Virus bez příznaků oslí orchideje - Donkey orchid symptomless virus - Wikipedia
| Virus bez příznaků oslí orchideje | |
|---|---|
Klasifikace virů  | |
| (bez hodnocení): | Virus |
| Oblast: | Riboviria |
| Království: | Orthornavirae |
| Kmen: | Kitrinoviricota |
| Třída: | Alsuviricetes |
| Objednat: | Tymovirales |
| Rodina: | Alphaflexiviridae |
| Rod: | Ptakopyuvirus |
| Druh: | Virus bez příznaků oslí orchideje |
Virus bez příznaků oslí orchideje (DOSV) byl poprvé objeven v Perth, Austrálie který se nachází na západní straně Austrálie. The Jihozápadní australská floristická oblast je velmi biologicky rozmanitý a na samotě pouště na východní a severovýchodní straně spolu s oceánem na jižní straně. Je domovem přibližně 8 000 lidí původní druhy rostlin kteří jsou zvyklí žít v Středomořské klima. Tento typ podnebí znamená, že se rostliny přizpůsobily životu neúrodná půda, sucho a vydrží časté požáry v oblasti. Z 394 pozemských orchidej druhů, 76 z těchto druhů je ohroženo. Důvody, které přispívají k ohrožení rostlin v této oblasti, mohou být způsobeny rychlostí reprodukce plodů, opylování nebo kontaktu s lidmi.[1]
Experimentální data
V průběhu let 2011–2013 provedli tři vědci studii o společné problematice oslí orchideje. Článek, který byl publikován v roce 2013, má název, Donkey Orchid Symptomless Virus: A Viral ‘Platypus’ from Australian Terrestrial Orchids. Prostřednictvím tohoto experimentu byli vědci schopni provést celou sekvenci genomu Virus bez příznaků oslí orchideje. Neobvyklá věc na tomto viru je, že nezpůsobuje viditelné příznaky infekce na orchidejích, proto název Virus bez příznaků oslí orchideje.[1]
Doposud se na ni dívalo pouze u australské pozemské orchideje Diuris longifolia, běžně nazývaná „osel obecný“ a další suchozemská orchidej, Caladenia latifolia (růžová víla orchidej). Rostliny rostly ve zbytku lesa v Perthu. Virus byl identifikován u 3 rostlin: 2 běžných oslích orchidejí (z nichž bylo testováno 264 rostlin) a jedné rostliny ze skupiny Caladenia latifolia (růžová víla orchidej), ve kterém bylo testováno 129. Oslí orchidej má ušní okvětní lístky, odkud pochází její název.[1]
DOSV se s největší pravděpodobností vyvinul v západní Austrálie protože to bylo dosud nalezeno pouze v orchidejích endemický do regionu, ale je možné, že mohl být přivezen do zámoří z jiného regionu, ale vědci si nejsou jisti, odkud pochází nebo jak to jde do Austrálie. Proto nikdo nezná vektor pro Virus bez příznaků oslí orchideje (hmyz, savec atd.).[1]
Od této chvíle je DOSV méně častý než jiné rostlinné viry, protože byl nalezen pouze u 2 běžných oslích orchidejí z 294, které byly testovány. Neobvyklost tohoto rostlinného viru může být způsobena malým počtem testovaných rostlin v této studii, specifickou oblastí, ze které byly rostliny testovány, nebo tím, že dva druhy orchidejí infikované DOSV nebyly dostatečně studovány. Společná oslí orchidej není ohrožena, což by mohlo znamenat spoustu věcí, včetně toho, že samotný virus má špatnou metodu vstupu, replikace atd. Vzácnost viru může být také způsobena neefektivním přenosem z rostliny na rostlinu nebo neznámou vektor by v této oblasti Austrálie mohlo být neobvyklé.[1]
Během experimentu, který byl proveden v letech 2011, 2012 a 2013, se to prokázalo lyofilizace (zmrazení listů testovaných rostlin) deaktivuje replikaci viru. V listech orchidejí, které byly zmrzlé, nebyl virus nalezen v RNA. V listech orchidejí, které nebyly zmrzlé, byl nalezen DOSV ve virové RNA.
Aby bylo možné posoudit, jak je DOSV rozptýlen mezi divokými rostlinami orchidejí v západní Austrálii, RT-PCR byl použit k analýze RNA odebrané z listů běžných oslích orchidejí a „dva páry primerů, které byly použity, byly DOSV8F5200 a DOSV8R6100; DOSV10F6800 a DOSV10R7700). “[1] Vědci proto byli schopni pozorovat, zda byl virus v RNA běžných oslích orchidejí, které byly testovány.[1]
Struktura virové klasifikace
Virus bez příznaků oslí orchideje je jednořetězcový RNA virus pozitivního smyslu. Virus je v pořádku Tymovirales a replika linie je Potexvirus -jako. Předpokládá se, že virion DOSV je spíše jakopružný ’ tvar tyče spíše než dvacetistěnu tvar.
