MAP1LC3A - MAP1LC3A

MAP1LC3A
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3ECI, 3WAL, 3 WAN, 4ZDV
Identifikátory
Aliasy	MAP1LC3A, ATG8E, LC3, LC3A, MAP1ALC3, MAP1BLC3, protein spojený s mikrotubuly 1 lehký řetězec 3 alfa
Externí ID	OMIM: 601242 MGI: 1915661 HomoloGene: 12021 Genové karty: MAP1LC3A
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 20 (lidský)
Konec	34,560,345 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 2 (myš)
Konec	155,278,073 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba fosfatidylethanolamin; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba fosfolipidů; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy; • vazba mikrotubulů;
Buněčná složka	• cytoplazma; • organela membrána; • cytosol; • pozdní endosom; • membrána; • autofagozom; • mikrotubuly; • cytoskelet; • cytoplazmatický váček; • endomembránový systém; • autolysosom; • autofagosomová membrána; • synapse;
Biologický proces	• autofagie; • autofagie mitochondrií; • autofagozomální sestava; • reakce na iont železa (II); • reakce na iont olova; • reakce na hladinu živin; • buněčná odpověď na hladovění aminokyselin; • reakce na morfin; • buněčná odpověď na peroxid vodíku; • buněčná odpověď na iont mědi; • buněčná odpověď na hladovění dusíkem; • buněčná odpověď na hladovění; • makroautofagie; • GO: 0000046 zrání autofagosomu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	84557
	66734
	ENSG00000101460
	ENSMUSG00000027602
	Q9H492
	Q91VR7
	NM_032514; NM_181509
	NM_025735
	NP_115903; NP_852610
	NP_080011
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

S mikrotubuly asociované proteiny 1A / 1B lehký řetězec 3A je protein že u lidí je kódován MAP1LC3A gen.^[5]^[6]^[7] Pro tento gen byly nalezeny dvě varianty transkriptu kódující různé izoformy.

Funkce

MAP1A a MAP1B jsou mikrotubul - asociované proteiny, které zprostředkovávají fyzikální interakce mezi mikrotubuly a složkami cytoskelet. MAP1A a MAP1B každá se skládá z podjednotky těžkého řetězce a více podjednotek lehkého řetězce. Protein kódovaný tímto genem je jednou z podjednotek lehkého řetězce a může se sdružovat buď s MAP1A, nebo MAP1B.^[7]

MAPLC3A je jedním z savčích homologů kvasinek ATG8, důležitý marker a efektor autofagie.^[8]

Nařízení

MAP1LC3A je regulován několika posttranslační úpravy. Patří mezi ně kovalentní vazba C-konec na fosfatidylethanolamin v autofagických membránách a fosforylace podle protein kináza A,^[9] který downregulates jeho autofagie funkce. Nekovalentní interakce jsou důležité pro jeho funkce cílení na náklad v selektivní autofagii. Například se ukázalo, že komunikovat s sekvestosom 1.^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000101460 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027602 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Mann SS, Hammarback JA (květen 1997). „Lokalizace genu a vývojová exprese lehkého řetězce 3: běžná podjednotka proteinu 1A (MAP1A) a MAP1B spojeného s mikrotubuly“. J Neurosci Res. 43 (5): 535–44. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4547 (19960301) 43: 5 <535 :: AID-JNR3> 3.0.CO; 2-J. PMID 8833088.
^ Pankiv S, Clausen TH, Lamark T, Brech A, Bruun JA, Outzen H, Overvatn A, Bjorkoy G, Johansen T (srpen 2007). „p62 / SQSTM1 se váže přímo na Atg8 / LC3, aby usnadnil degradaci ubikvitinovaných proteinových agregátů autofagií“. J Biol Chem. 282 (33): 24131–45. doi:10,1074 / jbc.M702824200. PMID 17580304.
^ ^A ^b „Entrez Gene: MAP1LC3A protein spojený s mikrotubuly 1 lehký řetězec 3 alfa“.
^ Valente G, Morani F, Nicotra G, Fusco N, Peracchio C, Titone R, Alabiso O, Arisio R, Katsaros D, Benedetto C, Isidoro C (2014). "Exprese a klinický význam autofagických proteinů BECLIN 1 a LC3 u rakoviny vaječníků". Biomed Res Int. 2014: 462658. doi:10.1155/2014/462658. PMC 4127242. PMID 25136588.
^ Cherra SJ, Kulich SM, Uechi G, Balasubramani M, Mountzouris J, Day BW, Chu CT (srpen 2010). "Regulace autofagického proteinu LC3 fosforylací". J. Cell Biol. 190 (4): 533–9. doi:10.1083 / jcb.201002108. PMC 2928022. PMID 20713600.
^ Shvets E, Fass E, Scherz-Shouval R, Elazar Z (srpen 2008). „N-konec a zbytek Phe52 z LC3 rekrutují p62 / SQSTM1 do autofagozomů“. J. Cell Sci. 121 (Pt 16): 2685–95. doi:10.1242 / jcs.026005. PMID 18653543.

