LMO4 - LMO4

LMO4
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2L4Z
Identifikátory
Aliasy	LMO4, LIM doména pouze 4
Externí ID	OMIM: 603129 MGI: 109360 HomoloGene: 4927 Genové karty: LMO4
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	87,348,923 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 3 (myš)
Konec	144,205,220 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • vazba kovových iontů; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • GO: 0001158 jádrový promotor vázání sekvenčně specifické DNA pro sekvenci proximální oblasti; • transkripční faktor vazba;
Buněčná složka	• komplex regulátoru transkripce; • náběžná hrana buňky;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • vývoj komorového septa; • asociace míchy neuronová diferenciace; • vývoj brzlíku; • negativní regulace sestavy proteinového komplexu; • transkripce, chráněná DNA; • diferenciace interneuronů míchy; • regulace aktivace buněk; • diferenciace motorických neuronů míchy; • regulace specifikace osudu buněk; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • uzavření neurální trubice; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace aktivity kinázy; • regulace buněčné migrace;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	8543
	16911
	ENSG00000143013
	ENSMUSG00000028266
	P61968
	P61969
	NM_006769; NM_001369491
	NM_001161769; NM_001161770; NM_010723
	NP_006760; NP_001356420
	NP_001155241; NP_001155242; NP_034853
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor transkripce domény LIM LMO4 je protein že u lidí je kódován LMO4 gen.^[5]

LIM doména pouze 4 je protein bohatý na cysteiny, dva LIM domény obsahující, který může hrát roli jako transkripční regulátor nebo případně onkogen. Jeho mRNA je charakterizována 5 'oblastí bohatou na GC a více 3TT motivy v 3' oblasti. Byl identifikován přepis varianty, který postrádá část 5 'oblasti, ale nelze jej potvrdit kvůli povaze regionu bohaté na GC.^[5]

Interakce

LMO4 bylo prokázáno komunikovat s LDB1,^[6]^[7] RBBP8^[6]^[8] a BRCA1.^[6]^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000143013 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028266 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: LMO4 LIM doména pouze 4“.
^ ^A ^b ^C Sutherland, Kate D; Visvader Jane E; Choong David Y H; Sum Eleanor Y M; Lindeman Geoffrey J; Campbell Ian G (říjen 2003). „Mutační analýza genu LMO4 kódující protein interagující s BRCA1 v karcinomech prsu“. Int. J. Cancer. 107 (1): 155–8. doi:10.1002 / ijc.11343. ISSN 0020-7136. PMID 12925972.
^ Deane, Janet E; Mackay Joel P; Kwan Ann H Y; Sum Eleanor Y M; Visvader Jane E; Matthews Jacqueline M (květen 2003). „Strukturální základna pro rozpoznávání ldb1 N-koncovými LIM doménami LMO2 a LMO4“. EMBO J.. 22 (9): 2224–33. doi:10.1093 / emboj / cdg196. ISSN 0261-4189. PMC 156068. PMID 12727888.
^ ^A ^b Sum, Eleanor Y M; Peng Benjamin; Yu Xin; Chen Junjie; Byrne Jennifer; Lindeman Geoffrey J; Visvader Jane E (březen 2002). „Protein LMO4 domény LIM interaguje s kofaktorem CtIP a tumor supresorem BRCA1 a inhibuje aktivitu BRCA1“. J. Biol. Chem. 277 (10): 7849–56. doi:10,1074 / jbc.M110603200. ISSN 0021-9258. PMID 11751867.

