Proteins @ home - Proteins@home

Proteins @ home („Proteiny doma“) byl jedním z mnoha distribuované výpočty projekty, které využívaly BOINC architektura. Projekt byl realizován Katedrou biologie v Brně École Polytechnique. Projekt byl zahájen 28. prosince 2006 a skončil v červnu 2008.

Účel

Proteins @ Home byla rozsáhlá nezisková organizace predikce proteinové struktury projekt využívající distribuované výpočty k provádění mnoha výpočtů v malém čase. Z jejich webových stránek:

Aminokyselinová sekvence proteinu určuje jeho trojrozměrnou strukturu, neboli „záhyb“. Naopak, trojrozměrná struktura je kompatibilní s velkou, ale omezenou sadou aminokyselinových sekvencí. Výčet povolených sekvencí pro daný záhyb je znám jako „problém skládání inverzního proteinu“. Pracujeme na vyřešení tohoto problému u velkého počtu známých proteinových záhybů (reprezentativní podskupina: asi 1 500 záhybů). Nejnákladnějším krokem je vytvoření databáze energetických funkcí, které popisují všechny tyto struktury. U každé struktury uvažujeme všechny možné sekvence aminokyselin. Překvapivě je to výpočtově přijatelné, protože naše energetické funkce jsou součty přes dvojice interakcí. Jakmile je to hotové, můžeme rychle a efektivně prozkoumat prostor aminokyselinových sekvencí a zachovat ty nejpříznivější sekvence. Toto rozsáhlé mapování prostoru proteinových sekvencí bude mít aplikace pro predikci struktury a funkce proteinů, pro pochopení vývoje proteinů a pro navrhování nových proteinů. Vstupem do projektu pomůžete vybudovat databázi energetických funkcí a posunout důležitou oblast vědy s potenciálními biomedicínskými aplikacemi.

Statistika

25. března 2007 se na Proteins @ Home aktivně podílelo 6040 z 9548 uživatelů, přičemž přispělo celkem 10405 z 15381 počítačů. Ve 100 zemích působilo přibližně 479 aktivních týmů.

Viz také

Řada dalších distribuované výpočty Projekty také přispívají k myšlence skládání bílkovin. Některé z těchto projektů jsou:

externí odkazy