DGLUCY - DGLUCY
DGLUCY (D-glutamátcykláza) je protein že u lidí je kódován DGLUCY gen.[5]
Ortology
 | Tato sekce případně obsahuje původní výzkum. (Ledna 2011) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
Lidský gen, DGLUCY, je vysoce konzervovaný u savců a ptáků.[6] Ortology shromážděné z vyhledávání BLAST a BLAT odhalily, že sekvence lidské DGLUCY mRNA je konzervována se sekvenční identitou 98% v šimpanzi, 88% v myši a 81% v ptakopysk a kuře.[7][8] Následující tabulka obsahuje seznam ortologů, které byly získány z vyhledávání BLAST. Zarovnání sekvencí bylo provedeno pomocí blastn k odvození sekvenční identity, skóre a E-hodnot mezi lidskou mRNA varianty c14orf159 varianty 1 a jejími ortology.
| Rod a druh | Běžné jméno | NCBI přístupové číslo | Sekvenční délka (bp) | Sekvenční identita | Skóre | E-hodnota |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | NM_001102366 | 3164 | 100% | 0 | |
| Pan troglodyty | Šimpanz | XM_510121 | 2974 | 98% | 4281 | 0 |
| Mus musculus | Myš | NM_145448 | 3231 | 88% | 495 | 0 |
| Ornithorhynchus anatinus | Ptakopysk | XM_00154336.1 | 1962 | 81% | 217 | 0 |
| Gallus gallus | Kuře | XM_421319 | 3389 | 81 | 50 | 0 |
Bylo zjištěno, že protein, který kóduje lidský gen DGLUCY, je vysoce konzervovaný u savců, ptáků, obojživelníků, ryb, pláštěnci, cnidarians, a ostnokožci. U proteinu však nebyly nalezeny žádné proteinové ortology hlístice, členovci, houby, prvoci, rostliny, bakterie nebo archea. Houby a bakterie obsahují konzervovanou doménu DUF1445, která se nachází v lidském c14orf159 a v jeho ortologech. Hledání BLAST a BLAT bylo použito k nalezení ortologů k proteinu c14orf159. V následující tabulce jsou uvedeny proteinové ortology pro lidský protein se sekvenční identitou, podobností sekvence, skóre a hodnotami E odvozenými ze srovnání sekvencí blastp.[9]
| Rod a druh | Běžné jméno | NCBI přístupové číslo | Sekvenční délka-aminokyseliny | Sekvenční identita | Sekvenční podobnost | Skóre | E-hodnota |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | NP_001095839.1 | 564 | 100% | 100% | 0 | |
| Pan troglodyty | Šimpanz | XP_510121.2 | 724 | 557/621 (89%) | 561/621 (90%) | 1109 | 0 |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | EFB15996.1 | 585 | 413/585 (70%) | 461/585 (78%) | 824 | 0 |
| Rattus norvegicus | Krysa | XP_343096.2 | 618 | 423/618 (68%) | 470/618 (76%) | 774 | 0 |
| Mus musculus | Myš | NP_663423.2 | 617 | 414/623 (66%) | 468/621 (75%) | 796 | 0 |
| Equus caballus | Kůň | XP_001916913.1 | 581 | 390/585 (66%) | 433/585 (74%) | 728 | 6E-115 |
| Ornithorhynchus anatinus | Ptakopysk | XP_001514386.1 | 653 | 358/628 (57%) | 443/628 (70%) | 696 | 0 |
| Gallus gallus | Kuře | XP_421319.2 | 617 | 330/614 (53%) | 414/614 (67%) | 630 | 0 |
| Xenopus tropicalis | Západní drápá žába | CAJ82045.1 | 616 | 302/611 (49%) | 399/611 (65%) | 582 | 1E-170 |
| Danio rerio | Zebrafish | AAI244131.1 | 621 | 284/607 (46%) | 386/607 (63%) | 530 | 6E-155 |
| Branchiostoma floridae | Lancelet | XP_002612376.1 | 615 | 237/611 (38%) | 334/611 (54%) | 397 | 6E-115 |
| Ciona intestinalis | Váza tunikát | XP_001173256 | 486 | 161/501 (32%) | 241/501 (48%) | 244 | 5E-69 |
| Strongylocentrotus purpuratus | Kalifornský fialový mořský ježek | XP_782739.1 | 631 | 9/33 (27%) | 15/33 (45%) | 320 | 5E-87 |
| Nematostella vectensis | Hvězdicová sasanka | XP_001637867 | 529 | 134/501 (26%) | 211/501 (42%) | 120 | 1E-31 |
Posttranslační modifikace
Předpokládá se proteinový produkt genu DGLUCY[5] a byl nalezen[10][11] být přemístěn na mitochondrie.
