Přeložte změnu - Fold change - Wikipedia

Přeložte změnu je opatření popisující, jak moc se množství mění mezi originálem a následným měřením. Je definován jako poměr mezi těmito dvěma veličinami; pro množství A a B, pak změna složení B s ohledem na A je B/A. Jinými slovy, změna z 30 na 60 je definována jako násobná změna 2. Toto se také označuje jako „dvojnásobné zvýšení“. Podobně se změna z 30 na 15 označuje jako „dvojnásobné snížení“. Skládací změna se často používá při analýze více měření biologického systému prováděných v různých časech, protože změnu popsanou poměrem mezi časovými body lze interpretovat snadněji než rozdíl.

Fold fold se nazývá tak, protože je běžné popsat nárůst násobku X jako „X-násobné zvýšení ". Jako takový, několik slovníků, včetně Oxford English Dictionary[1] a Merriam-Webster Dictionary,[2] stejně jako Collinsův slovník matematiky definuje „-fold“ ve smyslu „times“, jako v „2-fold“ = „2 times“ = „double“. Pravděpodobně kvůli této definici používá mnoho vědců nejen „fold“, ale také „fold change“ jako synonymum pro „times“, jako v „3-krát větší“ = „3krát větší“.[3][4][5]

Fold change se často používá při analýze genová exprese data z microarray a RNA-sekv experimenty pro měření změny v úrovni exprese genu.[6] Nevýhodou a vážným rizikem použití změny záhybu v tomto nastavení je jeho předpětí[7] a může nesprávně klasifikovat odlišně exprimované geny s velkými rozdíly (B − A) ale malé poměry (B/A), což vede ke špatné identifikaci změn na vysokých úrovních exprese. Kromě toho, když jmenovatel je blízko nule, poměr není stabilní a hodnota změny složení může být nepřiměřeně ovlivněna šumem měření.

Alternativní definice

Existuje alternativní definice změny skládání,[Citace je zapotřebí ] ačkoli to obecně vypadlo z použití. Zde je změna záhybu definována jako poměr rozdílu mezi konečnou hodnotou a počáteční hodnotou dělený počáteční hodnotou. Pro množství A a B, změna skladu je dána jako (B − A)/Anebo ekvivalentně B/A - 1. Tato formulace má přitažlivé vlastnosti, jako je to, že žádná změna se nerovná nule, 100% nárůst se rovná 1 a 100% pokles se rovná -1. Avšak verbální odkaz na zdvojnásobení jako jednostrannou změnu a ztrojnásobení jako dvojnásobnou změnu je kontraproduktivní, a proto se tato formulace používá jen zřídka.

Spiknutí sopky zobrazeno metabolomický data. Červené šipky označují zajímavé body, které zobrazují jak velké změny záhybu (osa x), tak vysokou statistickou významnost (-log10 hodnoty p, osa y). Přerušovaná červená čára ukazuje, kde p = 0,05 s body nad čarou s p <0,05 a body pod čarou s p> 0,05. Tento graf je zbarven tak, že body, které mají změnu složení menší než 2 (log2 = 1), jsou zobrazeny šedě.

Tato formulace se někdy nazývá relativní změna a je označen jako zlomkový rozdíl v softwarovém balíčku Prism.[8]

Přeložte změny v genomice a bioinformatice

V oblasti genomika (a obecněji v bioinformatika ), moderní použití je definovat násobnou změnu z hlediska poměrů, a nikoli alternativní definicí.[9][10]

Logické poměry se však často používají pro analýzu a vizualizaci záhybů. Nejčastěji se používá logaritmus k základně 2,[9][10] protože je snadné jej interpretovat, např. zdvojnásobení původního měřítka se rovná logu2 násobná změna 1, čtyřnásobek se rovná logu2 fold změna 2 a tak dále. Naopak, míra je symetrická, když se změna sníží o ekvivalentní částku, např. půlení se rovná logu2 násobná změna -1, čtvrtletí se rovná logu2 násobná změna −2 atd. To vede k estetičtějším grafům, protože exponenciální změny se zobrazují jako lineární, a tak se zvyšuje dynamický rozsah. Například na ose vykreslení zobrazující protokol2 násobné změny, 8násobné zvýšení se zobrazí na hodnotě osy 3 (od 23 = 8). Neexistuje však žádný matematický důvod používat logaritmus pouze k základu 2 a kvůli mnoha nesrovnalostem v popisu protokolu2 násobné změny v genu / proteinu výraz, nový termín "loget „bylo navrženo.[11]

Viz také

Poznámky

  1. ^ „Free OED - Oxford English Dictionary“.
  2. ^ „Definice TWOFOLD“.
  3. ^ Cieńska, M .; Labus, K .; Lewańczuk, M .; Koźlecki, T .; Liesiene, J .; Bryjak, J. (2016). "Efektivní hydroxylace L-tyrosinu nativní a imobilizovanou tyrosinázou". PLOS One. 11: e0164213. doi:10.1371 / journal.pone.0164213. PMC  5053437. PMID  27711193.
  4. ^ Cunningham, M. W. Jr.; Williams, J. M .; Amaral, L .; Usry, N .; Wallukat, G .; Dechend, R .; LaMarca, B. (2016). „Agonistické autoprotilátky proti receptoru angiotensinu II typu 1 zvyšují vaskulární senzitivitu k angiotenzinu II - indukují renální vaskulární senzitivitu a snižují renální funkce během těhotenství“. Hypertenze. 68: 1308–1313. doi:10.1161 / HYPERTENSIONAHA.116.07971. PMC  5142826. PMID  27698062.
  5. ^ Li, B .; Li, Y. Y .; Wu, H. M .; Zhang, F. F .; Li, C. J .; Li, X. X .; Lambers, H .; Li, L. (2015). „Kořenové exsudáty podporují mezidruhové usnadnění zlepšením nodulace a N2 fixace ". PNAS. 113 (23): 6496–6501. doi:10.1073 / pnas.1523580113. PMC  4988560. PMID  27217575.
  6. ^ Tusher, Virginia Goss; Tibshirani, Robert; Chu, Gilbert (2001). „Analýza významnosti mikročipů aplikovaných na reakci ionizujícího záření“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 98 (18): 5116–5121. doi:10.1073 / pnas.091062498. PMC  33173. PMID  11309499.
  7. ^ Mariani, T. J .; Budhraja V .; Mecham B. H .; Gu C. C .; Watson M. A .; Sadovský Y. (2003). Msgstr "Prahová hodnota změny variabilního složení určuje význam pro expresní mikropole". FASEB J.. 17 (2): 321–323. doi:10.1096 / fj.02-0351fje. PMID  12475896.
  8. ^ "Hranol". www.graphpad.com. Citováno 2018-06-07.
  9. ^ A b Robinson, M. D .; Smyth, G. K. (2008). „Odhad malého vzorku negativní binomické disperze s aplikacemi na SAGE data“. Biostatistika. 9 (2): 321–332. doi:10.1093 / biostatistika / kxm030. PMID  17728317.
  10. ^ A b Láska, M. I .; Huber, W .; Anders, S. (2014). „Moderovaný odhad změny násobení a disperze pro data RNA-seq s DESeq2“. Genome Biology. 15: 550. doi:10.1186 / s13059-014-0550-8. PMC  4302049. PMID  25516281.
  11. ^ Pacholewska, Alicja (2017). "'Loget '- Jednotná diferenciální výrazová jednotka pro nahrazení' logFC 'a' log2FC'". Záležitosti. doi:10.19185 / záležitosti.201706000011. ISSN  2297-8240.

externí odkazy