Další čtení

Snásel J, Pichová I (1997). „Štěpení proteinů hostitelské buňky proteázou HIV-1“. Folia Biol. (Praha). 42 (5): 227–30. doi:10.1007 / BF02818986. PMID 8997639. S2CID 7617882.
Wallin M, Deinum J, Goobar L, Danielson UH (1990). „Proteolytické štěpení proteinů asociovaných s mikrotubuly retrovirovými proteinázami“. J. Gen. Virol. 71 (9): 1985–91. doi:10.1099/0022-1317-71-9-1985. PMID 2212989.
Schoenfeld TA, McKerracher L, Obar R, Vallee RB (1989). „MAP 1A a MAP 1B jsou strukturně příbuzné proteiny asociované s mikrotubuly s odlišnými vývojovými vzory v CNS“. J. Neurosci. 9 (5): 1712–30. doi:10.1523 / JNEUROSCI.09-05-01712.1989. PMC 6569839. PMID 2470876.
Mann SS, Hammarback JA (1994). "Molekulární charakterizace lehkého řetězce 3. Mikrotubulová vazebná podjednotka MAP1A a MAP1B". J. Biol. Chem. 269 (15): 11492–7. PMID 7908909.
Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). „Klonování DNA pomocí in vitro specifické specifické rekombinace“. Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R a kol. (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: Sekvenování a analýza 500 nových kompletních lidských cDNA kódujících proteiny“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Bonnet C, Boucher D, Lazereg S a kol. (2001). „Diferenciální regulace vazby proteinů MAP1A, MAP1B a MAP2 asociovaných s mikrotubuly polyglutamylací tubulinu“. J. Biol. Chem. 276 (16): 12839–48. doi:10,1074 / jbc.M011380200. PMID 11278895.
Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J a kol. (2002). „Sekvence DNA a komparativní analýza lidského chromozomu 20“. Příroda. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038 / 414865a. PMID 11780052.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
He H, Dang Y, Dai F a kol. (2003). „Posttranslační modifikace tří členů lidské rodiny MAP1LC3 a detekce nového typu modifikace pro MAP1LC3B“. J. Biol. Chem. 278 (31): 29278–87. doi:10,1074 / jbc.M303800200. PMID 12740394.
Tanida I, Sou YS, Ezaki J a kol. (2004). „HsAtg4B / HsApg4B / autophagin-1 štěpí karboxylové konce tří lidských homologů Atg8 a delipiduje s mikrotubuly asociovaný proteinový lehký řetězec 3 a konjugáty s proteinem a fosfolipidem asociované s receptorem GABAA“. J. Biol. Chem. 279 (35): 36268–76. doi:10,1074 / jbc.M401461200. PMID 15187094.
Kouno T, Mizuguchi M, Tanida I a kol. (2005). „Přiřazení rezonance 1H, 13C a 15N humánního mikrotubulu asociovaného proteinového lehkého řetězce-3“. J. Biomol. NMR. 29 (3): 415–6. doi:10.1023 / B: JNMR.0000032505.99071.ea. PMID 15213446. S2CID 23561733.
Goehler H, Lalowski M, Stelzl U a kol. (2004). „Síť proteinových interakcí spojuje GIT1, zesilovač agregace huntingtinu, s Huntingtonovou chorobou“. Mol. Buňka. 15 (6): 853–65. doi:10.1016 / j.molcel.2004.09.016. PMID 15383276.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Wiemann S, Arlt D, Huber W a kol. (2004). „Od ORFeome k biologii: potrubí funkční genomiky“. Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Kouno T, Mizuguchi M, Tanida I a kol. (2005). „Struktura řešení proteinového lehkého řetězce asociovaného s mikrotubuly 3 a identifikace jeho funkčních subdomén“. J. Biol. Chem. 280 (26): 24610–7. doi:10,1074 / jbc.M413565200. PMID 15857831.
Sou YS, Tanida I, Komatsu M a kol. (2006). „Fosfatidylserin kromě fosfatidylethanolaminu je in vitro terčem savčích modifikátorů Atg8, LC3, GABARAP a GATE-16“. J. Biol. Chem. 281 (6): 3017–24. doi:10,1074 / jbc.M505888200. PMID 16303767.
Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I a kol. (2006). „Databáze LIFEdb v roce 2006“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D415–8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.

