Paraburkholderia - Paraburkholderia

Paraburkholderia
Vědecká klasifikace
Království:
Bakterie
Kmen:
Proteobakterie
Třída:
Betaproteobakterie
Objednat:
Burkholderiales
Rodina:
Burkholderiaceae
Rod:
Paraburkholderia

Sawana et al. 2014[1]

Paraburkholderia je rod Proteobakterie to jsou gram negativní, mírně zakřivené pruty které jsou pohyblivé pomocí bičíky. Bylo údajně kolonizováno endofytický tkáně hybridního smrku (Picea glauca X engelmannii ) a lodgepole borovice se silným výkonnostním potenciálem biologická fixace dusíku a podpora růstu rostlin.[2][3][4] Na rozdíl od Burkholderia druh, Paraburkholderia členové nejsou běžně spojováni s lidskou infekcí. Paraburkholderia členové tvoří monofyletikum clade v rámci Burkholderiaceae rodina, což vedlo k jejich rozlišení jako rodu nezávislého na Burkholderia v kombinaci s nálezem robustních druhů konzervované podpisové indely které jsou jedinečné pro Paraburkholderia druhů a chybí u členů rodu Burkholderia.[1] Tyto CSI odlišují rod od všech ostatních bakterií. Navíc CSI, u kterých bylo zjištěno, že jsou sdíleny Burkholderia druhy chybí v Paraburkholderia, poskytující důkazy o samostatných liniích.[5]

Zachované podpisové indels byly také nalezeny v rámci rodu Paraburkholderia.[1] Tyto CSI jsou paralelní s fylogenomické analýzy, které ukazují na dvě monofyletický subtypy v rámci rodu; jedna clade skrývá nepojmenované a Candidatus Paraburkholderia, zatímco druhý klade zahrnuje životní prostředí Paraburkholderia, běžně používané pro zemědělské účely.[6] CSI byly shledány exkluzivně pro každou z těchto subtypů a nebyly shledány specifickými pro žádnou jinou kombinaci Paraburkholderia druhů, které poskytují další úroveň fylogenetické rozlišení na úrovni rodu.[1][5]

Druh

Paraburkholderia zahrnuje následující druhy:[1][7]

