Nicking enzym - Nicking enzyme

A enzym pro škrábání (nebo škrábání endonukleáza) je enzym který řeže jedno vlákno dvouvláknové DNA při konkrétním uznání nukleotid sekvence známé jako a místo omezení. Takové enzymy hydrolyzují (štěpí) pouze jedno vlákno DNA duplexu, aby produkovaly molekuly DNA, které jsou spíše „rozřezané“ než rozštěpené.[1][2]

Mohou být použity pro zesílení posunutí vlákna,[3] Reakce zesílení enzymů exonukleotická degradace, vytváření malých mezer,[4] nebo překlad nicku.[5] Posledně uvedený postup byl úspěšně použit k začlenění jak radioaktivně značených nukleotidů, tak fluorescenčních nukleotidů, což umožňuje studovat specifické oblasti na dvouvláknové DNA.[5][6] Bylo studováno více než 200 enzymů nicking a 13 z nich je komerčně dostupných[7] a běžně se používají pro výzkum a v komerčních produktech.

Reference

  1. ^ Ando T; et al. (Červenec 1969). "Izolace a charakterizace enzymů působením škrábání z fága T4 infikovaného Escherichia coli". J. Biochem. 66 (1): 1–10. doi:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a129107. PMID  4309718.
  2. ^ Morgan RD, Kong H a kol. (Listopad 2000). "Charakterizace specifické aktivity vřezávání DNA restrikční endonukleázy N.BstNBI". Biol. Chem. 381 (11): 1123–5. doi:10.1515 / BC.2000.137. PMID  11154070.
  3. ^ Walker GT, Little MC, Nadeau JG, Shank DD (leden 1992). "Izotermická in vitro amplifikace DNA systémem restrikčních enzymů / DNA polymeráz". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (1): 392–6. Bibcode:1992PNAS ... 89..392W. doi:10.1073 / pnas.89.1.392. PMC  48243. PMID  1309614.
  4. ^ Wang H, Hays JB (říjen 2001). "Jednoduchá a rychlá příprava plazmové DNA s mezerami pro inkorporaci oligomerů obsahujících specifické léze DNA". Mol. Biotechnol. 19 (2): 133–40. doi:10,1385 / MB: 19: 2: 133. PMID  11725483.
  5. ^ A b Rigby PW, Dieckmann M, Rhodes C, Berg P (červen 1977). "Značení deoxyribonukleové kyseliny na vysokou specifickou aktivitu in vitro translací nicku s DNA polymerázou I". J. Mol. Biol. 113 (1): 237–51. doi:10.1016/0022-2836(77)90052-3. PMID  881736.
  6. ^ Jo K, Dhingra DM, Odijk T, de Pablo JJ, Graham MD, Runnheim R, Forrest D, Schwartz DC (2007). „Jednomolekulární čárový kódový systém využívající nanoslity pro analýzu DNA“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (8): 2673–8. Bibcode:2007PNAS..104.2673J. doi:10.1073 / pnas.0611151104. PMC  1815240. PMID  17296933.
  7. ^ „REBASE Enzymes“. Citováno 2009-06-01. Neznámý parametr | encyklopedie = ignorováno (Pomoc)

externí odkazy