PEAKS - PEAKS
| Vývojáři | Bioinformatics Solutions Inc. |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | PEAKS 8.5 / 12. října 2017 |
| Operační systém | Okna |
| Typ | Mass Spec Protein Identification, De Novo Sequencing, Database Search & Quantification |
| Licence | Proprietární komerční software |
| webová stránka | http://www.bioinfor.com/ |
PEAKS je proteomický softwarový program pro tandem hmotnostní spektrometrie navržený pro peptid sekvenování, protein identifikace a kvantifikace.
Popis
PEAKS se běžně používá pro identifikaci peptidů (Protein ID) sekvenování peptidů de novo asistované vyhledávač vyhledávání v databázi.[1] PEAKS také integroval PTM a charakterizaci mutací pomocí automatiky značka peptidové sekvence vyhledávání na základě (SPIDER)[2] a identifikace PTM.[3]
PEAKS poskytuje kompletní sekvenci pro každý peptid, skóre spolehlivosti při přiřazení jednotlivých aminokyselin, mimo jiné jednoduché hlášení pro vysoce výkonnou analýzu.
Tento software má schopnost porovnávat výsledky několika vyhledávačů. PEAKS inChorus automaticky porovná výsledky testů s jinými vyhledávači proteinových ID, jako jsou Sequest, OMSSA, X! Tandem a Mascot. Tento přístup chrání před přiřazením falešně pozitivních peptidů.
PEAKS Q je přídavný nástroj pro kvantifikaci bílkovin, podpůrný štítek (JÁ KOČKA, iTRAQ, SILAC, TMT, 018 atd.) a štítek zdarma techniky.
SPIDER je vyhledávací nástroj založený na sekvenčních značkách v rámci PEAKS, který se zabývá možnými překryvy mezi chybami sekvenování de novo a mutacemi homologie. Rekonstruuje skutečnou peptidovou sekvenci tím, že automaticky a efektivně kombinuje jak značku de novo sekvence, tak homolog.[2]
Sbírka algoritmů používaných v softwaru PEAKS byla přizpůsobena a nakonfigurována do specializovaného projektu PEAKS AB, který se ukázal jako první metoda automatického sekvenování monoklonálních protilátek.[4]
Poznámky
- ^ Zhang, J .; Xin, L .; Shan, B .; Chen, W .; Xie, M .; Yuen, D .; Zhang, W .; Zhang, Z .; Lajoie, G .; Ma, B. (2011). „PEAKS DB: De Novo Sequencing Assisted Database Search for Sensitive and Accurate Peptide Identification“. Molekulární a buněčná proteomika. 11 (4): M111.010587. doi:10,1074 / mcp.M111.010587. PMC 3322562. PMID 22186715.
- ^ A b Ma B, Johnson. De Novo sekvenování a homologie prohledávání molekulární a buněčné proteomiky. 10,1074 / mcp.O111.014902 (2011).
- ^ Han, X .; On, L .; Xin, L .; Shan, B .; Ma, B. (2011). „PEAKS PTM: Identifikace peptidů na základě hmotnostní spektrometrie s nespecifikovanými úpravami“. Journal of Proteome Research. 10 (7): 2930–2936. doi:10.1021 / pr200153k. PMID 21609001.
- ^ Tran, Ngoc Hieu; Rahman, M. Ziaur; On, Lin; Xin, Lei; Shan, Baozhen; Li, Ming (26. srpna 2016). „Kompletní shromáždění monoklonálních protilátek de Novo“. Vědecké zprávy. 6: 31730. doi:10.1038 / srep31730. ISSN 2045-2322. PMC 4999880. PMID 27562653.