Reference

  1. ^ A b C d E Sawana A, Adeolu M, Gupta RS (2014). „Molekulární podpisy a fylogenomická analýza rodu Burkholderia: návrh na rozdělení tohoto rodu na emendovaný rod Burkholderia obsahující patogenní organismy a nový rod Paraburkholderia gen.. Frontiers in Genetics. 5: 429. doi:10.3389 / fgene.2014.00429. PMC  4271702. PMID  25566316.
  2. ^ Puri A, Padda KP, Chanway CP (01.01.2020). „Mohou přirozeně se vyskytující endofytické bakterie vázající dusík hybridního smrku bílého udržovat růst boreálních lesních stromů na půdách extrémně chudých na živiny?“. Půdní biologie a biochemie. 140: 107642. doi:10.1016 / j.soilbio.2019.107642. ISSN  0038-0717.
  3. ^ Puri A, Padda KP, Chanway CP (2018-12-15). „Důkazy o endofytických diazotrofních bakteriích v borovici polní a hybridních smrcích bílých rostoucích v půdách s různým stavem živin v oblasti West Chilcotin v Britské Kolumbii, Kanada“ Ekologie a management lesů. 430: 558–565. doi:10.1016 / j.foreco.2018.08.049. ISSN  0378-1127.
  4. ^ Puri A, Padda KP, Chanway CP (2020-08-26). „Udržení růstu stromů Pinaceae za edafických podmínek omezených na živiny pomocí rostlin prospěšných bakterií“. PLOS ONE. 15 (8): e0238055. doi:10.1371 / journal.pone.0238055. PMC  7449467. PMID  32845898.
  5. ^ A b Gupta RS (červenec 2016). „Dopad genomiky na porozumění mikrobiální evoluci a klasifikaci: význam Darwinových názorů na klasifikaci“. Recenze mikrobiologie FEMS. 40 (4): 520–53. doi:10.1093 / femsre / fuw011. PMID  27279642.
  6. ^ Estrada-de los Santos P, Vinuesa P, Martínez-Aguilar L, Hirsch AM, Caballero-Mellado J (červenec 2013). "Fylogenetická analýza druhů burkholderia multilokusovou sekvenční analýzou". Současná mikrobiologie. 67 (1): 51–60. doi:10.1007 / s00284-013-0330-9. PMID  23404651. S2CID  14190412.
  7. ^ Oren A, Garrity GM (září 2017). "Seznam nových jmen a nových kombinací dříve publikovaných efektivně, ale neplatně,". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 67 (9): 3140–3143. doi:10.1099 / ijs.0.000317. PMC  5817221. PMID  28891789.
  8. ^ A b Paulitsch F, Dall'Agnol RF, Delamuta JR, Ribeiro RA, da Silva Batista JS, Hungria M (2020). "Paraburkholderia atlantica sp. listopad. a Paraburkholderia franconis sp. listopadu., dva nové nodulační druhy vázající dusík izolované z atlantických lesních půd v Brazílii “. Arch Microbiol. 202 (6): 1369–1380. doi:10.1007 / s00203-020-01843-w. PMID  32166359.
  9. ^ Wilhelm RC, Cyle KT, Martinez CE, Karasz DC, Newman JD, Buckley DH (srpen 2020). „Paraburkholderia solitsugae sp. Nov. A Paraburkholderia elongata sp. Nov., Bakterie degradující fenolickou kyselinu izolované z lesní půdy a upravený popis Paraburkholderia madseniana“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70 (9): 5093–5105. doi:10.1099 / ijsem.0.004387. PMID  32809929.
  10. ^ Paulitsch F, Fuzinatto Dall’Agnol R, Marçon Delamuta JR, Augusto Ribeiro R, da Silva Batista JS, Hungria M. (2019). "Paraburkholderia guartelaensis sp. nov., druh vázající dusík izolovaný z uzlíků Mimosové tělocvičny v ekotonu považovaném za ohnisko biodiverzity v Brazílii “. Arch Microbiol. 201: 1435–1446. doi:10.1007 / s00203-019-01714-z.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
  11. ^ Wilhelm RC, Murphy SJ, Feriancek NM, Karasz DC, DeRito CM, Newman JD, Buckley DH (březen 2020). „Paraburkholderia madseniana sp. Nov., Bakterie degradující kyselinu fenolovou izolovaná z kyselé lesní půdy“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70 (3): 2137–2146. doi:10.1099 / ijsem.0.004029. PMID  32027304.
  12. ^ Wilhelm RC, Cyle KT, Martinez CE, Karasz DC, Newman JD, Buckley DH (srpen 2020). „Paraburkholderia solitsugae sp. Nov. A Paraburkholderia elongata sp. Nov., Bakterie degradující fenolickou kyselinu izolované z lesní půdy a upravený popis Paraburkholderia madseniana“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70 (9): 5093–5105. doi:10.1099 / ijsem.0.004387. PMID  32809929.
  13. ^ A b Beukes CW, Steenkamp ET, van Zyl E, Avontuur J, Chan WY, Hassen AI a kol. (Září 2019). "Paraburkholderia strydomiana sp. listopad. a Paraburkholderia steynii sp. listopad: Rhizobiální symbionty luštěnin fynbos Hypocalyptus sophoroides". Antonie van Leeuwenhoek. 112 (9): 1369–1385. doi:10.1007 / s10482-019-01269-5. PMID  31053961. S2CID  143432118.
  14. ^ Mavima L, Beukes CW, Palmer M, De Meyer SE, James EK, Maluk M, Gross E, Bueno dos Reis F, Avontuur JR, Chan WY, Venter SN, Steenkamp ET (2020). "Paraburkholderia youngii sp. listopad. a 'Paraburkholderia atlantica„—Rhizobie spojená s brazilskou a mexickou mimózou, která byla dříve známá jako Paraburkholderia tuberum sv. mimózy". Syst Appl Microbiol. doi:10.1016 / j.syapm.2020.126152.