PODXL - PODXL
Protein podobný podokalyxinu 1 je protein že u lidí je kódován PODXL gen.[3]
Funkce
Tento gen kóduje člena rodiny sialomucinových proteinů CD34.[4] Kódovaný protein byl původně identifikován jako důležitá složka glomerulárních podocytů. Inaktivace kódujícího genu u myší vede k anurii, omfalokéle a perinatální smrti.[5] Podocyty jsou vysoce diferencované epiteliální buňky s interdigitujícími procesy chodidel pokrývajícími vnější stranu glomerulární bazální membrány. Mezi další biologické aktivity kódovaného proteinu patří: vazba v komplexu membránového proteinu s regulačním faktorem výměníku Na + / H + na intracelulární cytoskeletální prvky, hraní role v diferenciaci hematopoetických buněk a exprese v buňkách vaskulárního endotelu a vazba na L-selektin.[3]
Výraz
Exprese a lokalizace PODXL v lidských buňkách, tkáních a orgánech byly zkoumány Atlas lidských bílkovin konsorcium[6]. Podle protilátka na základě profilování je protein přítomen v glomerulární podocyty, endoteliální buňky, žlázové buňky v vejcovod, děloha a semenný váček a podle analýzy exprese RNA jsou transkripty PODXL přítomny ve všech analyzovaných lidských tkáních[7]. Na základě konfokální mikroskopie[8], protein je lokalizován hlavně na plazmatická membrána a mikrotubul organizační centrum a navíc lokalizováno na vezikuly[9].
Interakce
PODXL bylo prokázáno komunikovat s Regulační kofaktor pro výměnu sodík-vodík 2.[10][11][12]
Klinický význam
Podokalyxin je nadměrně regulován u řady druhů rakoviny a je často spojován se špatnou prognózou.[13] Na základě údajů o přežití pacientů[14], vysoká hladina transkriptů PODXL v nádorových buňkách je spojena se špatnou prognózou v rakovina ledvin.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000128567 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Entrez Gene: PODXL podobný podokalyxinu“.
- ^ Nielsen JS, McNagny KM (listopad 2008). „Nové funkce rodiny CD34“. Journal of Cell Science. 121 (Pt 22): 3683–92. doi:10.1242 / jcs.037507. PMID 18987355.
- ^ Doyonnas R, Kershaw DB, Duhme C, Merkens H, Chelliah S, Graf T, McNagny KM (červenec 2001). „Anurie, omfalokéla a perinatální letalita u myší bez proteinu podokalyxinu souvisejícího s CD34“. The Journal of Experimental Medicine. 194 (1): 13–27. doi:10.1084 / jem.194.1.13. PMC 2193439. PMID 11435469.
- ^ Uhlen et al (2015) Science 347: 1260419. https://doi.org/doi:10.1126/science.1260419
- ^ "Tkáňová exprese PODXL - shrnutí - Atlas lidského proteinu".
- ^ Thul et al (2017) Science 356 (6340): eaal3321. https://doi.org/doi:10.1126/science.aal3321
- ^ "Atlas buněk - PODXL - Atlas lidských proteinů".
- ^ Meder D, Shevchenko A, Simons K, Füllekrug J (leden 2005). „Gp135 / podocalyxin a NHERF-2 se podílejí na tvorbě preapikální domény během polarizace buněk MDCK“. The Journal of Cell Biology. 168 (2): 303–13. doi:10.1083 / jcb.200407072. PMC 2171597. PMID 15642748.
- ^ Takeda T, McQuistan T, Orlando RA, Farquhar MG (červenec 2001). „Ztráta procesů glomerulární nohy je spojena s odpojením podokalyxinu od aktinového cytoskeletu“. The Journal of Clinical Investigation. 108 (2): 289–301. doi:10,1172 / JCI12539. PMC 203027. PMID 11457882.
- ^ Li Y, Li J, Straight SW, Kershaw DB (červen 2002). "Interakce králičího podokalyxinu a směnného regulačního faktoru 2 (Na) + H (+) zprostředkovaná doménou PDZ". American Journal of Physiology. Fyziologie ledvin. 282 (6): F1129–39. doi:10.1152 / ajprenal.00131.2001. PMID 11997330.
- ^ Snyder KA, Hughes MR, Hedberg B, Brandon J, Hernaez DC, Bergqvist P, Cruz F, Po K, Graves ML, Turvey ME, Nielsen JS, Wilkins JA, McColl SR, Babcook JS, Roskelley CD, McNagny KM (březen 2015 ). „Podokalyxin zvyšuje růst a metastázy nádoru prsu a je cílem léčby monoklonálními protilátkami“. Výzkum rakoviny prsu. 17 (1): 46. doi:10.1186 / s13058-015-0562-7. PMC 4423095. PMID 25887862.
- ^ Uhlen et al (2017) Science 357 (6352): eaan2507. https://doi.org/doi:10.1126/science.aan2507
Další čtení
- Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Kershaw DB, Beck SG, Wharram BL, Wiggins JE, Goyal M, Thomas PE, Wiggins RC (červen 1997). "Molekulární klonování a charakterizace lidského proteinu podobného podokalyxinu. Ortologický vztah k králičímu PCLP1 a potkanímu podokalyxinu". The Journal of Biological Chemistry. 272 (25): 15708–14. doi:10.1074 / jbc.272.25.15708. PMID 9188463.
