EMAGE - EMAGE

EMAGE
Logo EMAGE.png
Obsah
PopisAtlas genové exprese e-Mouse
Organismymyš
Kontakt
Výzkumné centrumJednotka lidské genetiky MRC
Primární citacePMID  19767607
Přístup
webová stránkaemouseatlas.org/ emage/
Smíšený
LicenceLicence Creative Commons Attribution 3.0

EMAGE (e-Mouse Atlas of Gene Expression[poznámka 1]) je online biologická databáze z genová exprese data ve vyvíjející se myši (Mus musculus ) embryo.[1][2][3] Data uchovávaná v EMAGE jsou prostorově anotována do rámce 3D modelů myších embryí produkovaných EMAP (e-Mouse Atlas Project). Tyto prostorové anotace umožňují uživatelům dotazovat se na EMAGE podle prostorového vzoru i podle názvu genu, termínu anatomie nebo Gene Ontology (GO) období. EMAGE je volně dostupný webový zdroj financovaný z Rada pro lékařský výzkum (UK) a založené na Jednotka lidské genetiky MRC v Ústavu genetiky a molekulární medicíny, Edinburgh, Velká Británie.

Obsah

EMAGE obsahuje in situ hybridizace, imunohistochemie, a in situ reportér (např. knock-in a genová past ) údaje. To zahrnuje celý data, sekce data a plný 3D OPT (Optická projekční tomografie ) údaje. Tým genové exprese mapuje do nebo na standardní modely biokurátory pomocí softwaru na zakázku. Kromě prostorových anotací jsou data EMAGE také textově anotována, aby poskytly textový popis vzorových výrazů. Tato textová anotace se provádí ve spolupráci s Databáze genových expresí MGI (GXD) pomocí ontologie anatomie myší EMAP.

Data EMAGE pocházejí primárně z recenzovaných, publikovaných článků v časopisech a z rozsáhlých obrazovek, ale také z přímých příspěvků z výzkumů pracujících v této oblasti. Aby bylo možné zahrnout do EMAGE, není nutné data zveřejňovat, ale EMAGE je spravovaná databáze. Biokurátoři kontrolují přesnost metadat obsažených v položkách databáze a také provádějí prostorové anotace dat.

Položky EMAGE jsou navrženy tak, aby dodržovaly Minimální specifikace informací pro hybridizace in situ a imunohistochemické experimenty (MISFISHIE)[4] specifikace, a jako takové obsahují informace o publikaci zadavatele / autora, detekčním činidle, přípravě zkušebního vzorku a experimentálních postupech, jakož i původní datové obrázky a prostorové a textové anotace. Položky EMAGE také obsahují odkazy na různé související zdroje založené buď na testovaném genu, nebo na samotném testu.

Viz také

Reference

  1. ^ Richardson L, Venkataraman S, Stevenson P a kol. (Leden 2010). "Databáze prostorové genové exprese myšího embrya EMAGE: aktualizace 2010". Nucleic Acids Res. 38 (Problém s databází): D703–9. doi:10.1093 / nar / gkp763. PMC  2808994. PMID  19767607.
  2. ^ Venkataraman S, Stevenson P, Yang Y a kol. (Leden 2008). „EMAGE - Edinburgh Mouse Atlas of Gene Expression: 2008 update“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D860–5. doi:10.1093 / nar / gkm938. PMC  2238921. PMID  18077470.
  3. ^ Christiansen JH, Yang Y, Venkataraman S, et al. (Leden 2006). „EMAGE: prostorová databáze vzorů genové exprese během vývoje myších embryí“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D637–41. doi:10.1093 / nar / gkj006. PMC  1347369. PMID  16381949.
  4. ^ Deutsch E W; et al. (Březen 2008). „Minimální specifikace informací pro hybridizace in situ a imunohistochemické experimenty (MISFISHIE)“. Přírodní biotechnologie. 26 (3): 305–312. doi:10.1038 / nbt1391. PMC  4367930. PMID  18327244.
Poznámky
  1. ^ Historicky byl EMAGE zkratkou pro Edinburgh Myší atlas genové exprese.

externí odkazy