PSORTdb - PSORTdb - Wikipedia

PSORTdb
Logo PSORTdb.gif
Obsah
Popisdatabáze subcelulární lokalizace proteinů
OrganismyProkaryotes
Kontakt
Výzkumné centrumUniverzita Simona Frasera
LaboratořÚstav molekulární biologie a biochemie
AutořiSébastien Rey
Primární citaceRey a spol. (2005)[1]
Datum vydání2010 (v. 2.0)
Přístup
webová stránkahttp://db.psort.org/
Smíšený
LicenceGNU General Public License
Verze2.0

PSORTdb je databáze bílkovin subcelulární lokalizace (SCL) pro bakterie a archaea. Je členem PSORT rodina bioinformatika nástroje.[1] Databáze se skládá ze dvou datových sad, ePSORTdb a cPSORTdb, které obsahují informace určené experimentální validací a výpočetní predikcí. Datová sada ePSORTdb je největší sbírkou experimentálně ověřených dat SCL.[2]

PSORTdb byl původně vyvinut v roce 2005, aby obsahoval predikce subcelulární lokalizace proteinu pro bakterie.[3] Výpočtové předpovědi v datové sadě cPSORTdb byly generovány nástrojem PSORT PSORTb 2.0, nejpřesnějším SCL prediktorem času.[3][4]

Druhá a aktuální verze PSORTdb byla vydána v roce 2010. Záznamy v databázi jsou automaticky generovány, jakmile budou nově sekvenované prokaryotické genomy dostupné prostřednictvím NCBI. Od druhého vydání obsahoval ePSORTdb více než 12 000 záznamů pro bakteriální proteiny a 800 záznamů pro proteiny archaeal; cPSORTdb obsahoval SCL předpovědi celkem pro více než 3 700 000 proteinů. Data ePSORTdb jsou odvozena z manuálního vyhledávání literatury (pomocí PubMed ) stejně jako Swiss-Prot anotace. Předpovědi cPSORTdb jsou generovány pomocí aktualizovaného nástroje PSORTb 3.0.[3]

PSORTdb je přístupný přes webové rozhraní nebo přes VÝBUCH. Celá databáze je také k dispozici ke stažení pod GNU General Public License. Každý výraz v databázi je spojen s identifikátorem z Genová ontologie za účelem umožnění integrace s dalšími zdroji bioinformatiky.[1]

Od roku 2014 je PSORTdb udržován prostřednictvím laboratoře Fiona Brinkmanová na Univerzita Simona Frasera.[5][6]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C Rey, Sébastien; Acab Michael; Gardy Jennifer L; Laird Matthew R; deFays Katalin; Lambert Christophe; Brinkman Fiona S L (leden 2005). „PSORTdb: proteinová subcelulární lokalizační databáze pro bakterie“. Nucleic Acids Res. 33 (Problém s databází): D164–8. doi:10.1093 / nar / gki027. PMC  539981. PMID  15608169.
  2. ^ „PSORTdb :: Home“. Citováno 1. září 2014.
  3. ^ A b C Yu, N.Y .; Laird, M. R.; Spencer, C .; Brinkman, F. S. L. (10. listopadu 2010). „PSORTdb - rozšířená, automaticky aktualizovaná a uživatelsky přívětivá databáze subcelulární lokalizace proteinů pro bakterie a archaea“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Databáze): D241 – D244. doi:10.1093 / nar / gkq1093. PMC  3013690. PMID  21071402.
  4. ^ Gardy, JL; Laird, MR; Chen, F; Rey, S; Walsh, CJ; Ester, M; Brinkman, FS (1. března 2005). „PSORTb v.2.0: rozšířená predikce subcelulární lokalizace bakteriálních proteinů a poznatky získané ze srovnávací analýzy proteomu“. Bioinformatika. 21 (5): 617–23. doi:10.1093 / bioinformatika / bti057. PMID  15501914.
  5. ^ "PSORTdb :: About". Citováno 1. září 2014.
  6. ^ „Vyvinuté výpočetní nástroje - laboratoř Fiony Brinkmanové“. Citováno 1. září 2014.

externí odkazy