James Cuff - James Cuff

Nesmí být zaměňována s James Cuffe (disambiguation).

Dr. James Andrew Cuff
narozený1974 (věk 45–46)[Citace je zapotřebí ]
Alma materChrist Church, Oxford
Vědecká kariéra
InstituceHarvardská Univerzita
Široký institut

Evropský bioinformatický institut
University of Oxford
University of Manchester
TezePredikce struktury proteinů  (1999)
Doktorský poradceGeoffrey J. Barton[1]
webová stránkablog.jcuff.síť
o.mě/ jcuff
cvrlikání.com/ jamesdotcuff
učenec.harvard.edu/ jcuff

James Andrew Cuff, (narozený Preston, Lancashire ) je Brit biofyzik. Cuff zastával vedoucí pozice na Harvardská Univerzita, Široký institut, Wellcome Trust Sanger Institute a Evropský bioinformatický institut.

Vzdělání

Manžeta je držitelem titulu PhD Predikce struktury proteinů[1] z University of Oxford, a je držitelem bakalářského titulu v Chemie z University of Manchester.

Výzkum

Manžetův výzkum zkoumá genomika, predikce proteinové struktury, bioinformatika a High Performance Computing (HPC).[2][3] Cuff pracoval jako součást týmů, které dokončily první simultánní analýzu genomu dvaceti devíti savců,[4] upřesnění počtu lidských genů,[5] a první bivalentní chromatinové struktury, které se nacházejí v embryonálních kmenových buňkách.[6] Kromě toho Cuff přispěl k několika rozsáhlým bioinformatika a výpočetní biologie projekty včetně Ensembl,[7] Jalview,[8] a první online shoda predikce sekundární struktury algoritmus JPred.[9][10] Podporoval rozlišení genomů myši, psa a monodelphis[11][12][13] a brzy ZAKÓDOVAT projekt.[14]

Na základě rané práce s počítačové klastry,[15] Manžeta pomohla s designem a architekturou Massachusetts Green High Performance Computing Center, mnohamilionový dolar[16] datové centrum projekt mezi Harvardská Univerzita, MIT, Bostonská univerzita, Severovýchodní univerzita, a University of Massachusetts. Cuff je také spolutvůrcem populární metody ověřování otevřeného zdroje s názvem JAuth.[17] Cuff je také hlavním vyšetřovatelem.

