Paraburkholderia xenovorans - Paraburkholderia xenovorans

Paraburkholderia xenovorans
Vědecká klasifikace
Království:
Kmen:
Třída:
Objednat:
Rodina:
Rod:
Druh:
P. xenovorans
Binomické jméno
Paraburkholderia xenovorans
(Goris et al. 2004) Sawana et al. 2015[1]
Synonyma

Burkholderia xenovorans Goris et al. 2004

Paraburkholderia xenovorans je druh Proteobakterie.

Genomika

Genom Paraburkholderia xenovorans (LB400) je jedním z největších bakteriálních genomů, které jsou doposud zcela sekvenovány. Nedávné genomické studie tohoto organismu pomohly rozšířit porozumění bakteriím katabolismus, nekatabolická fyziologická adaptace na organické sloučeniny a vývoj velkých bakterií genomy. The metabolické cesty z fylogeneticky rozmanitých izolátů jsou si velmi podobné z hlediska celkové organizace. Jak bylo původně uvedeno v pseudomonády, velké množství "periferních aromatických" cest trychtýřem řadu přírodních a xenobiotikum sloučeniny do omezeného počtu „centrálních aromatických“ drah. Tyto cesty jsou geneticky organizovány v módě specifické pro rod. Srovnávací genomické studie ukazují, že některé cesty jsou rozšířenější, než se původně myslelo. Funkční genomické studie prokázaly, že i organismy, které obsahují vysoký počet homologních enzymů, zřejmě obsahují několik příkladů skutečné redundance. Analýzy ukázaly, že nedávný genetický tok zřejmě hrál významnější roli ve vývoji některých velkých genomů, jako je Burkholderia xenovorans LB400, než v jiných. Objevuje se však trend, že velké genové repertoáry silných degradátorů znečišťujících látek, jako jsou B. xenovorans LB400 se vyvinuly hlavně starodávnějšími procesy. To, že to platí u takových fylogeneticky rozmanitých druhů, je pozoruhodné a dále naznačuje starodávný původ této katabolické kapacity. Aromatické sloučeniny patří k nejodpornějším organickým znečišťujícím látkám a je velký zájem o jejich používání mikrobiální biodegradace vyčistit kontaminovaná místa.[2]


Reference

  1. ^ Sawana A, Adeolu M, Gupta RS. (2014). „Molekulární podpisy a fylogenomická analýza rodu Burkholderia: Návrh na rozdělení tohoto rodu do emendovaného rodu Burkholderia obsahující patogenní organismy a nový rod Paraburkholderia gen. listopad. skrývající se v environmentálních druzích “. Přední. Genet. 5: 429. doi:10.3389 / fgene.2014.00429. PMC  4271702. PMID  25566316.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
  2. ^ McLeod MP a Eltis LD (2008). „Genomic Insights Into the Aerobic Pathways for Degradation of Organic Pollutants“. Mikrobiální biodegradace: Genomika a molekulární biologie. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-17-2.