Registr MIRIAM - MIRIAM Registry
The Registr MIRIAM, vedlejší produkt MIRIAM Pokyny, je databáze jmenných prostorů a souvisejících informací, které se používají při vytváření jednotné identifikátory zdrojů. Obsahuje sadu oborů jmenných prostorů schválených komunitou pro databáze a prostředky sloužící především doméně biologických věd. Tyto sdílené jmenné prostory, v kombinaci s identifikátory „shromažďování dat“, lze použít k vytvoření globálně jedinečných identifikátorů pro znalosti uchovávané v úložištích dat. Další informace o použití identifikátorů URI k anotaci modelů najdete ve specifikaci SBML úrovně 2 verze 2 (a výše).
„Sběr dat“ je definován jako sada dat generovaných poskytovatelem. „Zdroj“ je definován jako distributor těchto údajů. Takový popis umožňuje, aby bylo k jedné kolekci přidruženo mnoho zdrojů, což umožňuje přesné znázornění toho, jak jsou biologické informace k dispozici v síti WWW; často mohou být stejné informace z jednoho sběru dat zrcadleny různými zdroji nebo mohou být základní informace doplněny o další data.
- název sběru dat: Gene Ontology
- identifikátor shromažďování údajů: MIR: 00000022
- synonyma sběru dat: GO
- vzor identifikátoru sběru dat: ^ GO: d {7} $
- jmenný prostor pro sběr dat: urna: miriam: obo.go
- sběr dat 'Root URL': http://identifiers.org/obo.go/
- sběr dat 'Root URN': urna: miriam: obo.go:
- zdroje pro sběr:
- zdroj č. 1
- identifikátor zdroje: MIR: 00100012
- web umístění zdroje: http://www.ebi.ac.uk/ego/
- přístupová adresa URL zdroje (tokenizovaná): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
- Popis zdroje: QuickGO (prohlížeč genové ontologie)
- zdrojová instituce: Evropský bioinformatický institut, Spojené království
- zdroj č. 2
- [...]
- zdroj č. 1
Registr MIRIAM je kurátorovaný zdroj, který je volně dostupný a otevřený všem. Prostřednictvím webových stránek lze zasílat příspěvky do nových sbírek.[1]
Identifikátory využívající systém MIRIAM
Pokyny MIRIAM vyžadují použití jednotných identifikátorů prostředků v anotaci komponent modelu. Ty jsou vytvářeny pomocí sdíleného seznamu jmenných prostorů definovaných v registru MIRIAM.
MIRIAM URI
Pomocí oborů názvů definovaných v registru MIRIAM je možné vytvořit identifikátory ve formulářích URN i URL. To vyžaduje jedinečný identifikátor specifický pro kolekci a také jmenný prostor, který globálně omezuje informační prostor. Obor názvů i kořen každého formuláře URI jsou uvedeny pro každý sběr dat v registru. Obě formy jsou odvozeny ze stejného prostoru jmen. Například:
- forma urny:
urn: miriam: pubmed: 16333295 - formulář adresy URL:
http://identifiers.org/pubmed/16333295
V tomto příkladu je identifikátor specifický pro kolekci 16333295 a obor názvů je pubmed.
Forma identifikátorů URN vyžaduje pro přístup k odkazovanému záznamu použití webových služeb nebo programových prostředků. To znamená, že nelze jednoduše vložit formulář URN do okna prohlížeče a dospět k odkazovaným informacím. Formulář URL je přímo řešitelný a spoléhá se na překladovou vrstvu poskytnutou Identifiers.org.
Podpůrné funkce a dostupnost
Aby bylo možné efektivně využívat registr MIRIAM a rychlé přijetí anotačního schématu, je k dispozici řada podpůrných funkcí.[2] Tyto zahrnují Webové služby, webové rozhraní[3] pro přístup k samotnému registru a knihovně Java[4]
Registr MIRIAM byl vyvinut týmem Proteomics Services v Evropský bioinformatický institut. Zdrojový kód pro celý projekt, včetně podpůrných funkcí, je k dispozici na webu SourceForge.net.[5]
The Registr MIRIAM je využíván několika světovými projekty jako např Databáze biomodelů,[6][7] SABIO-RK,[8] COPASI,[9] Podrobnější seznam naleznete na webových stránkách.[10]
Viz také
- Minimální informační standardy
- MIRIAM
- Identifiers.org
- Standardy metadat
- Biologie výpočetních systémů
- Databáze biomodelů
- SBML
- CellML
Reference
- ^ „Stránka pro zaslání nové sbírky“. Ebi.ac.uk. Citováno 2012-10-09.
- ^ Laibe, Camille; Le Novère, Nicolas (2007). „Zdroje MIRIAM: Nástroje pro generování a řešení robustních křížových odkazů v systémové biologii“. Biologie systémů BMC. 1: 58. doi:10.1186/1752-0509-1-58. PMC 2259379. PMID 18078503.
- ^ „Webové stránky zdrojů MIRIAM“. Ebi.ac.uk. Citováno 2012-10-09.
- ^ Li, C .; Courtot, M .; Le Novere, N .; Laibe, C. (2009). „Webové služby BioModels.net, bezplatná a integrovaná sada nástrojů pro software pro výpočetní modelování“. Briefings in Bioinformatics. 11 (3): 270–7. doi:10.1093 / bib / bbp056. PMC 2913671. PMID 19939940.
- ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 10.05.2012. Citováno 2012-10-23.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz) Projekt MIRIAM na SourceForge.net[není nutný primární zdroj ]
- ^ Li, C; Donizelli, M; Rodriguez, N; Dharuri, H; Endler, L; Chelliah, V; Li, L; On, E; Henry, A; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (2010). „BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models“. Biologie systémů BMC. 4: 92. doi:10.1186/1752-0509-4-92. PMC 2909940. PMID 20587024.
- ^ „Webové stránky databáze biomodelů“. Ebi.ac.uk. Citováno 2012-10-09.
- ^ SDBV. „Virtuální buňka kinetiky databáze SABIO-Reaction“. Sabio.villa-bosch.de. Citováno 2012-10-09.
- ^ „Complex Pathway Simulator and SBMLeditor“. Copasi.org. Citováno 2012-10-09.
- ^ „MIRIAM Usage“. Ebi.ac.uk. Citováno 2012-10-09.