IMES-2 RNA motiv - IMES-2 RNA motif - Wikipedia

Konsenzuální sekundární struktura IMES-2 RNA. Tento údaj je převzat z doplňkových údajů k předchozí publikaci.[1]
Předpokládaná sekundární struktura IMES-2 RNA v alphaproteobacterium HIMB114. Nukleotidy jsou číslovány od 5 'konce. Řádky označené „0 nt“ neobsahují žádné nukleotidy.

The Motiv IMES-2 RNA je konzervovaný RNA struktura, která byla identifikována studií založenou na metagenomika a bioinformatika,[1] a podkladové sekvence RNA byly nezávisle identifikovány podobnou dřívější studií.[2] Tyto RNA jsou přítomné v sekvencích prostředí, a při objevu nebylo známo, že by byl přítomen v žádném kultivovaném druh. Avšak v IM byla detekována IMES-2 RNA alphaproteobacterium HIMB114, který je zařazen do SAR11 clade z mořské bakterie. Toto zjištění zapadá do dřívějších předpovědí, s nimiž jsou druhy, které používají RNA IMES-2, nejblíže příbuzné alphaproteobacteria.[2] IMES-2 RNA jsou výjimečně hojné, protože bylo nalezeno dvakrát tolik RNA IMES-2 ribozomy[1] v RNA vzorkovaných z Tichý oceán.[2][3] Jsou známy pouze dvě bakteriální RNA (6S RNA a přenos RNA ) být více transkribován více než ribozomy.

Sekundární struktura IMES-2 RNA obsahuje čtyři kmenová smyčka struktury a jeden pseudoknot.

Reference

  1. ^ A b C Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (prosinec 2009). „Výjimečná strukturovaná nekódující RNA odhalená analýzou bakteriálních metagenomů“. Příroda. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC  4140389. PMID  19956260.
  2. ^ A b C Shi Y, Tyson GW, DeLong EF (květen 2009). „Metatranscriptomics odhaluje jedinečné mikrobiální malé RNA ve vodním sloupci oceánu“. Příroda. 459 (7244): 266–269. doi:10.1038 / nature08055. PMID  19444216.
  3. ^ Frias-Lopez J, Shi Y, Tyson GW a kol. (Březen 2008). „Mikrobiální komunitní genová exprese v povrchových vodách oceánu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10): 3805–3810. doi:10.1073 / pnas.0708897105. PMC  2268829. PMID  18316740.