KIAA1958 - KIAA1958 - Wikipedia
| KIAA1958 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | KIAA1958 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 617390 HomoloGene: 136743 Genové karty: KIAA1958 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
| Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 9: 112,49 - 112,67 Mb | n / a | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [2] | n / a | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Protein KIAA1958 je protein že u lidí je kódován KIAA1958 gen.[3] Ortology KIAA1958 jdou v evoluci až do minulosti strunatci, ačkoli, to je blíže v homologii k primáti než jakékoli jiné ortology. KIAA1958 není známa paralogy.
Gen
KIAA1958 se nachází na dlouhém rameni chromozom 9 (9.q32) u lidí na kladném řetězci od 115249248 do 115427597.[4] Jeho mRNA má 2683 bp.[3] Gen má tyto sousedy na chromozomu 9:
HSDL2: Hydroxysteroid dehydrogenase-like protein 2 hraje roli v nukleotid vazba, oxidoreduktáza činnost a sterol vazba.[5]
C9orf147: Otevřený čtecí rámec 147 chromozomu 9 má neznámou funkci.[6]
C9orf80: Otevřený čtecí rámec 80 chromozomu 9 je součástí komplexu SOSS, komplexu více proteinů, který funguje po proudu od komplexu MRN na podporu Oprava DNA a G2 /M kontrolní bod. Komplex SOSS se asociuje s jednořetězcovou DNA při lézích DNA a ovlivňuje různé koncové body v buňce Poškození DNA reakce včetně kontrolní bod buněčného cyklu aktivace, rekombinační oprava a udržování genomové stability.[7]
SNX30: Může být spojeno třídění nexinu-30 fosfatidylinositol vazba.[8]
Výraz
KIAA1958 je vyjádřen v největších množstvích v hrtan jak navrhuje EST.[9] Nejvyšší výraz v vývojová fáze je blastocyst a pro zdravotní stav se nejvíce nachází v nádory dělohy.[9]Data z NCBI GEO profilu[10] ukazuje, že exprese KIAA1958 zahrnuje mnoho typů tkání v lidském těle. Při použití EMBL-EBI bylo zjištěno, že KIAA1958 je nadměrně exprimován pseudopod RNA během migrace metastatická rakovina buňky.[11] KIAA1958 byl také nadměrně exprimován ve Stat5 / ab a stat 3, což jsou transkripční faktory, o nichž se uvádí, že jsou kritické pro růst a životaschopnost buněk rakoviny prostaty[11] a oba embryonální kmenová buňka a pluripotentní kmenové buňky.[11]
Protein
KIAA1958 se skládá z 716 aminokyseliny a váží 79212 Da s izoelektrickým bodem 6,375.[12] I když toho o proteinu KIAA1958 není mnoho známo, byly provedeny vědecké předpovědi pomocí superpočítačů pro předpovědi struktury a funkce KIAA1958. KIAA1958 prochází posttranslační úpravy. Nejzajímavější modifikace je fosforylace. Ve srovnání s jinými proteiny má KIAA1958 podstatně významné množství serinů fosforylovaných během posttranslační modifikace. Předpokládá se, že 36 serinů bude fosforylováno.
Struktura
PELE na SDSC Biology WorkBench je superpočítač, který je schopen předpovědět sekundární strukturu proteinu KIAA1958.[13] Podle tohoto nástroje je sekundární struktura proteinu kombinací alfa helixů a beta listů, v téměř stejném množství a rozložených téměř rovnoměrně po celém proteinu.
Interakce
V současnosti není znám žádný důkaz, že KIAA1958 interaguje s jinými proteiny.[14]
Homologie
| Rod a druh | Běžné jméno | Přístupové číslo | Sekv. Délka | Sekv. Identita | Sekv. Podobnost |
| Pan troglodyty | Šimpanz | XM_528391 | 7945 bp | 99% | 99% |
| Mus musculus | Myš | BAC38268 | 719 a | 97% | 98% |
| Callithrix jacchus | Společný kosman | XM_002743204 | 2346 bp | 97% | 82% |
| Pongo abelii | Orangutan sumaterský | XM_002820112 | 1120 bp | 96% | 4% |
| Sus scrofa | Divočák | XM_003122070 | 2502 bp | 93% | 81% |
| Ailuropoda melanoleuca | Obrovská Panda | XM_002925938 | 2151 bp | 85% | 91% |
| Nomascus leucogenys | Gibbon s bílou tváří | XM_003263945 | 950 bp | 93% | 5% |
| Oryctolagus cuniculus | Evropský králík | XM_002707990 | 2223 bp | 93% | 43% |
| Loxodonta africana | Slon africký | XM_003407521 | 2388 bp | 93% | 80% |
| Cricetulus griseus | Čínský křeček | XM_003505508 | 2534 bp | 92% | 42% |
| Equus caballus | Kůň | XM_001916302 | 2536 bp | 91% | 93% |
| Bos taurus | Kráva | XM_876102.5 | 2480 bp | 91% | 81% |
| Rattus norvegicus | Krysa | XM_002726532 | 1364 bp | 91% | 36% |
| Cavia porcellus | morče | XM_003463791 | 2217 bp | 91% | 43% |
| Monodelphis domestica | Vačice | XM_001375976 | 2217 bp | 78% | 41% |
| Branchiostoma floridae | Lancelet | XP_002611438 | 719 a | 29% | 48% |
| Amphimedon queenslandica | Mycí houba | XP_003390994 | 388 a | 25% | 48% |
| Acyrthosiphon pisum | Hrachová mšice | XP_001943720 | 1197 aa | 24% | 43% |
| Oikopleura dioica | Chordate | CBY34656 | 629 a | 22% | 43% |
| Ciona intestinalis | Váza tunikát | XP_002125964 | 1004 aa | 23% | 43% |
| Xenopus (silurana) tropicalis | Western Clawed žába | AAI61073 | 679 a | 23% | 43% |
| Halocynthia roretzi | Mořský ananas | BAB40645 | 980 a | 23% | 45% |
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000165185 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Homo sapiens KIAA1958 (KIAA1958), mRNA“. NCBI. Citováno 20. dubna 2012.
- ^ "Homo sapiens gen KIAA1958, kódující KIAA1958". AceView. Citováno 19. dubna 2012.
- ^ „Q6YN16 (HSDL2_HUMAN) Recenze, UniProtKB / Swiss-Prot“. UniProt. Citováno 1. května 2012.
- ^ "Gen Homo sapiens C9orf147, kódující otevřený čtecí rámec chromozomu 9 147". AceView. Citováno 1. května 2012.
- ^ „Q9NRY2 (SOSSC_HUMAN) Recenze, UniProtKB / Swiss-Prot“. Citováno 1. května 2012.
- ^ „Q5VWJ9 (SNX30_HUMAN) Recenze, UniProtKB / Swiss-Prot“. Citováno 1. května 2012.
- ^ A b „Unigene EST profile“. Unigene. Citováno 8. května 2012.
- ^ „Geo profily“. NCBI. Citováno 28. dubna 2012.
- ^ A b C "Profily genového vyjádření". Embl-Ebi. Citováno 8. května 2012.
- ^ „Biology WorkBench“. SDSC. Citováno 3. května 2012.
- ^ „Biology Workbench“. SDSC Biology WorkBench. Citováno 28. dubna 2012.
- ^ „Proteinové interakce“. Tětiva. Citováno 7. května 2012.