FightAIDS @ Home - FightAIDS@Home
FightAIDS @ Home („Bojujte proti AIDS doma“) je distribuované výpočty projekt provozovaný laboratoří Olson v Výzkumný ústav Scripps. Funguje na domácích počítačích připojených k internetu a od července 2013 také běží Android chytré telefony a tablety.[1] Jejím cílem je pomocí biomedicínských softwarových simulačních technik hledat způsoby, jak léčit nebo zabránit šíření viru HIV / AIDS.
Metody
Olsonovým cílem je HIV proteáza, klíčový molekulární stroj viru, který po zablokování zastaví jeho zrání. Tyto blokátory, známé jakoinhibitory proteázy „, jsou tedy způsobem, jak se vyhnout nástupu AIDS a prodloužit život. Olsonova laboratoř používá výpočetní metody k identifikaci nových kandidátních léků, které mají správný tvar a chemické vlastnosti k blokování HIV proteázy. Tento obecný přístup se nazývá strukturovaný design léčiv, a podle Národního institutu všeobecných lékařských věd Národního institutu zdravotnictví to již mělo dramatický dopad na život lidí žijících s AIDS.
FightAIDS @ Home využívá AutoDock VINA software, který testuje, jak dobře se určitá molekula váže na HIV-1 proteáza.
V říjnu 2015 byla spuštěna FightAIDS @ Home Phase 2, využívající výpočetně náročné Metoda analýzy distribuce vazebné energie (BEDAM) „důkladněji vyhodnotit nejlepší kandidáty z obrovského počtu výsledků generovaných ve fázi 1“.[2]
Dějiny
Původně byl implementován pomocí distribuované výpočetní softwarové infrastruktury poskytované společností Entropie. Od května 2003 však FightAIDS @ Home není spojován s Entropií,[3] a 21. listopadu 2005 se projekt přesunul do Světová komunitní mřížka a software Entropia byl opuštěn.[4]
Výzkumný ústav Scripps zveřejnil svůj první recenzovaný vědecký článek o výsledcích FightAIDS @ Home 21. dubna 2007.[5] Tento článek vysvětluje, že dosavadní výsledky budou primárně použity ke zlepšení efektivity budoucích výpočtů FightAIDS @ Home.[6]
Dne 3. února 2010 projekt oznámil, že našel dvě sloučeniny, které umožňují zcela novou třídu léků proti AIDS: „dvě sloučeniny, které působí na nová vazebná místa pro enzym používaný virem lidské imunodeficience (HIV), virem který způsobuje AIDS. Tento objev položí základy pro vývoj nové třídy léků proti HIV, aby se zdokonalily stávající terapie, léčily kmeny nemoci odolné vůči lékům a zpomalil vývoj rezistence vůči virům. “
Požadavky na systém
Minimální systémové požadavky pro spuštění FightAIDS @ home jsou:[7]
Paměť | 250 MB |
---|---|
Pevný disk | 50 MB |
Počítačová grafika | volitelný |
Internet spojení |
S distribuovaným výpočtem každý přidaný počítač akceleruje projekt, zatímco program má malý dopad na výkon stroje, kde je nainstalován, protože proces výpočtu lze nastavit tak, aby běžel na pozadí s minimální prioritou.
Publikace
- Chang, Max W .; Lindstrom, William; Olson, Arthur J .; Belew, Richard K. (2007). „Analýza struktur HIV divokého typu a mutantních struktur prostřednictvím dokování Silico proti různým knihovnám ligandů“ (PDF). J. Chem. Inf. Modelka. 47 (3): 1258–1262. doi:10.1021 / ci700044s. PMID 17447753.
- Perryman, A .; Santiago, D .; Forli, S .; Santos-Martins, D .; Olson, A. (2014), „Virtuální screening s AutoDock Vina a běžným farmakoforem pro knihovnu fragmentů s nízkou diverzitou a zásahy proti třem alosterickým místům HIV integrázy: účast na výzvě vazby protein-ligand SAMPL4“, Journal of Computer-Aided Molecular Design, 28 (4): 429–441, doi:10.1007 / s10822-014-9709-3, PMC 4053500, PMID 24493410
Viz také
Reference
- ^ FightAIDS @ Home, vyvoláno 4. října 2015
- ^ FightAIDS @ Home - Fáze 2, vyvoláno 4. října 2015
- ^ „Hodná příčina: Bojujte proti AIDS na domácím počítačovém projektu“. FuturePundit. 2003-12-01. Citováno 2007-08-08.
- ^ „FightAIDS @ Home“. Výzkumný ústav Scripps. Citováno 2007-08-08.
- ^ Chang, Max W .; William Lindstrom; Arthur J. Olson; Richard K. Belew (2007-04-21). „Analýza struktur HIV divokého typu a mutantních struktur prostřednictvím dokování Silico proti různým knihovnám ligandů“. J. Chem. Inf. Modelka. 47 (3): 1258–1262. doi:10.1021 / ci700044s. PMID 17447753. Citováno 2007-07-30.
- ^ „FightAIDS @ Home News Volume 3“ (PDF). Výzkumný ústav Scripps. 2007-05-10. Citováno 2007-07-30.
- ^ "Požadavky na systém". Pomoc. Světová komunitní mřížka. Citováno 2015-10-04.