MobiDB - MobiDB
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | MobiDB databáze proteinových poruch a anotací mobility |
| Typy dat zajat | Anotace proteinové mobility a poruchy |
| Organismy | Všechno |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Katedra biomedicínských věd v Univerzita v Padově |
| Laboratoř | BioComputing UP |
| Primární citace | PMID 29136219 |
| Datum vydání | Prosince 2017 |
| Přístup | |
| Datový formát | JSON |
| webová stránka | mobidb.org |
| webová služba URL | REST API viz informace tady |
| Smíšený | |
| Licence | CC BY 4.0 |
| Verze | 3.0.0 |
| Kurátorská politika | Ano - manuální a automatické |
V molekulární biologii MobiDB[1][2][3] je kurátor biologická databáze navržen tak, aby nabízel centralizovaný zdroj pro anotace vnitřní proteinové poruchy. Porucha bílkovin je strukturální rys charakterizující velké množství proteinů s prominentními členy známými jako vnitřně nestrukturované (nebo neuspořádané) proteiny. Databáze obsahuje tři úrovně anotací: ručně upravenou, nepřímou a předpovídanou. Kombinací různých datových zdrojů proteinové poruchy do konsensuální anotace si MobiDB klade za cíl poskytnout nejlepší možný obraz „poruchové krajiny“ daného proteinu, který nás zajímá.
Zdroje dat MobiDB
Vybraná data a další poznámky
Vybraná data pro MobiDB jsou získána z DisProt[4] databáze poskytující informace a anotace poruch ručně extrahovaná z literatury. Aby bylo možné doplnit anotaci poruchy, obsahuje MobiDB další anotace z externích zdrojů:
- UniProt: Anotace z databáze UniProt zahrnují organismus, subcelulární umístění, tkáňovou specificitu, funkci, relevantní místa, relevantní oblasti, posttranslační úpravy a lineární motivy.
- Pfam: anotace proteinové domény jsou zobrazeny v grafické podobě a jsou povoleny pomocí odkazů, což uživateli umožňuje navštívit další stránku Pfam.
- PDB: Sekundární struktura je extrahována z PDB, kdykoli je k dispozici, a zobrazena v grafické podobě a ve 3D.
- TĚTIVA: Známé interaktory s důkazy v „databázi“ a „experimentální“ jsou zobrazeny v tříděné tabulce.
Nepřímé zdroje
- PDB rentgen: Když se provádí krystalografický experiment, aby se pokusilo vyřešit strukturu proteinu, existují případy, kdy nelze přesně určit polohu určitých zbytků. Jednou z možných příčin je to, že zbytek je součástí pružné / neuspořádané oblasti. Z tohoto důvodu jsou chybějící zbytky v experimentech PDB považovány za indikaci vnitřní poruchy.
- PDB NMR: Uložené soubory NMR experimentů pro rozlišení proteinové struktury často obsahují více modelů, představujících různé konformace stejného proteinu. Výpočtem rozdílů mezi pozicemi zbytků každého modelu lze měřit stupeň, ve kterém se tyto pozice mění. Tuto změnu lze interpretovat jako míru toho, jak flexibilní nebo neuspořádaný je protein. The MOBI webový server (ze kterého byl odvozen název této databáze) automatizuje tyto výpočty, přičemž jako vstup a Soubor ve formátu PDB.
Předpovědi
Velká rozmanitost prediktory vnitřní poruchy proteinu byli vyškoleni v posledním desetiletí. Většina z nich je proškolena tak, aby napodobovala povahu dříve popsaných anotací. Vzhledem k tomu, že MobiDB aktuálně pokrývá celou sadu sekvencí UniProt, musí být zahrnuté prediktory extrémně rychlé. V současné době je zahrnuto deset prediktorů (ESpritz ve třech příchutích, IUPred ve dvou příchutích, DISEMBL ve dvou z jeho příchutí, GlobPlot, VSL2b a JRONN ) umožnit MobiDB poskytovat anotace poruch pro každý protein, i když nejsou k dispozici žádná kurátorská nebo nepřímá data.
Konsenzus MobiDB
Aby bylo možné poskytnout nejlepší možnou anotaci pro daný protein, MobiDB kombinuje všechny své zdroje dat do konsensuální anotace. Tato anotace se liší od těch, které patří k samotným zdrojům, tím, že kromě „strukturovaného“ a „neuspořádaného“ obsahuje i třetí stav: když dva autoritativní zdroje nesouhlasí, zobrazí region jako „dvojznačný“. U aktuálně dostupných anotací tento konflikt vzniká, když ručně upravený zdroj anotuje určitou oblast jako neuspořádanou, a přesto je pro stejnou oblast k dispozici struktura PDB.
webová stránka
Web MobiDB poskytuje uživatelům rozhraní pro vyhledávání podle UniProt ID, názvu proteinu nebo volného textu. V návaznosti na předložený příspěvek se uživatelům zobrazí seznam proteinů, z nichž každý je opatřen informacemi o poruchách integrovanými z různých zdrojů, včetně predikce konsensuální poruchy.
Webový server MobiDB některé vystavuje Klidný koncové body umožňující programový přístup k MobiDB a načítání různých datových typů. Dostupné trasy GET poskytují přístup k datům UniProt, STRING, Pfam a poruchám v JSON formát.
externí odkazy
Reference
- ^ Di Domenico, Tomás; Walsh, Ian; Martin, Alberto J. M .; Tosatto, Silvio C. E. (01.08.2012). „MobiDB: komplexní databáze anotací vnitřní poruchy proteinu“. Bioinformatika. 28 (15): 2080–2081. doi:10.1093 / bioinformatika / bts327. ISSN 1367-4811. PMID 22661649.
- ^ Potenza, Emilio; Di Domenico, Tomás; Walsh, Ian; Tosatto, Silvio C. E. (01.01.2015). „MobiDB 2.0: vylepšená databáze vnitřně neuspořádaných a mobilních proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D315–320. doi:10.1093 / nar / gku982. ISSN 1362-4962. PMC 4384034. PMID 25361972.
- ^ Piovesan, Damiano; Tabaro, Francesco; Paladin, Lisanna; Necci, Marco; Micetic, Ivan; Camilloni, Carlo; Davey, Norman; Dosztányi, Zsuzsanna; Mészáros, Bálint (04.01.2018). „MobiDB 3.0: více anotací pro vnitřní poruchu, konformační rozmanitost a interakce v proteinech“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D471 – D476. doi:10.1093 / nar / gkx1071. PMC 5753340. PMID 29136219.
- ^ Piovesan, Damiano; Tabaro, Francesco; Mičetić, Ivan; Necci, Marco; Quaglia, Federica; Oldfield, Christopher J .; Aspromonte, Maria Cristina; Davey, Norman E .; Davidović, Radoslav (2016-12-13). „DisProt 7.0: zásadní aktualizace databáze neuspořádaných proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 45: D1123 – D1124. doi:10.1093 / nar / gkw1279. ISSN 1362-4962. PMC 5210598. PMID 27965415.