ELP4 - ELP4

ELP4
Identifikátory
Aliasy	ELP4, AN, C11orf19, PAX6NEB, PAXNEB, dJ68P15A.1, helongator acetyltransferase complex subunit 4, AN2
Externí ID	OMIM: 606985 MGI: 1925016 HomoloGene: 32433 Genové karty: ELP4
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 11 (lidský)
Konec	31,790,324 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita histon acetyltransferázy; • Vazba na jádro RNA polymerázy II; • aktivita regulátoru fosforylázy kinázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny;
Buněčná složka	• cytoplazma; • Komplex prodlužovacího holoenzymu; • komplex histon-acetyltransferáza; • komplex faktoru prodloužení transkripce; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • prodloužení transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce, DNA-šablony; • acetylace histonu H3; • transkripce, chráněná DNA; • acetylace histonu H4; • regulace aktivity proteinkinázy; • Modifikace kolísání uridinu tRNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	26610
	77766
	ENSG00000109911
	ENSMUSG00000027167
	Q96EB1
	Q9ER73
	NM_001288725; NM_001288726; NM_019040
	NM_023876
	NP_001275654; NP_001275655; NP_061913
	NP_076365
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Homolog pro prodloužení proteinu 4 (S. cerevisiae), také známý jako ELP4, je protein který je u lidí kódován ELP4 gen.^[4]^[5]^[6]

Funkce

Tento gen kóduje složku komplexu elongátoru šesti podjednotek, a histon acetyltransferáza komplex, který se přímo sdružuje s RNA polymeráza II v době transkripční prodloužení. Lidský gen může částečně doplňovat citlivost fenotypů delečních mutantů ELP4. Alternativně byly popsány sestřihané varianty, které kódují různé proteinové izoformy, ale byla určena úplná povaha pouze jedné.^[4]

Klinický význam

Ve studii publikované v únoru 2009 výzkumník spojil tento gen s nejběžnější formou člověka epilepsie, jmenovitě Rolandická epilepsie.^[7] Toto je první gen spojený s rolandickou epilepsií.

Pozadí

Bylo zjištěno, že děti s rolandickou epilepsií mají mutaci genu kódujícího Elongator Protein Complex 4, který se podílí na transkripci a modifikaci tRNA. Kromě toho je Elp4 potřebný pro histon acetyltransferáza (HAT) aktivita, díky které je DNA přístupnější pro transkripci. Nedostatek Elp4 / 5/6 nevedl k žádné aktivitě HAT. Důležitost aktivity HAT je iniciace transkripce a její pomoc RNA polymeráza II při prodloužení transkripce prostřednictvím drah závislých na chromatinu a acetyl-CoA.^[8] Ačkoli rolandická epilepsie (RE), která byla pozorována jako autozomálně dominantní s vysokou penetrací,^[9] se vyvíjí kolem 3 let a zmizí do 12 let věku, je třeba řešit vážné problémy, ke kterým dochází, když má dítě RE. Jedním z hlavních problémů, které mohou vzniknout z RE, je kognitivní porucha. Ačkoli kognitivní porucha pozorovaná u rolandické epilepsie má nejasnou etiologii, jedním přispívajícím faktorem může být zvýšená absorpce glukózy v kortikálních oblastech, zejména v asociativní kůře.^[10] Tyto změny ve vychytávání glukózy mohou nějak narušit proces učení a zabránit dítěti ve vytváření asociací nezbytných k učení se novým věcem, což je způsob, jakým se dosahuje většiny lidských učení. Mezi další faktory, které mohou přispět ke kognitivnímu poškození, patří frekvence záchvatů, abnormální elektrická aktivita mezi záchvaty a vedlejší účinky léků, abychom jmenovali jen několik.

Elongator Protein Complex (ELP) reguluje růst neuronů projekce kůry. To znamená, že pomáhá kortikálním neuronům vykazovat rozvětvení dendritů a radiální migraci neuronů za vzniku těsné pletené neurální sítě mozkové kůry.^[11] Pokud ELP nefunguje správně nebo není exprimován na správných úrovních (příliš nízkých), pak by zejména neurony v této oblasti nebyly správně umístěny ve vztahu k sobě navzájem pro správnou mozkovou aktivitu. Exprese ELP a zejména čtvrté podjednotky (ELP4) je příčinou Rolandické epilepsie a případně dalších kognitivních poruch v pozdějším životě, pokud je stav dostatečně závažný nebo pokud není léčen účinně.

