Rychlé statistické vyrovnání - Fast statistical alignment
| Vývojáři | Robert Bradley (UC Berkeley ), Colin Dewey (UW Madison ), Lior Pachter (UC Berkeley ) |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 1.5.2 |
| Operační systém | UNIX, Linux, Mac |
| Typ | Bioinformatický nástroj |
| Licence | Otevřený zdroj |
FSA je vícenásobné zarovnání sekvence program pro srovnávání mnoha proteinů nebo RNA nebo dlouhých genomových sekvencí DNA. Spolu s SVAL a MAFFT „FSA je jedním z mála programů pro zarovnávání sekvencí, které mohou srovnávat datové sady se stovkami nebo tisíci sekvencí. FSA používá jiné optimalizační kritérium, které mu umožňuje spolehlivěji identifikovat nehomologní sekvence než tyto jiné programy, i když tato zvýšená přesnost přichází za cenu snížené rychlosti.
FSA se v současné době používá pro projekty zahrnující sekvenování nových genomů červů a analýzu in vivo transkripční faktor vázající se na mouchy.
Vstup výstup
Tento program přijímá sekvence v Formát FASTA a výstupy zarovnání v Formát FASTA nebo Stockholmský formát.
Reference
Bradley RK, Roberts A, Smoot M, Juvekar S, Do J, Dewey C, Holmes I, Pachter L. (2009). „Rychlé statistické vyrovnání“. PLOS výpočetní biologie. 5 (5): e1000392. Bibcode:2009PLSCB ... 5E0392B. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000392. PMC 2684580. PMID 19478997.