Metascape - Metascape

Zdroje bioinformatiky Metascape
Původní autořiTým Metascape
VývojářiYingyao Zhou, Bin Zhou, Lars Pache, Max Chang, Christopher Benner, Sumit Chanda
Stabilní uvolnění
3.5 / 1. března 2019; Před 21 měsíci (2019-03-01)
TypBioinformatika
LicenceFreeware
webová stránkametascape.org

Metascape je bezplatný zdroj anotací a analýz genů, který pomáhá biologům pochopit jeden nebo více seznamů genů. Metascape poskytuje automatizované nástroje pro metaanalýzu k pochopení běžných nebo jedinečných cest a proteinových sítí ve skupině studií ortogonálních objevů cílů.

Dějiny

Ve věku „OMIC“ je důležité získat biologický pohled na seznam genů. Ačkoli pro tento účel existuje celá řada zdrojů bioinformatiky, jako např DAVIDE, nejsou všechny zdarma, snadno použitelné a dobře udržované. K analýze více seznamů genů pocházejících z ortogonálních, ale doplňkových studií „OMIC“ vyžadují nástroje často výpočetní dovednosti, které jsou mimo dosah mnoha biologů. Podle blogu Metascape[1], tým vědců, kteří se sami zorganizovali, aby tuto výzvu vyřešili. Tým zahrnuje základní členy Yingyao Zhou, Bin Zhou, Lars Pache, Max Chang, Christopher Benner a Sumit Chanda, stejně jako ostatní přispěvatelé během. Metascape byl poprvé vydán jako beta verze 8. října 2015. První aplikace Metascape byla zveřejněna 9. prosince 2015.[2] Metascape od té doby prošel několika vydáními. V současné době podporuje klíčové modelové organismy, analýzu obohacení dráhy, analýzu interakce mezi proteiny a proteiny a analýzu komponent, automatickou prezentaci výsledků jako webovou zprávu připravenou k publikaci, prezentace Excel a PowerPoint.

Článek s názvem „Metascape poskytuje biologicky orientovaný zdroj pro analýzu datových souborů na úrovni systémů“ byl publikován 3. dubna 2019 v Nature Communications.[3]

Pracovní postup analýzy

Metascape implementuje pracovní postup analýzy CAME:

  • Konverze: Převod identifikátorů genů z populárních typů (např Symbol, RefSeq, Ensembl, UniProt, UCSC ) do člověka Entrez ID genů a naopak.
  • Anotace: Výňatek z desítek anotací genů relevantních pro funkci, včetně proteinových rodin, transmembránových / vylučovaných předpovědí, chorobných asociací, asociací sloučenin atd.
  • Členství: Označte členství v genech na základě vlastního vyhledávání klíčových slov ve vybraných ontologiích, např. Zvýrazněte známé geny „invaze“.
  • Obohacování: Určete zejména obohacená biologická témata GO podmínky, KEGG, Reactome, BioCarta, jakož i další cesty a soubory dat shromážděné v MSigDB atd. Kromě toho jsou pojmy obohacené ontologie automaticky seskupeny, aby se snížila redundance pro snazší interpretaci. Sítě interakce protein-protein jsou konstruovány na základě BioGRID, OmniPath, InWeb_IM a husté komponenty jsou identifikovány a biologicky interpretovány.

Metascape integroval více než 40 znalostí o bioinformatice do bezproblémového uživatelského rozhraní, kde experimentální biologové mohou pomocí funkce Express Analysis jediným kliknutím převést více seznamů genů na interpretovatelné výsledky.

Zpráva o analýze

Všechny výsledky analýzy jsou prezentovány ve webové zprávě, která obsahuje Vynikat anotační a obohacovací listy, PowerPoint snímky a vlastní analytické soubory (např. soubor .cys od Cytoscape, .svg od Circos ) pro další offline analýzu nebo zpracování.

Jednou znatelnou silnou stránkou Metascape je jeho schopnost vizualizace. Metascape od října 2020 pomáhal při interpretaci 1300 publikovaných studií [4], z nichž 2/3 publikací využívaly grafy nebo listy připravené Metascape.

Reference

  1. ^ http://metascape.org/blog/?p=78
  2. ^ Tripathi S; et al. (2015). „Meta- a ortogonální integrace chřipkových dat OMIC definuje roli UBR4 při pučení viru“. Buněčný hostitelský mikrob. 18 (6): 723–735. doi:10.1016 / j.chom.2015.11.002. PMC  4829074. PMID  26651948.
  3. ^ Zhou, Yingyao; Zhou, Bin; Pache, Lars; Chang, Max; Khodabakhshi, Alireza Hadj; Tanaseichuk, Olga; Benner, Christopher; Chanda, Sumit K. (3. dubna 2019). „Metascape poskytuje biologicky orientovaný zdroj pro analýzu datových sad na úrovni systémů“. Příroda komunikace. 10 (1): 1523. doi:10.1038 / s41467-019-09234-6. PMC  6447622. PMID  30944313.
  4. ^ http://metascape.org/gp/index.html#/citations/

externí odkazy