PDLIM3 - PDLIM3
PDLIM3 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
![]() | |||||||||||||||||||||||||
Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
Aliasy | PDLIM3, ALP, PDZ a LIM doména 3 | ||||||||||||||||||||||||
Externí ID | OMIM: 605889 HomoloGene: 8710 Genové karty: PDLIM3 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortology | |||||||||||||||||||||||||
Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNA) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
Místo (UCSC) | Chr 4: 185,5 - 185,54 Mb | n / a | |||||||||||||||||||||||
PubMed Vyhledávání | [2] | n / a | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
Aktinem spojený protein LIM (ALP), také známý jako PDZ a LIM doménový protein 3 je protein že u lidí je kódován PDLIM3 gen.[3][4][5] ALP je vysoce vyjádřen v srdeční a kosterní sval, kde se lokalizuje Z-disky a vložené disky. Funkce ALP zvyšují síťování aktin podle alfa aktinin-2 a také se jeví jako zásadní pro pravá komora tvorba komory a kontraktilní funkce.
Struktura
ALP existuje primárně jako dvě alternativně sestříhané varianty; a 39,2 kDa (364 aminokyselin) protein v kosterní sval a 34,3 kDa (316 aminokyselin) protein v srdeční sval a hladký sval.[6][7][8] ALP má N-terminál PDZ doména a C-terminál LIM doména. Kromě toho obsahuje podrodina ALP specifických 34 aminokyselina doména s názvem motiv podobný ALP, obsahující protein kináza C. konsensuální sekvence.[9] The Doména PDZ ALP se váže na alfa aktinin-2, konkrétně jeho opakování podobné spektrinu.[10] The Doména PDZ je motiv složený z 80 - 120 aminokyselin s konzervovanými čtyřmi zbytky GLGF sekvencí, které s nimi typicky interagují C-konce cytoskeletálních proteinů.[11] Oblast heterogenity ve dvou izoformách je mezi Doména PDZ a LIM doména.[8] ALP je lokalizován na chromozomu 4q35.[10] Ukázalo se, že delece 1 podobné myšlence u myší může změnit sestřihový vzorec PDLIM3.[12]
Funkce
Studie prokázaly, že ALP je přítomen v první fázi myofibrilogeneze, kde je vázán alfa aktinin-2 a tato asociace zůstává nedotčena v dospělosti myofibrily kde je ALP lokalizován Z-disky a vložené disky. Alfa aktinin-2 není však nutná pro cílení ALP na Z-řádky.[13] Studie na ALP knockout myších ukázaly, že ALP usnadňuje zesíťování aktin vlákna od alfa aktinin-2 a absence ALP indukuje abnormální pravá komora tvorba komory, dysplázie a kardiomyopatie.[14] Další studie využívají pravá komora epikardiální systolický analýza kmene a geometrické remodelace u těchto zvířat odhalila, že absence ALP se zmenšuje pravá komora kontrakční funkce a mění vzor srdeční hypertrofická předělávání.[15] Dvě studie využívající integrativní genomové přístupy ke zkoumání genetických modifikátorů depozice kolagenu[16] nebo vnitřní aerobní provozní kapacita (ARC)[17] mapovali PDLIM3 příslušným kvantitativní znak loci, což naznačuje, že ALP může být zapojen do molekulárních sítí souvisejících s těmito srdečními jevy.
Klinický význam
Pericentrická inverze chromozomu 4 byla pozorována u 10 pacientů s přidruženými srdečními vadami spojenými s terminálními delecemi 4q35.1, které mohou ovlivnit PDLIM3.[18]
Interakce
HORSKÁ PASTVINA interaguje s:
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000154553 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Bouju S, Piétu G, Le Cunff M, Cros N, Malzac P, Pellissier JF, Pons F, Léger JJ, Auffray C, Dechesne CA (leden 1999). „Vyloučení genu LIM proteinu (ALP) spojeného se svalovým aktininem z kandidátských genů 4q35 facioscapulohumerální svalové dystrofie (FSHD)“. Neuromuskulární poruchy. 9 (1): 3–10. doi:10.1016 / S0960-8966 (98) 00087-X. PMID 10063829. S2CID 24449614.
- ^ Piétu G, Alibert O, Guichard V, Lamy B, Bois F, Leroy E, Mariage-Sampson R, Houlgatte R, Soularue P, Auffray C (červen 1996). „Nové genové transkripty přednostně exprimované v lidských svalech odhalené kvantitativní hybridizací pole s vysokou hustotou cDNA“. Výzkum genomu. 6 (6): 492–503. doi:10,1101 / gr.6.6.492. PMID 8828038.
- ^ „Entrez Gene: PDLIM3 PDZ a LIM doména 3“.
- ^ "Proteinová sekvence pro lidský PDZ a protein domény LIM 3 (Uniprot: Q53GG5-2)". Znalostní databáze Atlas srdečních organelárních proteinů (COPaKB). Citováno 22. června 2015.
- ^ "Proteinová sekvence pro lidský PDZ a protein domény LIM 3 (Uniprot: Q53GG5)". Znalostní databáze Atlas srdečních organelárních proteinů (COPaKB). Citováno 22. června 2015.
- ^ A b Pomiès P, Macalma T, Beckerle MC (říjen 1999). „Čištění a charakterizace proteinu PDZ-LIM vázajícího alfa-aktinin, který je během diferenciace svalů regulován up-up“. The Journal of Biological Chemistry. 274 (41): 29242–50. doi:10.1074 / jbc.274.41.29242. PMID 10506181.
