LSM6 - LSM6

LSM6
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3JCR
Identifikátory
Aliasy	LSM6, YDR378C, LSM6 homolog, asociovaná malá jaderná RNA a degradace mRNA
Externí ID	OMIM: 607286 MGI: 1925901 HomoloGene: 38271 Genové karty: LSM6
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	146,200,000 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	78,821,140 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • cytosol; • nukleoplazma; • malý nukleární ribonukleoproteinový komplex; • spliceosomální komplex; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • P-tělo; • U6 snRNP; • jádro; • malý nukleolární ribonukleoproteinový komplex; • Komplex U4 / U6 x U5 tri-snRNP; • Prekatalytický spliceosom typu U2; • Komplex Lsm2-8;
Biologický proces	• Zpracování tRNA; • Zpracování mRNA; • Sestřih RNA; • exonukleolytický nukleární transkribovaný katabolický proces mRNA zapojený do rozpadu závislého na deadenylaci; • zpracování rRNA; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • zrání SSU-rRNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	11157
	78651
	ENSG00000164167
	ENSMUSG00000031683
	P62312
	P62313
	NM_007080
	NM_001191004; NM_030145
	NP_009011
	NP_001177933; NP_084421
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Sm-like protein LSm6 spojený s U6 snRNA je protein že u lidí je kódován LSM6 gen.^[5]^[6]^[7]

Sm-podobné proteiny byly identifikovány v různých organismech na základě sekvence homologie s rodinou proteinů Sm (viz SNRPD2; MIM 601061). Sm-podobné proteiny obsahují Sm sekvenční motiv, který se skládá ze 2 oblastí oddělených linkerem různé délky, který se skládá jako smyčka.

Předpokládá se, že proteiny podobné Sm tvoří stabilní heteromer předložit tri-snRNP částice, které jsou důležité pro pre-mRNA sestřih. [dodává OMIM]^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164167 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031683 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Seraphin B (srpen 1999). „Sm a Sm podobné proteiny se shromažďují ve dvou souvisejících komplexech hlubokého evolučního původu“. EMBO J.. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093 / emboj / 18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.
^ Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (prosinec 1999). „Heteromer lidského proteinu podobného Sm ve tvaru koblihy se váže na 3'-konec U6 snRNA, čímž usnadňuje tvorbu duplexu U4 / U6 in vitro“. EMBO J.. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093 / emboj / 18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.
^ ^A ^b "Entrez Gene: LSM6 LSM6 homolog, U6 spojená s malou jadernou RNA (S. cerevisiae)".

Další čtení

Friesen WJ, Dreyfuss G (2000). „Specifické sekvence proteinů Sm a Sm-like (Lsm) zprostředkovávají jejich interakci s genovým produktem onemocnění spinální svalové atrofie (SMN)“. J. Biol. Chem. 275 (34): 26370–5. doi:10,1074 / jbc.M003299200. PMID 10851237.
Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC a kol. (2002). "Autoprotilátka proti hLSm4 a heptamernímu LSm komplexu v anti-Sm séru". Artritida Rheum. 46 (3): 726–34. doi:10.1002 / čl. 12220. PMID 11920408.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T (2003). „Lidské proteiny LSm1-7 se kolokalizují s enzymy degradujícími mRNA Dcp1 / 2 a Xrnl v odlišných cytoplazmatických ložiscích.“. RNA. 8 (12): 1489–501. doi:10.1017 / S1355838202021726 (neaktivní 11. 10. 2020). PMC 1370355. PMID 12515382.CS1 maint: DOI neaktivní od října 2020 (odkaz)
Lehner B, Sanderson CM (2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

Tento článek o gen na lidský chromozom 4 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164167 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031683 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10369684-5] Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Seraphin B (srpen 1999). „Sm a Sm podobné proteiny se shromažďují ve dvou souvisejících komplexech hlubokého evolučního původu“. EMBO J.. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093 / emboj / 18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.

[pmid10523320-6] Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (prosinec 1999). „Heteromer lidského proteinu podobného Sm ve tvaru koblihy se váže na 3'-konec U6 snRNA, čímž usnadňuje tvorbu duplexu U4 / U6 in vitro“. EMBO J.. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093 / emboj / 18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.

[entrez-7] A ^b "Entrez Gene: LSM6 LSM6 homolog, U6 spojená s malou jadernou RNA (S. cerevisiae)".

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]