Seznam databází Drosophila - List of Drosophila databases

Výzkum na modelový organismus Drosophila melanogaster byl usnadněn vývojem řady online databází pro ukládání a správu určitých biologických dat.

DROID

Databáze interakcí Drosophila (DroID) je online databáze Drosophila interakce genů a proteinů.[1] Byl vyvinut společností Russell L. Finley laboratoř v Lékařská fakulta Wayne State University v roce 2008 a byla financována z Národní institut pro výzkum lidského genomu „National Institutes of Health's National Center for Research Resources, Michigan Proteome Consortium a Wayne State University.[2][3]

FlyBase

FlyBase je hlavní online databáze pro vědce, kteří pracují na Drosophila.[4] Obsahuje genomová data pro různé Drosophila druhy, anotace genů, předpovědi funkce genů a řada experimentálních dat, která lze překrýt genomem.[5] FlyBase byl vyvinut v roce 1992 společností Michael Ashburner na Univerzita v Cambridge, ale nyní je provozováno konsorciem skupin z Harvardská Univerzita, Univerzita v Cambridge, Indiana University a University of New Mexico.[6][5]

Průzkum FlyFactor

FlyFactorSurvey je databáze Drosophila transkripční faktory určeno pomocí bakteriální jednohybridní systém.[7] Byl vyvinut laboratořemi Michael H. Brodsky a Skot Wolfe na Lékařská fakulta University of Massachusetts v roce 2011 a byla financována z Národní institut pro výzkum lidského genomu[8]

FlyMine

FlyMine je databáze transkripce, exprese proteinů a dalších proteinových dat pro Drosophila a Anopheles druh.[9] To bylo původně vyvinuto Bože Mickleme je skupina v Cambridge University v roce 2007.[10] FlyMine je financován primárně z Wellcome Trust s prvky databáze podporovanými Národní institut pro výzkum lidského genomu a Rada pro výzkum v oblasti biotechnologií a biologických věd.[11]

Za běhu

OnTheFly je databáze D. melanogaster transkripční faktory a sekvence DNA, na které se vážou.[12][13] To bylo vyvinuto laboratoří Barry Honig na Columbia University Medical School v roce 2013.[12]

REDfly

REDfly (Regulatory Element Database) je databáze Drosophila cis-regulační prvky.[14] To bylo vyvinuto laboratoří Marc S. Halfon na University of Buffalo v roce 2006 a byla financována z Národní vědecká nadace a Národní ústav všeobecných lékařských věd.[15]

Reference

  1. ^ "DroID - databáze interakcí Drosophila". Citováno 10. července 2019.
  2. ^ Yu, Jingkai; Pacifico, Svetlana; Liu, Guozhen; Finley Jr, Russell L. (2008). „DroID: Drosophila Interaction Database, komplexní zdroj pro komentované interakce genů a proteinů“. BMC Genomics. 9: 461. doi:10.1186/1471-2164-9-461. PMC  2572628. PMID  18840285.
  3. ^ "O nás". DROID. Citováno 10. července 2019.
  4. ^ St. Pierre, Susan; McQuilton, Peter (2009). „Uvnitř Fly Základna: Biocuration jako kariéra “. Létat. 3 (1): 112–114. doi:10,4161 / létat. 3.1.17769. PMC  2837272. PMID  19182544.
  5. ^ A b Thurmond, Jim; Goodman, Joshua L .; Strelets, Victor B .; Attrill, Helen; Gramates, L Sian; Marygold, Steven J .; Matthews, Beverley B .; Millburn, Gillian; Antonazzo, Giulia; Trovisco, Vitor; Kaufman, Thomas C .; Calvi, Brian R .; Perrimon, Norbert; Gelbart, Susan Russo; Agapite, Julie; Broll, Kris; Crosby, Lynn; Santos, Gilberto dos; Emmert, David; Gramates, L. Sian; Falls, Kathleen; Jenkins, Victoria; Matthews, Beverley; Sutherland, Carol; Tabone, Christopher; Zhou, Pinglei; Zytkovicz, Mark; Brown, Nick; Antonazzo, Giulia; et al. (2019). "Létat Základna 2.0: Nová generace “. Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D759 – D765. doi:10.1093 / nar / gky1003. PMC  6323960. PMID  30364959.
  6. ^ „FlyBase: About“. Citováno 10. července 2019.
  7. ^ Zhu, Lihua Julie; Christensen Ryan G; Kazemian Majid; Hull Christopher J; Enuameh Metewo Selase; Basciotta Matthew D; Brasefield Jessie A; Zhu Cong; Asriyan Yuna; Lapointe David S; Sinha Saurabh; Wolfe Scot A; Brodsky Michael H (leden 2011). „FlyFactorSurvey: databáze vazebných specificit transkripčního faktoru Drosophila určená pomocí bakteriálního jednohybridního systému“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D111-7. doi:10.1093 / nar / gkq858. PMC  3013762. PMID  21097781.
  8. ^ „Domovská stránka FlyFactorSurvey“. UMass. Citováno 10. července 2019.
  9. ^ „About FlyMine“. 2014-11-17. Citováno 10. července 2019.
  10. ^ Lyne, Rachel; Smith, Richard; Rutherford, Kim; Wakeling, Matthew; Varley, Andrew; Guillier, Francois; Janssens, Hilde; Ji, Wenyan; McLaren, Peter; North, Philip; Rana, Debashis; Riley, Tom; Sullivan, Julie; Watkins, Xavier; Woodbridge, Mark; Lilley, Kathryn; Russell, Steve; Ashburner, Michael; Mizuguchi, Kenji; Micklem, Gos (2007). "Létat těžit: Integrovaná databáze pro genomiku Drosophila a Anopheles ". Genome Biology. 8 (7): R129. doi:10.1186 / gb-2007-8-7-r129. PMC  2323218. PMID  17615057.
  11. ^ "FlyMine". Citováno 10. července 2019.
  12. ^ A b Shazman, Shula; Lee, Hunjoong; Socol, Yakov; Mann, Richard S .; Honig, Barry (2014). "Na Létat: Databáze Drosophila melanogastertranskripční faktory a jejich vazebná místa ". Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D167 – D171. doi:10.1093 / nar / gkt1165. PMC  3965123. PMID  24271386.
  13. ^ „Domovská stránka OnTheFly“. Honig Lab. Citováno 10. července 2019.
  14. ^ Rivera, John; Keränen, Soile V E; Gallo, Steven M .; Halfon, Marc S. (2019). "REDfly: Databáze transkripčních regulačních prvků pro Drosophila". Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D828 – D834. doi:10.1093 / nar / gky957. PMC  6323911. PMID  30329093.
  15. ^ "REDfly O nás". REDfly. Citováno 10. července 2019.