Protein bohatý na prolin 21 (PRR21) je protein z rodiny proteiny bohaté na prolin. Je kódován genem PRR21, který se nachází na člověku chromozom 2, pásmo 2q37.3.[2] Gen existuje u několika druhů, u obou obratlovců a bezobratlých, včetně lidí.[3] Protein má však mezi druhy málo konzervovaných oblastí.
Struktura
PRR21 se skládá z 389 aminokyseliny nebo 1170 základní páry, vše nalezeno v jednom exon. Stejně jako ostatní proteiny bohaté na prolin obsahuje opakovanou sekvenci aminokyselin, která obsahuje několik prolin zbytky.[4] Tandemově opakovaná sekvence PRR21 je dlouhá 28 aminokyselin a je opakována celá 11krát, s několika variacemi. Níže je zobrazeno logo zobrazující odchylky opakování.[5] Opakování tvoří téměř celý protein, kromě samotného začátku a krátkého ocasu.
Opakovaná sekvence lidského PRR21.
Polymorfismus
Mnoho jedno-nukleotidové polymorfismy (SNP) jsou předpovězeny pro gen a některé z nich jsou příčinou missense mutace.[6] To umožňuje osobní odchylky v rámci populace a přispívá k „jedinečnosti“ každého jednotlivce.[7]
Posttranslační úpravy
PRR21 má 28 možných fosforylace stránky.[8] Sledují vzorce opakované sekvence.[9] 22 z 28 fosforylačních míst se vyskytuje v seriny na pozicích 9 a 24 v opakování, obě jsou vysoce konzervativní. Tyto seriny lze však změnit pomocí SNP.[10] Fosforylace obecně buď aktivuje nebo inaktivuje protein.[11] Protein nemá žádná potenciální místa modifikace GPI.[12] U PRR21 se nepředpokládá interakce s žádnými jinými proteiny.
Ilustrace předpovězených míst fosforylace.
Homologie
PRR21 nemají č paralogy a málo ortology. Ortology jsou špatně konzervované, protože proteiny bohaté na prolin postrádají potřebu specificity.[4] Nejdůležitější je, že mají volnou strukturu a obsahují mnoho prolinů. Opakování často fungují jako mezerníky, aby byl protein dostatečně velký na to, aby interagoval s jinými proteiny.[4] Ortology tak často vypadají odlišně.
Funkce
Existuje 99,97% pravděpodobnost, že PRR21 vstoupí do mitochondrie.[13] PRR21 může být zapojen do stresových odpovědí, které souvisejí s fosforylací mitochondriálních proteinů.[14] Gen je všudypřítomně exprimován jako téměř všechny eukaryotický buňky obsahují mitochondrie.[15] PRR21 může být slinný protein, protože tandemově opakovaná sekvence tvoří téměř celý protein, což je společný rys bílkovin bohatých na sliny.[4]
Další proteiny bohaté na prolin
Existuje několik druhů proteinů bohatých na prolin, které mohou zahrnovat buď opakující se krátké sekvence nebo tandemově opakované sekvence. Mají společné to, že repetice a pouze repetice obsahují neobvyklé množství prolinů. Mají volnou strukturu, což je způsobeno několika vlastnostmi; prolinky mají tvar, který způsobí, že se řetěz otočí, a zejména zabrání alfa helixy. Proteiny také obsahují mnoho pozitivně nabitých zbytků, které se navzájem odpuzují. Výsledkem jsou volné proteiny, které jsou vhodné jako vazebné proteiny. Tyto vazebné interakce mohou být hydrofobní interakce jako proteiny bohaté na prolin mají tendenci vystavovat hydrofobní oblasti. Samotné prolinky fungují jako další vazebná místa pro Vodíkové vazby tím, že jsou silnými akceptory vodíku.[4]
Reference