- ^ Te Velthuis AJ, Isogai T, Gerrits L, Bagowski CP (7. února 2007). „Pohled na molekulární vývoj rodiny PDZ / LIM a identifikace nového konzervovaného proteinového motivu“. PLOS ONE. 2 (2): e189. doi:10.1371 / journal.pone.0000189. PMC 1781342. PMID 17285143.
- ^ A b C Xia H, Winokur ST, Kuo WL, Altherr MR, Bredt DS (říjen 1997). „Aktininem spojený protein LIM: identifikace interakce domény mezi PDZ a spektrinovými opakujícími se motivy“. The Journal of Cell Biology. 139 (2): 507–15. doi:10.1083 / jcb.139.2.507. PMC 2139795. PMID 9334352.
- ^ Ponting CP, Phillips C (březen 1995). "DHR domény v syntrofinech, neuronálních NO syntázách a jiných intracelulárních proteinech". Trendy v biochemických vědách. 20 (3): 102–3. doi:10.1016 / s0968-0004 (00) 88973-2. PMID 7535955.
- ^ Dixon DM, Choi J, El-Ghazali A, Park SY, Roos KP, Jordan MC, Fishbein MC, Comai L, Reddy S (12. března 2015). „Ztráta svalové slepoty 1 má za následek srdeční patologii a perzistenci izoforem embryonálního sestřihu“. Vědecké zprávy. 5: 9042. doi:10.1038 / srep09042. PMC 4356957. PMID 25761764.
- ^ Henderson JR, Pomiès P, Auffray C, Beckerle MC (březen 2003). „Distribuce ALP a MLP během myofibrillogeneze v kultivovaných kardiomyocytech“. Motilita buněk a cytoskelet. 54 (3): 254–65. doi:10,1002 / cm. 10102. PMID 12589684.
- ^ A b Pashmforoush M, Pomiès P, Peterson KL, Kubalak S, Ross J, Hefti A, Aebi U, Beckerle MC, Chien KR (květen 2001). „Dospělé myši s deficitem proteinu LIM domény spojené s aktininem odhalují vývojovou cestu pro kardiomyopatii pravé komory“. Přírodní medicína. 7 (5): 591–7. doi:10.1038/87920. PMID 11329061. S2CID 1781328.
- ^ Lorenzen-Schmidt I, McCulloch AD, Omens JH (červenec 2005). „Nedostatek proteinu LIM souvisejícího s aktininem mění regionální funkce pravé komory a hypertrofickou remodelaci“. Annals of Biomedical Engineering. 33 (7): 888–96. doi:10.1007 / s10439-005-3604-r. PMC 4482468. PMID 16060528.
- ^ Lodder EM, Scicluna BP, Beekman L, Arends D, Moerland PD, Tanck MW, Adriaens ME, Bezzina CR (prosinec 2014). „Integrativní genomický přístup identifikuje více genů podílejících se na depozici kolagenu v srdci“. Oběh: Kardiovaskulární genetika. 7 (6): 790–8. doi:10.1161 / CIRCGENETICS.114.000537. PMID 25217174.
- ^ Lee SJ, Ways JA, Barbato JC, Essig D, Pettee K, DeRaedt SJ, Yang S, Weaver DA, Koch LG, Cicila GT (září 2005). "Profilování genové exprese levé komory v krysím modelu vnitřní aerobní provozní kapacity". Fyziologická genomika. 23 (1): 62–71. doi:10.1152 / physiolgenomics.00251.2004. PMID 16033863.
- ^ Maurin ML, Labrune P, Brisset S, Le Lorc'h M, Pineau D, Castel C, Romana S, Tachdjian G (únor 2009). "Molekulární cytogenetická charakterizace duplikace 4p15.1-pter a delece 4q35.1-qter v rekombinanci pericentrické inverze chromozomu 4". American Journal of Medical Genetics Part A. 149A (2): 226–31. doi:10,1002 / ajmg.a.32603. PMID 19161154. S2CID 205310317.
Další čtení
- Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Xia H, Winokur ST, Kuo WL, Altherr MR, Bredt DS (říjen 1997). „Aktininem spojený protein LIM: identifikace interakce domény mezi PDZ a spektrinovými opakujícími se motivy“. The Journal of Cell Biology. 139 (2): 507–15. doi:10.1083 / jcb.139.2.507. PMC 2139795. PMID 9334352.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Klaavuniemi T, Kelloniemi A, Ylänne J (červen 2004). „Motiv podobný ZASP v proteinu LIM spojeném s aktininem je nutný pro interakci s tyčí alfa-aktininu a pro zacílení na svalovou Z-linii“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (25): 26402–10. doi:10,1074 / jbc.M401871200. PMID 15084604.
´* Brown AK, O'Connor PJ, Roberts TE, Wakefield RJ, Karim Z, Emery P (květen 2006). „Ultrasonografie pro revmatology: vývoj specifických vzdělávacích výsledků založených na kompetencích“. Annals of the Revmatic Diseases. 65 (5): 629–36. doi:10.1136 / ard.2005.039974. PMC 1798129. PMID 16192291.
- Arola AM, Sanchez X, Murphy RT, Hasle E, Li H, Elliott PM, McKenna WJ, Towbin JA, Bowles NE (duben 2007). „Mutace v PDLIM3 a MYOZ1 kódujících proteiny Z linie myocytů se zřídka vyskytují u idiopatické dilatované kardiomyopatie“. Molekulární genetika a metabolismus. 90 (4): 435–40. doi:10.1016 / j.ymgme.2006.12.008. PMID 17254821.