The pohybové proteiny viru se zdá být úzce spjat s Furovirus, což je virus v rodině Virgaviridae. Tento virus také používá rostliny jako své hostitel a má bipartitní genom, stejně jako DOSV.
Genom
Virus má bipartitní genom, což znamená, že genom je segmentován na dvě části namísto pouze jedné části a genom je 7,8 kb ve velikosti.[Citace je zapotřebí ]
RNA z rostlin byla dříve extrahována, aby se zjistilo, zda RNA obsahuje virus. Odtud byli vědci schopni sekvenovat genom viru. Výsledky sekvenování dospěly k závěru, že genom obsahuje „7 otevřené čtecí rámce spolu s 5 'nepřekládanou oblastí a 3' UTR "(nepřekládanou oblastí).[1] 5’UTR a 3’UTR (146–147 nt na délku) nesdílejí žádnou identitu s žádným jiným známým virem, takže tyto oblasti genomu jsou specifické pro DOSV.[1]
Virus bez příznaků oslí orchideje má také domnělý obalový protein a pohybový protein. Pohybový protein v DOSV pomáhá viru přejít z infikované buňky do zcela zdravé buňky. To potom umožňuje viru infikovat zdravé buňky vstupem a převzetím mechanismu buňky k provedení translace viru mRNA spolu s replikací virového genomu. Jakmile se virus replikuje v buňce, může ji převzít a způsobit smrt buňky.
Vstup do buňky
Nebyl proveden žádný výzkum vstupu viru do rostlinných buněk, ale protože s tím úzce souvisí Furovirus, virus by mohl mít podobný způsob vstupu. Furovirus vstupuje do své cesty do rostlinné buňky pronikáním do plazmatická membrána a poté se virová RNA uvolní do cytoplazma buňky. Od této chvíle používá virus k provádění vlastní strojní zařízení buňky transkripce a replikace.
Replikace a přepis
O replikaci a transkripci není mnoho informací Virus bez příznaků oslí orchideje protože toho nebylo mnoho provedeno. Jak však bylo uvedeno výše, DOSV úzce souvisí s Furovirus který provádí transkripci a replikaci pomocí vlastního zařízení rostlinné buňky.
Replikáza v DOSV sdílí podobnou identitu s rostlinnými viry rodiny, Alphaflexiviridae, což jsou také (+) ssRNA viry, které jako svého hostitele používají rostliny. Viry v Alphaflexiviridae rodina vstupuje do rostlinných buněk a replikuje se stejným způsobem jako Furovirus.
Další virus, který je uvnitř Alphaflexiviridae a je velmi podobný DOSV je Ptakopyuvirus. Tento virus se replikuje podobně jako ostatní zmíněné viry (Furovirus) v tom, že proniká do buňky penetrací a replikace probíhá pomocí „virových továren“ v buňce.
Modulace hostitelských procesů / interakce s hostitelem
Nebylo provedeno mnoho výzkumů o přesné interakci s hostitelem nebo o tom, jak jsou ovlivněny procesy hostitele. Může to být způsobeno tím, že rostlinné viry nejsou tak intenzivně studováni jako zvířecí viry. Vědci však zjistili, že virus způsobuje, že se listy stanou nekrotický. Samotná rostlina nemusí nutně vykazovat viditelné příznaky zvenčí, ale uvnitř.[1]
Přidružené nemoci
Když se virus v rostlině replikuje, může způsobit infekci, která vedla k následujícím viditelným příznakům: zkreslení listů, mozaikové vzory na listech a zakrnění.
Tropismus
Ačkoli nebyl proveden výzkum reakce společné oslí orchideje na DOSV, vědci mít si všiml, že většina orchidejí v oblasti západního Austrálie se zdá být zdravá. Může to být způsobeno neúspěchem vektoru viru (který není znám) při infikování orchidejí, typem prostředí, ve kterém se orchideje nacházejí, nebo to může být způsobeno přežitím nejschopnějších mezi populací orchidejí.[1]
Reference
- ^ A b C d E F G h i j k Jones, Michael G. K .; Li, Hua; Wylie, Stephen J. (11.11.2013). „Virus Donkey Orchid Symptomless Virus: Virový„ ptakopysk “z australských suchozemských orchidejí“. PLOS ONE. 8 (11): e79587. Bibcode:2013PLoSO ... 879587W. doi:10.1371 / journal.pone.0079587. ISSN 1932-6203. PMC 3818234. PMID 24223974.