- Kershaw DB, Wiggins JE, Wharram BL, Wiggins RC (říjen 1997). "Přiřazení genu lidského podokalyxinového proteinu (PODXL) k 7q32-q33". Genomika. 45 (1): 239–40. doi:10.1006 / geno.1997.4934. PMID 9339384.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Sassetti C, Tangemann K, Singer MS, Kershaw DB, Rosen SD (červen 1998). „Identifikace proteinu podobného podokalyxinu jako ligandu s vysokou endoteliální venulou pro L-selektin: paralelně s CD34“. The Journal of Experimental Medicine. 187 (12): 1965–75. doi:10.1084 / jem.187.12.1965. PMC 2212365. PMID 9625756.
- Dias Neto E, Correa RG, Verjovski-Almeida S, Briones MR, Nagai MA, da Silva W, Zago MA, Bordin S, Costa FF, Goldman GH, Carvalho AF, Matsukuma A, Baia GS, Simpson DH, Brunstein A, de Oliveira PS, Bucher P, Jongeneel CV, O'Hare MJ, Soares F, Brentani RR, Reis LF, de Souza SJ, Simpson AJ (březen 2000). "Brokovnicové sekvenování lidského transkriptomu se značkami sekvencí exprimovanými ORF". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (7): 3491–6. doi:10.1073 / pnas.97.7.3491. PMC 16267. PMID 10737800.
- Takeda T, McQuistan T, Orlando RA, Farquhar MG (červenec 2001). „Ztráta procesů glomerulární nohy je spojena s odpojením podokalyxinu od aktinového cytoskeletu“. The Journal of Clinical Investigation. 108 (2): 289–301. doi:10,1172 / JCI12539. PMC 203027. PMID 11457882.
- Li Y, Li J, Straight SW, Kershaw DB (červen 2002). „Interakce králičího podokalyxinu a směnného regulačního faktoru 2 (Na) + H (+) zprostředkovaná doménou PDZ“. American Journal of Physiology. Fyziologie ledvin. 282 (6): F1129–39. doi:10.1152 / ajprenal.00131.2001. PMID 11997330.
- Schopperle WM, Kershaw DB, DeWolf WC (leden 2003). „Antigen lidského embryonálního karcinomu, Gp200 / GCTM-2, je podokalyxin.“ Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 300 (2): 285–90. doi:10.1016 / S0006-291X (02) 02844-9. PMID 12504081.
- Koop K, Eikmans M, Baelde HJ, Kawachi H, De Heer E, Paul LC, Bruijn JA (srpen 2003). "Exprese molekul asociovaných s podocytem u získaných onemocnění ledvin". Časopis Americké nefrologické společnosti. 14 (8): 2063–71. doi:10.1097 / 01.ASN.0000078803.53165.C9. PMID 12874460.
- Brandenberger R, Wei H, Zhang S, Lei S, Murage J, Fisk GJ, Li Y, Xu C, Fang R, Guegler K, Rao MS, Mandalam R, Lebkowski J, Stanton LW (červen 2004). „Charakterizace transkriptomu objasňuje signalizační sítě, které řídí růst a diferenciaci lidských ES buněk“. Přírodní biotechnologie. 22 (6): 707–16. doi:10.1038 / nbt971. PMID 15146197. S2CID 27764390.
- Economou CG, Kitsiou PV, Tzinia AK, Panagopoulou E, Marinos E, Kershaw DB, Kerjaschki D, Tsilibary EC (červenec 2004). „Vylepšená exprese podokalyxinu mění strukturu bazálního povrchu podocytů“. Journal of Cell Science. 117 (Pt 15): 3281–94. doi:10.1242 / jcs.01163. PMID 15226400.
- Somasiri A, Nielsen JS, Makretsov N, McCoy ML, Prentice L, Gilks CB, Chia SK, Gelmon KA, Kershaw DB, Huntsman DG, McNagny KM, Roskelley CD (srpen 2004). „Nadměrná exprese antiadhezinového podokalyxinu je nezávislým prediktorem progrese rakoviny prsu“. Výzkum rakoviny. 64 (15): 5068–73. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-04-0240. hdl:1807.1/116. PMID 15289306. S2CID 15399303.
- Suzuki Y, Yamashita R, Shirota M, Sakakibara Y, Chiba J, Mizushima-Sugano J, Nakai K, Sugano S (září 2004). „Porovnání sekvencí lidských a myších genů odhaluje homologní blokovou strukturu v promotorových oblastech“. Výzkum genomu. 14 (9): 1711–8. doi:10,1101 / gr. 2435604. PMC 515316. PMID 15342556.
- Meder D, Shevchenko A, Simons K, Füllekrug J (leden 2005). „Gp135 / podocalyxin a NHERF-2 se podílejí na tvorbě preapikální domény během polarizace buněk MDCK“. The Journal of Cell Biology. 168 (2): 303–13. doi:10.1083 / jcb.200407072. PMC 2171597. PMID 15642748.
- Casey G, Neville PJ, Liu X, Plummer SJ, Cicek MS, Krumroy LM, Curran AP, McGreevy MR, Catalona WJ, Klein EA, Witte JS (březen 2006). „Varianty podokalyxinu a riziko rakoviny prostaty a agresivity nádoru“. Lidská molekulární genetika. 15 (5): 735–41. doi:10,1093 / hmg / ddi487. PMID 16434482.
- Butta N, Larrucea S, Alonso S, Rodriguez RB, Arias-Salgado EG, Ayuso MS, González-Manchón C, Parrilla R (2006). „Úloha metylace transkripčního faktoru Sp1 a CpG při regulaci promotoru genu lidského podokalyxinu“. BMC Molekulární biologie. 7: 17. doi:10.1186/1471-2199-7-17. PMC 1481587. PMID 16684343.