sRNA P. aeruginosa: posttranskripční kontrola determinantů patogenity a citlivosti na antibiotika“. Molekulární mikrobiologie. 106 (6): 919–937. doi:10,1111 / mmi.13857. PMC  5738928. PMID  28976035.
  5. ^ Falcone M, Ferrara S, Rossi E, Johansen HK, Molin S, Bertoni G (2018). „Pseudomonas aeruginosa přispívá k rozvoji a motilitě biofilmu post-transkripční modulací AmrZ“. Hranice v mikrobiologii. 9: 238. doi:10.3389 / fmicb.2018.00238. PMC  5819304. PMID  29497413.

externí odkazy