Experimentální faktorová ontologie - Experimental factor ontology

Experimentální faktorová ontologie
Logo Ontlogy of Experimental Factor.gif
Obsah
PopisBiomedicínská ontologie
Typy dat
zajat		Experimentální a ukázkové proměnné
OrganismyNásobek
Kontakt
Výzkumné centrumEvropská laboratoř molekulární biologie
LaboratořEvropský bioinformatický institut
Primární citace[1]
Přístup
webová stránkaEFO
Stáhnout URLStáhnout ontologii
Sparql koncový bodPlatforma EBI RDF
Nástroje
Webhttp://www.ebi.ac.uk/efo
Smíšený
Uvolnění dat
frekvence		měsíční
Kurátorská politikaRučně kurátor, dolování textu

Experimentální faktorová ontologie, také známý jako EFO, je otevřený přístup ontologie z experimentální proměnné zejména ty, které se používají v molekulární biologie.[1] Ontologie zahrnuje proměnné, které zahrnují aspekty nemoci, anatomie, typ buňky, buněčné linie, chemické sloučeniny a test informace. EFO je vyvíjen a udržován na EMBL-EBI jako průřezový zdroj pro účely kurace, dotazování a integrace dat[2] ve zdrojích, jako je Ensembl,[3] ChEMBL a Atlas výrazů.[4]

Rozsah a přístup

Původním cílem EFO bylo popsat experimentální proměnné ve zdroji EBI Expression Atlas.[1][4] Jednalo se primárně o nemoc, anatomické oblasti a typy buněk. Do prosince 2013 se rozsah rozšířil o několik dalších zdrojů EMBL-EBI a několik externích projektů včetně CellFinder,[5] buněčné linie z ZAKÓDOVAT projekt a fenotyp k informacím SNP v NHGRI Katalog publikovaných studií asociace pro celý genom.[6]

EFO využívá stávající biomedicínské ontologie z Otevřené biomedicínské ontologie shromažďování za účelem zlepšení interoperability s jinými zdroji, které mohou také využívat stejné ontologie, jako je ChEBI[7] a Ontologie pro biomedicínská vyšetřování.

Všechna data v databázi jsou nechráněná nebo jsou odvozena z nechráněného zdroje. Je tedy volně přístupný a dostupný komukoli. Kromě toho je každá datová položka plně vysledovatelná a výslovně odkazuje na původní zdroj.

Údaje EFO jsou k dispozici prostřednictvím veřejného webového rozhraní, webové služby BioPortal hostované v Národním centru pro biomedicínskou ontologii (NCBO)[8] a stahování.

Viz také

Reference

  1. ^ A b C Malone, J .; Holloway, E .; Adamusiak, T .; Kapushesky, M .; Zheng, J .; Kolesnikov, N .; Zhukova, A .; Brazma, A .; Parkinson, H. (2010). "Modelování vzorových proměnných pomocí experimentální faktorové ontologie". Bioinformatika. 26: 1112–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btq099. PMC  2853691. PMID  20200009.
  2. ^ Brooksbank, C .; Bergman, M. T.; Apweiler, A .; Birney, E .; Thornton, J. = (2014). „Zdroje dat Evropského bioinformatického institutu 2014“. Výzkum nukleových kyselin. 42: D18 – D25. doi:10.1093 / nar / gkt1206. PMC  3964968. PMID  24271396.
  3. ^ Flicek, P. (2014). „Ensembl 2014“. Výzkum nukleových kyselin. 42: D749 – D755. doi:10.1093 / nar / gkt1196. PMC  3964975. PMID  24316576.
  4. ^ A b Kapushesky, M .; Emam, já; Holloway, E; Kurnosov, P; Zorin, A; Malone, J; Rustici, G; Williams, E; Parkinson, H; Brazma, A (2010). „Atlas genové exprese v Evropském institutu pro bioinformatiku“. Výzkum nukleových kyselin. 38: D690 – D698. doi:10.1093 / nar / gkp936. PMC  2808905. PMID  19906730.
  5. ^ Seltmann, S. (2014). „CELDA - ontologie pro komplexní zastoupení buněk ve složitých systémech“. BMC bioinformatika. 14: 228. doi:10.1186/1471-2105-14-228. PMC  3722091. PMID  23865855.
  6. ^ Welter, D. (2014). „Katalog NHGRI GWAS, kurátorský zdroj asociací zvláštností SNP“. Výzkum nukleových kyselin. 42: D1001 – D1006. doi:10.1093 / nar / gkt1229. PMC  3965119. PMID  24316577.
  7. ^ De Matos, P .; Alcantara, R .; Dekker, A .; Ennis, M .; Hastings, J .; Haug, K .; Spiteri, I .; Turner, S .; Steinbeck, C. (2009). „Chemické entity biologického zájmu: aktualizace“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D249–54. doi:10.1093 / nar / gkp886. PMC  2808869. PMID  19854951.
  8. ^ „NCBO BioPortal“. Stanfordská Univerzita. Citováno 4. dubna 2014.

externí odkazy