LSM8 - LSM8

LSM8
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3JCR
Identifikátory
Aliasy	LSM8, NAA38, homolog LSM8, asociovaná malá jaderná RNA
Externí ID	OMIM: 607288 MGI: 1923772 HomoloGene: 9419 Genové karty: LSM8
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 7 (lidský)
Konec	118,204,035 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 6 (myš)
Konec	18,855,751 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba U6 snRNA; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • Komplex U4 / U6 x U5 tri-snRNP; • U6 snRNP; • prekatalytický spliceosom; • Prekatalytický spliceosom typu U2; • Komplex Lsm2-8;
Biologický proces	• Zpracování mRNA; • Sestřih RNA; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • RNA metabolický proces;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	51691
	76522
	ENSG00000128534
	ENSMUSG00000044155
	O95777
	Q6ZWM4
	NM_016200
	NM_133939
	NP_057284
	NP_598700
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Sm-like protein LSm8 spojený s U6 snRNA je protein že u lidí je kódován LSM8 gen.^[5]^[6]

Tento gen je členem rodiny LSm a kóduje protein s uzavřeným válcovitým tvarem, složený z pěti antiparalelních řetězců beta a alfa šroubovice. Protein spolupracuje se šesti paralogy za vzniku heteroheptamerního kruhu, který přechodně váže RNA a podílí se na celkovém zrání RNA v jádře.^[6]

Interakce

LSM8 bylo prokázáno komunikovat s LSM2.^[7]^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000128534 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000044155 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (prosinec 1999). „Heteromer lidského proteinu podobného Sm ve tvaru koblihy se váže na 3'-konec U6 snRNA, čímž usnadňuje tvorbu duplexu U4 / U6 in vitro“. EMBO J.. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093 / emboj / 18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.
^ ^A ^b "Entrez Gene: LSM8 LSM8 homolog, U6 spojená s malou jadernou RNA (S. cerevisiae)".
^ Lehner, Ben; Sanderson Christopher M (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. ISSN 1088-9051. PMC 442147. PMID 15231747.
^ Lehner, Ben; Semple Jennifer I; Brown Stephanie E; Counsell Damian; Campbell R Duncan; Sanderson Christopher M (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. ISSN 0888-7543. PMID 14667819.

Další čtení

Khusial P, Plaag R, Zieve GW (2005). „LSm proteiny tvoří heptamerické kruhy, které se vážou na RNA prostřednictvím opakujících se motivů“. Trends Biochem. Sci. 30 (9): 522–8. doi:10.1016 / j.tibs.2005.07.006. PMID 16051491.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Sanger Center, The; Washington University Genome Sequencing Cente, The (1999). „Směrem k úplné sekvenci lidského genomu“. Genome Res. 8 (11): 1097–108. doi:10.1101 / gr.8.11.1097. PMID 9847074.
Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Séraphin B (1999). „Sm a Sm podobné proteiny se shromažďují ve dvou souvisejících komplexech hlubokého evolučního původu“. EMBO J.. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093 / emboj / 18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.
Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC a kol. (2002). "Autoprotilátka proti hLSm4 a heptamernímu LSm komplexu v anti-Sm séru". Artritida Rheum. 46 (3): 726–34. doi:10.1002 / čl. 12220. PMID 11920408.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR a kol. (2003). „Lidský chromozom 7: sekvence DNA a biologie“. Věda. 300 (5620): 767–72. Bibcode:2003Sci ... 300..767S. doi:10.1126 / science.1083423. PMC 2882961. PMID 12690205.
Hillier LW, Fulton RS, Fulton LA a kol. (2003). „Sekvence DNA lidského chromozomu 7“. Příroda. 424 (6945): 157–64. Bibcode:2003 Natur.424..157H. doi:10.1038 / nature01782. PMID 12853948.
Lehner B, Semple JI, Brown SE a kol. (2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Lehner B, Sanderson CM (2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y a kol. (2006). „Diverzifikace transkripční modulace: rozsáhlá identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.

Tento článek o gen na lidský chromozom 7 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000128534 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000044155 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10523320-5] Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (prosinec 1999). „Heteromer lidského proteinu podobného Sm ve tvaru koblihy se váže na 3'-konec U6 snRNA, čímž usnadňuje tvorbu duplexu U4 / U6 in vitro“. EMBO J.. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093 / emboj / 18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.

[entrez-6] A ^b "Entrez Gene: LSM8 LSM8 homolog, U6 spojená s malou jadernou RNA (S. cerevisiae)".

[pmid15231747-7] Lehner, Ben; Sanderson Christopher M (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. ISSN 1088-9051. PMC 442147. PMID 15231747.

[pmid14667819-8] Lehner, Ben; Semple Jennifer I; Brown Stephanie E; Counsell Damian; Campbell R Duncan; Sanderson Christopher M (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. ISSN 0888-7543. PMID 14667819.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]