Tento článek o gen na lidský chromozom 20 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000101460 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027602 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8833088-5] Mann SS, Hammarback JA (květen 1997). „Lokalizace genu a vývojová exprese lehkého řetězce 3: běžná podjednotka proteinu 1A (MAP1A) a MAP1B spojeného s mikrotubuly“. J Neurosci Res. 43 (5): 535–44. doi:10.1002 / (SICI) 1097-4547 (19960301) 43: 5 <535 :: AID-JNR3> 3.0.CO; 2-J. PMID 8833088.

[pmid17580304-6] Pankiv S, Clausen TH, Lamark T, Brech A, Bruun JA, Outzen H, Overvatn A, Bjorkoy G, Johansen T (srpen 2007). „p62 / SQSTM1 se váže přímo na Atg8 / LC3, aby usnadnil degradaci ubikvitinovaných proteinových agregátů autofagií“. J Biol Chem. 282 (33): 24131–45. doi:10,1074 / jbc.M702824200. PMID 17580304.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: MAP1LC3A protein spojený s mikrotubuly 1 lehký řetězec 3 alfa“.

[8] Valente G, Morani F, Nicotra G, Fusco N, Peracchio C, Titone R, Alabiso O, Arisio R, Katsaros D, Benedetto C, Isidoro C (2014). "Exprese a klinický význam autofagických proteinů BECLIN 1 a LC3 u rakoviny vaječníků". Biomed Res Int. 2014: 462658. doi:10.1155/2014/462658. PMC 4127242. PMID 25136588.

[pmid20713600-9] Cherra SJ, Kulich SM, Uechi G, Balasubramani M, Mountzouris J, Day BW, Chu CT (srpen 2010). "Regulace autofagického proteinu LC3 fosforylací". J. Cell Biol. 190 (4): 533–9. doi:10.1083 / jcb.201002108. PMC 2928022. PMID 20713600.

[pmid18653543-10] Shvets E, Fass E, Scherz-Shouval R, Elazar Z (srpen 2008). „N-konec a zbytek Phe52 z LC3 rekrutují p62 / SQSTM1 do autofagozomů“. J. Cell Sci. 121 (Pt 16): 2685–95. doi:10.1242 / jcs.026005. PMID 18653543.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]