Zachytávání genů - Gene trapping - Wikipedia
Zachytávání genů je vysoká propustnost přístup, který se používá k zavedení inzerčního mutace napříč genomem organismu.
Metoda
Trapping se provádí pomocí vektorů pro zachycení genů, jejichž hlavním prvkem je kazeta pro zachycování genů sestávající z reportérového genu bez promotoru a / nebo selekční genetický marker, lemovaný 3 'spojovacím místem proti směru (akceptor sestřihu; SA) a downstream transkripční posloupnost ukončení (polyadenylace sekvence; polyA).
Při vložení do intron exprimovaného genu je kazeta pro zachycení genu přepsána z endogenního promotoru tohoto genu ve formě fúzního transkriptu, ve kterém je exon (y) upstream od inzertního místa sestřižen v rámci do reportérového / selektovatelného markeru. Protože transkripce je předčasně ukončena na vloženém polyadenylačním místě, kódovaný fúzní transkript kóduje zkrácenou a nefunkční verzi buňky protein a reportér / volitelný marker. Genové pasti tedy současně inaktivují a hlásí expresi zachyceného genu v místě inzerce a poskytují a DNA tag (značka pro sekvenci genové pasti, GTST) pro rychlou identifikaci narušeného gen.[1][2]
Přístup
Mezinárodní konsorcium genových pastí centralizuje data a dodává upravené buněčné linie.[3]
Reference
- ^ Cobellis, G; Nicolaus, G; et al. (2005). „Označování genů weby pro výměnu kazet“. Nucleic Acids Res. 33 (4): e44. doi:10.1093 / nar / gni045. PMC 552971. PMID 15741177.
- ^ De-Zolt, S; Schnutgen, F; et al. (2006). "Vysoko výkonné zachycování genů sekreční dráhy v myších embryonálních kmenových buňkách". Nucleic Acids Res. 34 (3): 25.
- ^ „IGTC, International Gene Trap Consortium“. www.genetrap.org. Citováno 2018-02-11.
Další čtení
- Gossler A, Joyner AL, Rossant J, Skarnes WC (duben 1989). "Myší embryonální kmenové buňky a reportérové konstrukty pro detekci vývojově regulovaných genů". Věda. 244 (4903): 463–5. doi:10.1126 / science.2497519. PMID 2497519.
- von Melchner H, Ruley HE (srpen 1989). „Identifikace buněčných promotorů pomocí pasti promotoru retroviru“. Journal of Virology. 63 (8): 3227–33. PMC 250892. PMID 2545900.
- Friedrich G, Soriano P (září 1991). „Promotorové pasti v embryonálních kmenových buňkách: genetický screening k identifikaci a mutaci vývojových genů u myší“. Geny a vývoj. 5 (9): 1513–23. doi:10,1101 / gad. 5.9.1513. PMID 1653172.
- Zambrowicz BP, Friedrich GA, Buxton EC, Lilleberg SL, osoba C, Sands AT (duben 1998). "Narušení a identifikace sekvence 2 000 genů v myších embryonálních kmenových buňkách". Příroda. 392 (6676): 608–11. doi:10.1038/33423. PMID 9560157.
- Wiles MV, Vauti F, Otte J, Füchtbauer EM, Ruiz P, Füchtbauer A, Arnold HH, Lehrach H, Metz T, von Melchner H, Wurst W (leden 2000). "Zřízení knihovny značek sekvencí genové pasti pro generování mutantních myší z embryonálních kmenových buněk". Genetika přírody. 24 (1): 13–4. doi:10.1038/71622. PMID 10615117.
- Stanford WL, Cohn JB, Cordes SP (říjen 2001). „Mutageneze genové pasti: minulost, přítomnost i mimo ni“. Recenze přírody. Genetika. 2 (10): 756–68. doi:10.1038/35093548. PMID 11584292.
- Skarnes WC, von Melchner H, Wurst W, Hicks G, Nord AS, Cox T, Young SG, Ruiz P, Soriano P, Tessier-Lavigne M, Conklin BR, Stanford WL, Rossant J (červen 2004). „Veřejný zdroj pasti genů pro myší funkční genomiku“. Genetika přírody. 36 (6): 543–4. doi:10.1038 / ng0604-543. PMC 2716026. PMID 15167922.
- Hansen J, Floss T, Van Sloun P, Füchtbauer EM, Vauti F, Arnold HH, Schnütgen F, Wurst W, von Melchner H, Ruiz P (srpen 2003). „Rozsáhlý přístup genové mutageneze pro funkční analýzu myšího genomu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (17): 9918–22. doi:10.1073 / pnas.1633296100. PMC 187885. PMID 12904583.
- Zambrowicz BP, Abuin A, Ramirez-Solis R, Richter LJ, Piggott J, Beltrandel Rio H a kol. (Listopad 2003). „Nedostatek kinázy Wnk1 snižuje krevní tlak u myší: obrazovka detekce genů pro identifikaci potenciálních cílů pro terapeutický zásah“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (24): 14109–14. doi:10.1073 / pnas.2336103100. PMC 283554. PMID 14610273.
- Schnütgen F, De-Zolt S, Van Sloun P, Hollatz M, Floss T, Hansen J, Altschmied J, Seisenberger C, Ghyselinck NB, Ruiz P, Chambon P, Wurst W, von Melchner H (květen 2005). „Produkce víceúčelových alel pro funkční analýzu genomu myší v celém genomu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 102 (20): 7221–6. doi:10.1073 / pnas.0502273102. PMC 1129123. PMID 15870191.
- Springer PS (červenec 2000). „Genové pasti: nástroje pro vývoj rostlin a genomiku“. Rostlinná buňka. 12 (7): 1007–20. doi:10.2307/3871251. JSTOR 3871251. PMC 149045. PMID 10899970.