Značka peptidové sekvence - Peptide sequence tag

A značka peptidové sekvence je část informace o a peptid získané tandemová hmotnostní spektrometrie které lze použít k identifikaci tohoto peptidu v a proteinová databáze.[1][2][3]

Hmotnostní spektrometrie

Obecně lze peptidy identifikovat jejich fragmentací v a hmotnostní spektrometr. Například během kolize vyvolaná disociace peptidy se srazí s plynem v hmotnostním spektrometru a rozbijí se na jejich části peptidové vazby. Výsledný fragment ionty (volala ionty b a ionty y ) mají hromadné rozdíly odpovídající zbytek hmotnosti příslušných aminokyseliny. Tak, a tandemové hmotnostní spektrum obsahuje částečné informace o aminokyselinové sekvenci peptidu. Přístup označený peptidovou sekvencí, vyvinutý Matthiasem Wilm a Matthias Mann na EMBL,[4] používá tyto informace k identifikaci peptidu v databázi. Stručně, ze spektra se extrahuje pár hmot, aby se získala značka peptidové sekvence. Tato značka peptidové sekvence je jedinečný identifikátor konkrétního peptidu a lze ji použít k vyhledání v databázi obsahující všechny možné peptidové sekvence.

Zápis fragmentu peptidu

Zápis fragmentace peptidů pomocí schématu Roepstorffa a Fohlmana (1984).[5]

Byla vyvinuta notace pro označení peptidových fragmentů, které vznikají z tandemového hmotnostního spektra.[5] Ionty peptidových fragmentů jsou označeny a, b nebo c, pokud je náboj zadržen na N-konec a x, y nebo z, pokud je náboj udržován na C-konec. Dolní index označuje počet aminokyselinových zbytků ve fragmentu. primární symboly označují počet protonů nebo vodíků přidaných k fragmentu za vzniku pozorovaného iontu. Například y '' označuje jednotlivě nabitý ion analogický s protonovaným peptidem, (y '' ')2+ je dvojnásobně nabitý iont analogický dvojnásobně protonovanému peptidu.[6]

Viz také

Reference

  1. ^ Hardouin J (2007). "Informace o sekvenci proteinů pomocí matricové laserové desorpce / ionizace ve hmotnostní spektrometrii rozpadu u zdroje". Recenze hmotnostní spektrometrie. 26 (5): 672–82. Bibcode:2007MSRv ... 26..672H. doi:10.1002 / mas.20142. PMID  17492750.
  2. ^ Shadforth I, Crowther D, Bessant C (2005). "Algoritmy identifikace proteinů a peptidů využívající MS pro použití ve vysoce výkonných automatizovaných kanálech". Proteomika. 5 (16): 4082–95. doi:10.1002 / pmic.200402091. PMID  16196103.
  3. ^ Mørtz E, O'Connor PB, Roepstorff P, Kelleher NL, Wood TD, McLafferty FW, Mann M (1996). "Identifikace sekvenčních značek intaktních proteinů porovnáním hmotnostních spektrálních dat tandenu s databázemi sekvencí". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (16): 8264–7. Bibcode:1996PNAS ... 93.8264M. doi:10.1073 / pnas.93.16.8264. PMC  38658. PMID  8710858.
  4. ^ Mann M, Wilm M (1994). "Chybně tolerantní identifikace peptidů v databázích sekvencí pomocí značek peptidových sekvencí". Anální. Chem. 66 (24): 4390–9. doi:10.1021 / ac00096a002. PMID  7847635.
  5. ^ A b Roepstorff P, Fohlman J (1984). „Návrh společné nomenklatury pro sekvenční ionty v hmotnostním spektru peptidů“. Biomed. Hmotnostní spektrum. 11 (11): 601. doi:10,1002 / bms.1200111109. PMID  6525415.
  6. ^ Tang XJ, Thibault P, Boyd RK (říjen 1993). „Fragmentační reakce mnohonásobně protonovaných peptidů a důsledky pro sekvenování tandemovou hmotnostní spektrometrií s nízkoenergetickou kolizí indukovanou disociací“. Anální. Chem. 65 (20): 2824–34. doi:10.1021 / ac00068a020. PMID  7504416.

externí odkazy