Identifiers.org - Identifiers.org

Identifiers.org je projekt poskytující stabilní a trvalé identifikátory pro datové záznamy používané v biologických vědách. Identifikátory jsou poskytovány ve formě Jednotné identifikátory zdrojů (URI). Identifiers.org je také systém řešení, který se opírá o sbírky uvedené v Registr MIRIAM poskytnout přímý přístup k různým instancím identifikovaných záznamů.

Identifikátory.org URI a systém řešení

Identifikátory URI Identifikátory.org[1][2] jsou trvalé identifikátory, které specifikují najednou sběr dat pomocí jmenných prostorů registru a identifikátor záznamu v kolekci ve formě jedinečného rozlišitelného URI. Systém řešení Identifiers.org je postaven na informacích uložených v Registr MIRIAM,[3] což je databáze, která ukládá jmenné prostory přiřazené k běžně používaným sbírkám dat (databáze a ontologie ) pro vědy o živé přírodě. Transformuje identifikátor URI identifikátoru.org na různé adresy URL vedoucí k různým instancím záznamu identifikovaného identifikátorem URI. Identifiers.org je součástí ELIXÍR Platforma interoperability.

Struktura identifikátoru

Identifikátor URI identifikátoru.org se skládá z několika částí:

  • Protokol. Identifikátory URI jsou HTTP URI a začněte řetězcem „http: /“
  • Sběr dat. Toto jsou jmenné prostory uvedené v seznamu Registr MIRIAM. Například „pubmed“ pro publikační zdroj pubmed, „kód EC“ pro enzymová nomenklatura a „jdi“ na genová ontologie
  • Zaznamenejte do sbírky. Například „9606“ je „3-fluorotoluen“ ve sbírce PubChem, je to „Homo sapiens“ ve sbírce „taxonomy“ a jedná se o společenskovědní publikaci ve sbírce „pubmed“.
  • Volitelné: Identifikátory URI identifikátorů.org mohou být doplněny parametry, například uložení toho, který zdroj má být použit k vyřešení, „profily“, které řídí chování resolveru atd.
Struktura a příklady identifikátorů URI Identifiers.org.

Používání

Systémy umožňují konzistentní a jednotnou anotaci datových sad. Toto je zase usnadňuje zarovnání a integraci dat. Identifikátory.org URI se používají ke kódování metadat ve standardních formátech iniciativy COMBINE,[4] jako SBML. Zejména databáze jako Databáze biomodelů a Reactome exportovat svá data do SBML s křížovými odkazy kódovanými pomocí identifikátorů URI identifikátorů.org. Tyto identifikátory URI se také používají v různých sémantických webových projektech, jako jsou Bio2RDF, Otevřete FAKTY a platformu EBI RDF[5] Identifiers.org je součástí Platforma interoperability z Evropská infrastruktura biologických věd pro biologické informace.

Srovnání s jinými systémy URI

Identifikátory.org URI jsou vyvíjeny od roku 2011 jako vyřešitelná verze MIRIAM identifikátory vyvinuté od roku 2005, které byly a URNA formě a není přímo řešitelný. Identifikátory URI Identifikátory.org jsou podobné PURL, i když poskytuje alternativní řešení pro sbírky s několika instancemi. Jsou také podobné DOI, ale zadejte názvy kolekcí čitelné člověkem a znovu použijte identifikátor záznamu přidělený poskytovatelem dat.

Viz také

Reference

  1. ^ Juty, N; Le Novère, N; Laibe, C (2012). „Identifiers.org a MIRIAM Registry: Prostředky komunity k zajištění trvalé identifikace“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D580–6. doi:10.1093 / nar / gkr1097. PMC  3245029. PMID  22140103.
  2. ^ http://identifiers.org/ Web Identifiers.org
  3. ^ Laibe, C; Le Novère, N (2007). „Zdroje MIRIAM: nástroje pro generování a řešení robustních křížových odkazů v systémové biologii“. Biologie systémů BMC. 1: 58. doi:10.1186/1752-0509-1-58. PMC  2259379. PMID  18078503.
  4. ^ http://co.mbine.org/ COmputational Modeling in BIology NEtwork Web
  5. ^ S Jupp, J Malone, J Bolleman, M Brandizi, M Davies, L Garcia, A Gaulton, S Gehant, C Laibe, N Redaschi, SM Wimalaratne, M Martin, N Le Novère, H Parkinson, E Birney, AM Jenkinson (2014) ) Platforma EBI RDF: Propojená otevřená data pro vědy o živé přírodě. Bioinformatika doi:10.1093 / bioinformatika / btt765

externí odkazy