Složení nukleotidů pseudo K-n-tice - Pseudo K-tuple nucleotide composition - Wikipedia
 | Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte vylepši to nebo diskutovat o těchto otázkách na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)
|
The Složení nukleotidů pseudo K-n-tice nebo PseKNC, byla prodloužena z Chou's Složení pseudoaminokyseliny (PseAAC).[1] PseAAC i PseKNC jsou vektorového deskriptoru, ale první představuje protein nebo peptid sekvence, zatímco druhý představuje DNA nebo RNA sekvence.
Aby se zabránilo úplné ztrátě informací o pořadí sekvencí pro proteinové a peptidové sekvence, PseAAC[1] byl navržen uživatelem Kuo-Chen Chou. Chcete-li řešit problém sekvencí DNA a RNA, pseudo K-n-tice nukleotid bylo navrženo složení nebo PseKNC.[2][3][4] Pro usnadnění vědecké komunity je k dispozici volně dostupný webový server PseKNC[2] a balíček open source s názvem PseKNC-generál[3] Byly vyvinuty v letech 2013 a 2014, které mohly převádět rozsáhlé sekvenční datové soubory na pseudonukleotidové kompozice s mnoha možnostmi kombinací fyzikálně-chemických vlastností. PseKNC-generál může generovat několik režimů pseudonukleotidových kompozic, včetně konvenčních k-n-tice nukleotidových kompozic, autokorelační koeficient Moreau – Broto, autokorelační koeficient Moran, autokorelační koeficient Geary, PseKNC typu I a PseKNC typu II.
Jako PseAAC ve výpočetní oblasti proteomika a proteom analýza, PseKNC se také stále více používá ve výpočtech genomika a předvádění různých genom analýzy.
Reference
- ^ A b Chou, Kuo-Chen (2001). "Predikce buněčných atributů proteinu pomocí pseudoaminokyselinového složení". Proteiny: struktura, funkce a genetika. 43 (3): 246–55. doi:10,1002 / prot. 1035. PMID 11288174.
- ^ A b Chen, Wei; Lei, Tian-Yu; Jin, Dian-Chuan; Lin, Hao; Chou, Kuo-Chen (2014). "PseKNC: Flexibilní webový server pro generování pseudo K-řazené nukleotidové kompozice". Analytická biochemie. 456: 53–60. doi:10.1016 / j.ab.2014.04.001. PMID 24732113.
- ^ A b Chen, Wei; Zhang, Xitong; Brooker, Jordan; Lin, Hao; Zhang, Liqing; Chou, Kuo-Chen (2015). „PseKNC-General: Balíček pro různé platformy pro generování různých režimů pseudonukleotidových kompozic“. Bioinformatika. 31 (1): 119–20. doi:10.1093 / bioinformatika / btu602. PMID 25231908.
- ^ Chen, Wei; Lin, Hao; Chou, Kuo-Chen (2015). "Pseudonukleotidová kompozice nebo PseKNC: Efektivní formulace pro analýzu genomových sekvencí". Molekulární biosystémy. 11 (10): 2620–34. doi:10.1039 / c5mb00155b. PMID 26099739.