NIAID ChemDB - NIAID ChemDB - Wikipedia

ChemDB HIV, databáze oportunních infekcí a tuberkulózy
Obsah
PopisMalé molekuly, které byly testovány na HIV a / nebo související oportunní infekce
Kontakt
Výzkumné centrumNárodní institut pro alergie a infekční choroby (NIAID)
Datum vydání1989
Přístup
webová stránkahttp://chemdb.niaid.nih.gov/

The ChemDB HIV, databáze oportunních infekcí a tuberkulózy je veřejně dostupný nástroj vyvinutý společností Národní institut pro alergie a infekční nemoci sestavit preklinická data o malých molekulách s potenciálním terapeutickým účinkem proti HIV / AIDS a související oportunní infekce.[1]

Charakteristika a obsah

Od roku 1989 byla ChemDB aktualizována o informace získané z recenzované publikované literatury, sborníků z konferencí a patentů.[2] Údaje jsou shromažďovány o složení sloučeniny, chemických vlastnostech, biologické aktivitě (např. Cílený protein, IC50, EC50, Cytotoxicita, TI, Ki, a nebo MIC ) a referenční podrobnosti (např. autor, deník).[3]

Webové rozhraní ChemDB podporuje vyhledávání biologických, textových a chemických dat pomocí Oracle Text, chemický vyhledávač Accelrys Direct a nástroje ChemAxon’s Marvin.[1] Tyto nástroje umožňují uživatelům webu prohledávat databázi porovnáním stupně podobnosti nebo flexibility s chemickými strukturami, které byly buď nahrány nebo nakresleny. Další booleovské vyhledávání lze kombinovat se strukturním vyhledáváním, aby zahrnovalo další zájmová pole, včetně cílového organismu nebo Lipinski skóre. Kromě veřejně dostupného webového rozhraní může vědecká výzkumná komunita získat také stažení celé databáze.[2] Databáze se často používá v recenzovaném vědeckém výzkumu.[4][5][6][7][8][9][10][11][12][13]

Oportunní patogeny

Oportunní patogeny zahrnuté v této databázi jsou:[1]

SIV
FIV
Lidský cytomegalovirus (HCMV)
Virus Epstein-Barr
Virus Herpes simplex 1
Virus Herpes simplex 2
Kaposiho sarkom virus
Virus hepatitidy A.
Virus hepatitidy B.
Virus hepatitidy C.
Mycobacterium spp.
Pneumocystis carinni
Cryptococcus spp.
Candida spp.
Aspergillus spp.
Microsporidia
Toxoplasma gondii
Cryptosporidium parvum
Leishmania spp.
Plasmodium spp.

Reference

  1. ^ A b C „Division of AIDS Anti-HIV / OI / TB Therapeutics Database“. National Institutes of Health, U.S. Department of Health and Human Services. Archivovány od originál dne 17.01.2012. Citováno 2012-01-24.
  2. ^ A b Rush M, Huffman D, Noble G, Whiting M, Nasr M (25. – 26. Srpna 2011). „Meeting 2011 on U.S. Govt. Chem. Databases & Open Chemistry“. Databáze NIAID ChemDB HIV / AIDS.
  3. ^ „Division of AIDS Anti-HIV / OI / TB Therapeutics Database“. Uživatelská příručka. National Institutes of Health, U.S. Department of Health and Human Services. Citováno 2012-01-24.
  4. ^ Hochstein C, Goshorn J, Chang F (2009). „Portál informací o drogách v Národní knihovně medicíny USA“. Med Ref Serv Q. 28 (2): 154–163. doi:10.1080/02763860902816784. PMC  2760770. PMID  19384716.
  5. ^ Cheah EL, Heng PW, Chan LW (2010). „Optimalizace extrakce superkritickou tekutinou a extrakce aktivní kapaliny pod tlakem z Magnolis officinalis pomocí designu Taguchi“. Sep Purif Technol. 71 (3): 293–301. doi:10.1016 / j.seppur.2009.12.009.
  6. ^ Portugalsko J (2009). „Hodnocení molekulárních deskriptorů pro protinádorová léčiva s ohledem na nekovalentní vazbu na DNA a antiproliferativní aktivitu“. BMC Pharmacol. 9: 11. doi:10.1186/1471-2210-9-11. PMC  2758867. PMID  19758437.
  7. ^ Xiong S, Fan J, Kitazato K (2010). „Antivirový protein cyanovirin-N: současný stav jeho výroby a aplikací“ (PDF). Appl Microbiol Biotechnol. 86 (3): 805–12. doi:10.1007 / s00253-010-2470-1. hdl:10069/25148. PMID  20162270.
  8. ^ Kremb S, Helfer M, Heller W, Hoffmann D, Wolff H, Kleinschmidt A, Cepok S, Hemmer B, Durner J, Brack-Werner R (2010). „EASY-HIT: Technologie HIV s plnou replikací pro široký objev několika tříd inhibitorů HIV“. Antimikrobní látky Chemother. 54 (12): 5257–68. doi:10.1128 / AAC.00515-10. PMC  2981278. PMID  20876377.
  9. ^ Serafin K, Mazur P, Bak A, Laine E, Tchertanov L, Mouscadet JF, Polanski J (2011). „Ethylmalonát amidy: fragment potomstva kyseliny diketo pro inhibici HIV integrázy“. Bioorg Med Chem. 19 (16): 5000–5. doi:10.1016 / j.bmc.2011.06.054. PMID  21767953.
  10. ^ Durdagi S, Mavromoustakos T, Papdopoulos MG (2008). „3D QSAR CoMFA / CoMSIA, studie molekulárního dokování a molekulární dynamiky inhibitorů HIV-1 PR na bázi fullerenu“. Bioorg Med Chem Lett. 18 (23): 6283–9. doi:10.1016 / j.bmcl.2008.09.107. PMID  18951793.
  11. ^ Prasanna MD, Vondrasek J, Wlodawer A, Bha TN (2005). "Aplikace InChI na kurátorování, indexování a dotazování 3-D struktury". Proteiny. 60 (1): 001–004. doi:10,1002 / prot.20469. PMID  15861385.
  12. ^ Sánchez R, Morgado E, Grau R (2005). „Genetický kód booleovská struktura. I. Význam booleovské dedukce“. Bulletin of Mathematical Biology. 67 (1): 001–014. doi:10.1016 / j.bulm.2004.05.005. PMID  15691536.
  13. ^ Zhang XW (2005). „Generování prediktivního modelu farmakoforu pro hlavní proteinasu SARS-koronavirus“. Eur J Med Chem. 40 (1): 57–62. doi:10.1016 / j.ejmech.2004.09.013. PMID  15642409.

externí odkazy

  • NIAID ChemDB [1]