Reference

  1. ^ A b Cuff, James (1999). Predikce struktury proteinů (Disertační práce). University of Oxford.
  2. ^ James Cuff publikace indexované podle Google Scholar
  3. ^ Seznam publikací z Microsoft Academic
  4. ^ Lindblad-Toh, K .; Garber, M .; Zuk, O .; Lin, M. F .; Parker, B. J .; Washietl, S .; Kheradpour, P .; Ernst, J .; Jordan, G .; Mauceli, E .; Ward, L. D .; Lowe, C. B .; Holloway, A. K .; Clamp, M .; Gnerre, S .; Alföldi, J .; Beal, K .; Chang, J .; Clawson, H .; Cuff, J .; Di Palma, F .; Fitzgerald, S .; Flicek, P .; Guttman, M .; Hubisz, M. J .; Jaffe, D. B .; Jungreis, I .; Kent, W. J .; Kostka, D .; Lara, M. (2011). „Mapa lidského evolučního omezení s vysokým rozlišením využívající 29 savců“. Příroda. 478 (7370): 476–482. Bibcode:2011Natur.478..476.. doi:10.1038 / příroda10530. PMC  3207357. PMID  21993624.
  5. ^ Clamp, M .; Fry, B .; Kamal, M .; Xie, X .; Cuff, J .; Lin, M. F .; Kellis, M .; Lindblad-Toh, K .; Lander, E. S. (2007). „Rozlišování genů kódujících proteiny a nekódujících genů v lidském genomu“. Sborník Národní akademie věd. 104 (49): 19428–19433. doi:10.1073 / pnas.0709013104. PMC  2148306. PMID  18040051.
  6. ^ Bernstein, B. E .; Mikkelsen, T. S .; Xie, X .; Kamal, M .; Huebert, D. J .; Cuff, J .; Fry, B .; Meissner, A .; Wernig, M .; Plath, K .; Jaenisch, R .; Wagschal, A .; Feil, R .; Schreiber, S.L .; Lander, E. S. (2006). "Bivalentní struktura chromatinu označuje klíčové vývojové geny v embryonálních kmenových buňkách". Buňka. 125 (2): 315–326. doi:10.1016 / j.cell.2006.02.041. PMID  16630819.
  7. ^ Hubbard, T.; Barker, D .; Birney, E.; Cameron, G .; Chen, Y .; Clark, L .; Cox, T .; Cuff, J .; Curwen, V .; Down, T .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Hammond, M .; Huminiecki, L .; Kasprzyk, A .; Lehvaslaiho, H .; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pocock, M .; Potter, S .; Rust, A .; Schmidt, E .; Searle, S .; Slater, G .; Smith, J .; Spooner, W .; Stabenau, A. (2002). „Projekt databáze genomu Ensembl“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 38–41. doi:10.1093 / nar / 30.1.38. PMC  99161. PMID  11752248.
  8. ^ Clamp, M .; Cuff, J .; Searle, S. M .; Barton, G. J. (2004). „Jalview Java alignment editor“. Bioinformatika. 20 (3): 426–427. doi:10.1093 / bioinformatika / btg430. PMID  14960472.
  9. ^ Cuff, J. A .; Barton, G. J. (2000). Msgstr "Aplikace profilů více sekvenčních zarovnání ke zlepšení predikce sekundární struktury proteinu". Proteiny: struktura, funkce a genetika. 40 (3): 502–511. doi:10.1002 / 1097-0134 (20000815) 40: 3 <502 :: AID-PROT170> 3.0.CO; 2-Q. PMID  10861942.
  10. ^ Cuff, J. A .; Barton, G. J. (1999). „Hodnocení a zdokonalování metod více sekvencí pro predikci sekundární struktury proteinů“. Proteiny: struktura, funkce a genetika. 34 (4): 508–519. doi:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19990301) 34: 4 <508 :: AID-PROT10> 3.0.CO; 2-4. PMID  10081963.
  11. ^ Chinwalla, A. T .; Waterston, L. L .; Lindblad-Toh, K. D .; Birney, G. A .; Rogers, L. A .; Abril, R. S .; Agarwal, T. A .; Agarwala, L. W .; Ainscough, E. R .; Alexandersson, J. D .; An, T. L .; Antonarakis, W. E .; Attwood, J. O .; Baertsch, M. N .; Bailey, K. H .; Barlow, C. S .; Beck, T. C .; Berry, B .; Birren, J .; Bloom, E .; Bork, R. H .; Botcherby, M. C .; Bray, R. K.; Brent, S. P .; Brown, P .; Brown, E .; Bult, B .; Burton, T .; Butler, D. G .; et al. (2002). „Počáteční sekvenování a komparativní analýza myšího genomu“. Příroda. 420 (6915): 520–562. Bibcode:2002 Natur.420..520W. doi:10.1038 / nature01262. PMID  12466850.
  12. ^ Lindblad-Toh, K .; Wade, C. M .; Mikkelsen, T. S .; Karlsson, E. K .; Jaffe, D. B .; Kamal, M .; Clamp, M .; Chang, J.L .; Kulbokas, E. J .; Zody, M. C .; Mauceli, E .; Xie, X .; Breen, M .; Wayne, R. K.; Ostrander, E. A .; Ponting, C. P .; Galibert, F .; Smith, D. R.; Dejong, P. J .; Kirkness, E .; Alvarez, P .; Biagi, T .; Brockman, W .; Butler, J .; Chin, C. W .; Cook, A .; Cuff, J .; Daly, M. J .; Decaprio, D .; et al. (2005). "Sekvence genomu, komparativní analýza a haplotypová struktura domácího psa". Příroda. 438 (7069): 803–819. Bibcode:2005 Natur.438..803L. doi:10.1038 / příroda04338. PMID  16341006.
  13. ^ Mikkelsen, T. S .; Wakefield, M. J .; Aken, B .; Amemiya, C. T .; Chang, J.L .; Duke, S .; Garber, M .; Gentles, A. J .; Goodstadt, L .; Heger, A .; Jurka, J .; Kamal, M .; Mauceli, E .; Searle, S. M. J .; Sharpe, T .; Baker, M.L .; Batzer, M. A .; Benos, P. V .; Belov, K .; Clamp, M .; Cook, A .; Cuff, J .; Das, R .; Davidow, L .; Deakin, J. E.; Fazzari, M. J .; Glass, J. L .; Grabherr, M .; Greally, J. M .; Gu, W. (2007). „Genom vačnatce Monodelphis domestica odhaluje inovaci v nekódujících sekvencích“. Příroda. 447 (7141): 167–177. Bibcode:2007 Natur.447..167M. doi:10.1038 / nature05805. PMID  17495919.
  14. ^ Konsorcium projektu ENCODE; Birney E; Stamatoyannopoulos JA; Dutta A; Guigó R; Gingeras TR; Margulies EH; Weng Z; Snyder M; Dermitzakis ET; et al. (2007). „Identifikace a analýza funkčních prvků v 1% lidského genomu pilotním projektem ENCODE“. Příroda. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007 Natur.447..799B. doi:10.1038 / nature05874. PMC  2212820. PMID  17571346.
  15. ^ Cuff, J. A .; Coates, G. M .; Cutts, T. J .; Rae, M. (2004). „Ensembl Computing Architecture“. Výzkum genomu. 14 (5): 971–975. doi:10,1101 / gr.1866304. PMC  479128. PMID  15123594.
  16. ^ Tisková zpráva ministerstva obchodu, 24. srpna 2011
  17. ^ https://github.com/mclamp/jauth/