Další čtení

Kenny DA, Jurata LW, Saga Y, Gill GN (1998). „Identifikace a charakterizace LMO4, genu LMO s novým vzorem exprese během embryogeneze“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95 (19): 11257–62. Bibcode:1998PNAS ... 9511257K. doi:10.1073 / pnas.95.19.11257. PMC 21629. PMID 9736723.
Racevskis J, Dill A, Sparano JA, Ruan H (1999). "Molekulární klonování LMO41, nový gen lidské domény LIM". Biochim. Biophys. Acta. 1445 (1): 148–53. doi:10.1016 / s0167-4781 (99) 00037-8. PMID 10209267.
Tse E, Grutz G, Garner AA a kol. (2000). "Charakterizace genu Lmo4 kódujícího protein pouze pro LIM: genomová organizace a srovnávací chromozomální mapování". Mamm. Genom. 10 (11): 1089–94. doi:10,1007 / s003359901167. PMID 10556429.
Sum EY, Peng B, Yu X a kol. (2002). „Protein LMO4 domény LIM interaguje s kofaktorem CtIP a tumor supresorem BRCA1 a inhibuje aktivitu BRCA1“. J. Biol. Chem. 277 (10): 7849–56. doi:10,1074 / jbc.M110603200. PMID 11751867.
Deane JE, Visvader JE, Mackay JP, Matthew JM (2003). „Přiřazení 1H, 15N a 13C pro FLIN4, intramolekulární komplex LMO4: ldb1“. J. Biomol. NMR. 23 (2): 165–6. doi:10.1023 / A: 1016363414644. PMID 12153047.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Vu D, Marin P, Walzer C a kol. (2003). "Regulátor transkripce LMO4 interferuje s neuritogenezí v lidských buňkách neuroblastomu SH-SY5Y". Brain Res. Mol. Brain Res. 115 (2): 93–103. doi:10.1016 / S0169-328X (03) 00119-0. PMID 12877980.
Manetopoulos C, Hansson A, Karlsson J a kol. (2003). „Protein LMO4 obsahující pouze LIM moduluje transkripční aktivitu HEN1.“ Biochem. Biophys. Res. Commun. 307 (4): 891–9. doi:10.1016 / S0006-291X (03) 01298-1. PMID 12878195.
Sutherland KD, Visvader JE, Choong DY a kol. (2003). „Mutační analýza genu LMO4 kódující protein interagující s BRCA1 v karcinomech prsu“. Int. J. Cancer. 107 (1): 155–8. doi:10.1002 / ijc.11343. PMID 12925972.
Colland F, Jacq X, Trouplin V a kol. (2004). "Funkční proteomické mapování lidské signální dráhy". Genome Res. 14 (7): 1324–32. doi:10,1101 / gr. 2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Novotny-Diermayr V, Lin B, Gu L, Cao X (2005). „Modulace komplexu podjednotky glykoproteinu 130 s podjednotkou receptoru interleukinu-6 a její signalizace interakcí LMO4“. J. Biol. Chem. 280 (13): 12747–57. doi:10,1074 / jbc.M500175200. PMID 15677447.
Sun T, Patoine C, Abu-Khalil A a kol. (2005). "Časná asymetrie genové transkripce v embryonální lidské levé a pravé mozkové kůře". Věda. 308 (5729): 1794–8. Bibcode:2005Sci ... 308.1794S. doi:10.1126 / science.1110324. PMC 2756725. PMID 15894532.
Sum EY, Segara D, Duscio B a kol. (2005). „Nadměrná exprese LMO4 indukuje hyperplazii mléčné žlázy, podporuje invazi buněk a je prediktorem špatného výsledku u rakoviny prsu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (21): 7659–64. Bibcode:2005PNAS..102.7659S. doi:10.1073 / pnas.0502990102. PMC 1140463. PMID 15897450.
Jeffries CM, Graham SC, Stokes PH a kol. (2007). "Stabilizace komplexu binárních proteinů inteinem zprostředkovanou cyklizací". Protein Sci. 15 (11): 2612–8. doi:10.1110 / ps.062377006. PMC 2242402. PMID 17001033.

Tento článek o gen na lidský chromozom 1 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000143013 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028266 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: LMO4 LIM doména pouze 4“.

[pmid12925972-6] A ^b ^C Sutherland, Kate D; Visvader Jane E; Choong David Y H; Sum Eleanor Y M; Lindeman Geoffrey J; Campbell Ian G (říjen 2003). „Mutační analýza genu LMO4 kódující protein interagující s BRCA1 v karcinomech prsu“. Int. J. Cancer. 107 (1): 155–8. doi:10.1002 / ijc.11343. ISSN 0020-7136. PMID 12925972.

[pmid12727888-7] Deane, Janet E; Mackay Joel P; Kwan Ann H Y; Sum Eleanor Y M; Visvader Jane E; Matthews Jacqueline M (květen 2003). „Strukturální základna pro rozpoznávání ldb1 N-koncovými LIM doménami LMO2 a LMO4“. EMBO J.. 22 (9): 2224–33. doi:10.1093 / emboj / cdg196. ISSN 0261-4189. PMC 156068. PMID 12727888.

[pmid11751867-8] A ^b Sum, Eleanor Y M; Peng Benjamin; Yu Xin; Chen Junjie; Byrne Jennifer; Lindeman Geoffrey J; Visvader Jane E (březen 2002). „Protein LMO4 domény LIM interaguje s kofaktorem CtIP a tumor supresorem BRCA1 a inhibuje aktivitu BRCA1“. J. Biol. Chem. 277 (10): 7849–56. doi:10,1074 / jbc.M110603200. ISSN 0021-9258. PMID 11751867.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]