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000109911 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: ELP4 elongation protein 4 homolog (S. cerevisiae)“.
^ Winkler GS, Petrakis TG, Ethelberg S, Tokunaga M, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Svejstrup JQ (srpen 2001). „Holoenzym prodlužovače RNA polymerázy II se skládá ze dvou samostatných subkomplexů“. J. Biol. Chem. 276 (35): 32743–9. doi:10,1074 / jbc.M105303200. PMID 11435442.
^ Kleinjan DA, Seawright A, Elgar G, van Heyningen V (únor 2002). "Charakterizace nového genu sousedícího s PAX6, odhalující zachování synteny s funkčním významem". Mamm. Genom. 13 (2): 102–7. doi:10.1007 / s00335-001-3058-r. PMID 11889558. S2CID 23006323.
^ Strug LJ, Clarke T, Chiang T a kol. (Leden 2009). „Centrotemporální ostrá vlna EEG vlastnost na mapách rolandické epilepsie k Elongator Protein Complex 4 (ELP4)“. Eur. J. Hum. Genet. 17 (9): 1171–81. doi:10.1038 / ejhg.2008.267. PMC 2729813. PMID 19172991.
^ Winkler GS, Kristjuhan A, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Svejstrup JQ (březen 2002). „Prodlužovač je histon H3 a H4 acetyltransferáza důležitá pro normální hladiny acetylace histonu in vivo“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (6): 3517–22. doi:10.1073 / pnas.022042899. PMC 122555. PMID 11904415.
^ Bali B, Kull LL, Strug LJ, Clarke T, Murphy PL, Akman CI, Greenberg DA, Pal DK (prosinec 2007). „Autosomálně dominantní dědičnost ostrých vln centrotemporální v rodinách s rolandickou epilepsií“. Epilepsie. 48 (12): 2266–72. doi:10.1111 / j.1528-1167.2007.01221.x. PMC 2150739. PMID 17662063.
^ Strug LJ, Clarke T, Chiang T, Chien M, Baskurt Z, Li W, Dorfman R, Bali B, Wirrell E, Kugler SL, Mandelbaum DE, Wolf SM, McGoldrick P, Hardison H, Novotny EJ, Ju J, Greenberg DA , Russo JJ, Pal DK (leden 2009). „Centrotemporální ostrá vlna EEG vlastnost na mapách rolandické epilepsie k Elongator Protein Complex 4 (ELP4)“. Eur. J. Hum. Genet. 17 (9): 1171–81. doi:10.1038 / ejhg.2008.267. PMC 2729813. PMID 19172991.
^ Creppe C, Malinouskaya L, Volvert ML, Gillard M, Close P, Malaise O, Laguesse S, Cornez I, Rahmouni S, Ormenese S, Belachew S, Malgrange B, Chapelle JP, Siebenlist U, Moonen G, Chariot A, Nguyen L (Únor 2009). „Elongator řídí migraci a diferenciaci kortikálních neuronů prostřednictvím acetylace alfa-tubulinu“. Buňka. 136 (3): 551–64. doi:10.1016 / j.cell.2008.11.043. PMID 19185337. S2CID 18351772.