Pro protein DGLUCY se predikují posttranslační modifikace. Všechna predikovaná místa v humánní DGLUCY byla porovnána s ortology za použití vícenásobného seřazení sekvencí k určení pravděpodobnosti modifikace.[12][13][14][15][16]
Nařízení
Estrogenový receptor alfa, v přítomnosti estradiol, váže se na gen DGLUCY a pravděpodobně reguluje jeho expresi.[17]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000133943 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000021185 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Entrez Gene: C14orf159 chromozom 14 otevřený čtecí rámec 159“.
- ^ VÝBUCH. NCBI. zpřístupněno 19. dubna 2010. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ Webové stránky UCSC Genome Browser, BLAT. zpřístupněno 10. dubna 2010.
- ^ VÝBUCH. NCBI. zpřístupněno 19. dubna 2010.
- ^ Blastp. NCBI. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ Mehrle A, Rosenfelder H. „RZPD CloneID DKFZp686J0759“. LifeDB: Databáze pro lokalizaci, interakci, funkční testy a expresi proteinů. Německé centrum pro výzkum rakoviny.
- ^ Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (říjen 2004). „Od ORFeome k biologii: potrubí funkční genomiky“. Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- ^ Predikce glykosylace v lidském proteomu a korelace s funkcí proteinu. Gupta, R. a S. Brunak. Pacific Symposium on Biocomputing, 7: 310-322, 2002 <http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/ >.
- ^ Lokalizace proteinů v buňce pomocí TargetP, SignalP a souvisejících nástrojů Olof Emanuelsson, Søren Brunak, Gunnar von Heijne, Henrik Nielsen Nature Protocols 2, 953-971 (2007) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/.
- ^ Skenování dostupného proteomu Dictyostelium discoideum na místa glykosylace O-vázaných GlcNAc pomocí neuronových sítí. R. Gupta, E. Jung, A.A. Gooley, K.L. Williams, S. Brunak a J. Hansen. Glycobiology: 9 (10): 1009-22, 1999 http://www.cbs.dtu.dk/services/DictyOGlyc/.
- ^ Analýza a predikce glykace proteinů savců. Morten Bo Johansen, Lars Kiemer a Søren Brunak Glycobiology, 16: 844-853, 2006 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGlycate/.
- ^ Sulfinátor. Expasní nástroje. 2010. http://expasy.org/tools/sulfinator/.
- ^ Creekmore AL, Ziegler YS, Bonéy JL, Nardulli AM (březen 2007). „Estrogenový receptor α reguluje expresi genu asociovaného s kruhovou doménou 1 (BARD1) s rakovinou prsu prostřednictvím intronové sekvence DNA“. Mol. Buňka. Endokrinol. 267 (1–2): 106–15. doi:10.1016 / j.mce.2007.01.001. PMC 1933484. PMID 17275994.
externí odkazy
- Člověk C14orf159 umístění genomu a C14orf159 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Další čtení
- Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). „Klonování DNA pomocí in vitro specifické specifické rekombinace“. Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R a kol. (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: Sekvenování a analýza 500 nových kompletních lidských cDNA kódujících proteiny“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E a kol. (2003). „Iniciativa Secreted Protein Discovery Initiative (SPDI), rozsáhlá snaha o identifikaci nových lidských sekretovaných a transmembránových proteinů: hodnocení bioinformatiky“. Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10,1101 / gr. 1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Cheng J, Kapranov P, Drenkow J a kol. (2005). "Transkripční mapy 10 lidských chromozomů v rozlišení 5 nukleotidů". Věda. 308 (5725): 1149–54. Bibcode:2005Sci ... 308.1149C. doi:10.1126 / science.1108625. PMID 15790807.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y a kol. (2006). „Diverzifikace transkripční modulace: identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů ve velkém měřítku“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I a kol. (2006). „Databáze LIFEdb v roce 2006“. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D415–8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.