Další čtení

Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). „Klonování DNA pomocí in vitro specifické specifické rekombinace“. Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R a kol. (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: Sekvenování a analýza 500 nových kompletních lidských cDNA kódujících proteiny“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Winkler GS, Petrakis TG, Ethelberg S a kol. (2001). „Holoenzym prodlužovače RNA polymerázy II se skládá ze dvou samostatných subkomplexů“. J. Biol. Chem. 276 (35): 32743–9. doi:10,1074 / jbc.M105303200. PMID 11435442.
Hawkes NA, Otero G, Winkler GS a kol. (2002). „Čištění a charakterizace komplexu lidského elongátoru“. J. Biol. Chem. 277 (4): 3047–52. doi:10,1074 / jbc.M110445200. PMID 11714725.
Kim JH, Lane WS, Reinberg D (2002). „Human Elongator usnadňuje transkripci RNA polymerázy II prostřednictvím chromatinu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (3): 1241–6. doi:10.1073 / pnas.251672198. PMC 122174. PMID 11818576.
Kleinjan DA, Seawright A, Elgar G, van Heyningen V (2002). "Charakterizace nového genu sousedícího s PAX6, odhalující zachování synteny s funkčním významem". Mamm. Genom. 13 (2): 102–7. doi:10.1007 / s00335-001-3058-r. PMID 11889558. S2CID 23006323.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Li F, Han QJ, Luo DH a kol. (2004). „[Elp4 podjednotka lidského komplexu Elongator částečně doplňuje růstové defekty kvasinkového delečního kmene ELP4]“. Yi Chuan Xue Bao. 31 (7): 668–74. PMID 15473317.
Wiemann S, Arlt D, Huber W a kol. (2004). „Od ORFeome k biologii: potrubí funkční genomiky“. Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I a kol. (2006). „Databáze LIFEdb v roce 2006“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D415–8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000109911 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-4] A ^b „Entrez Gene: ELP4 elongation protein 4 homolog (S. cerevisiae)“.

[pmid11435442-5] Winkler GS, Petrakis TG, Ethelberg S, Tokunaga M, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Svejstrup JQ (srpen 2001). „Holoenzym prodlužovače RNA polymerázy II se skládá ze dvou samostatných subkomplexů“. J. Biol. Chem. 276 (35): 32743–9. doi:10,1074 / jbc.M105303200. PMID 11435442.

[pmid11889558-6] Kleinjan DA, Seawright A, Elgar G, van Heyningen V (únor 2002). "Charakterizace nového genu sousedícího s PAX6, odhalující zachování synteny s funkčním významem". Mamm. Genom. 13 (2): 102–7. doi:10.1007 / s00335-001-3058-r. PMID 11889558. S2CID 23006323.

[7] Strug LJ, Clarke T, Chiang T a kol. (Leden 2009). „Centrotemporální ostrá vlna EEG vlastnost na mapách rolandické epilepsie k Elongator Protein Complex 4 (ELP4)“. Eur. J. Hum. Genet. 17 (9): 1171–81. doi:10.1038 / ejhg.2008.267. PMC 2729813. PMID 19172991.

[pmid11904415-8] Winkler GS, Kristjuhan A, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Svejstrup JQ (březen 2002). „Prodlužovač je histon H3 a H4 acetyltransferáza důležitá pro normální hladiny acetylace histonu in vivo“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (6): 3517–22. doi:10.1073 / pnas.022042899. PMC 122555. PMID 11904415.

[pmid17662063-9] Bali B, Kull LL, Strug LJ, Clarke T, Murphy PL, Akman CI, Greenberg DA, Pal DK (prosinec 2007). „Autosomálně dominantní dědičnost ostrých vln centrotemporální v rodinách s rolandickou epilepsií“. Epilepsie. 48 (12): 2266–72. doi:10.1111 / j.1528-1167.2007.01221.x. PMC 2150739. PMID 17662063.

[pmid19172991-10] Strug LJ, Clarke T, Chiang T, Chien M, Baskurt Z, Li W, Dorfman R, Bali B, Wirrell E, Kugler SL, Mandelbaum DE, Wolf SM, McGoldrick P, Hardison H, Novotny EJ, Ju J, Greenberg DA , Russo JJ, Pal DK (leden 2009). „Centrotemporální ostrá vlna EEG vlastnost na mapách rolandické epilepsie k Elongator Protein Complex 4 (ELP4)“. Eur. J. Hum. Genet. 17 (9): 1171–81. doi:10.1038 / ejhg.2008.267. PMC 2729813. PMID 19172991.

[pmid19185337-11] Creppe C, Malinouskaya L, Volvert ML, Gillard M, Close P, Malaise O, Laguesse S, Cornez I, Rahmouni S, Ormenese S, Belachew S, Malgrange B, Chapelle JP, Siebenlist U, Moonen G, Chariot A, Nguyen L (Únor 2009). „Elongator řídí migraci a diferenciaci kortikálních neuronů prostřednictvím acetylace alfa-tubulinu“. Buňka. 136 (3): 551–64. doi:10.1016 / j.cell.2008.11.043. PMID 19185337. S2CID 18351772.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]