CollecTF - CollecTF
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | databáze experimentálně ověřených míst vázajících TF |
| Organismy | bakterie |
| Kontakt | |
| Autoři | Kılıç a kol. (2014) [1] |
| Primární citace | PMID 24234444 |
| Datum vydání | 2013 |
| Přístup | |
| Datový formát | FASTA, CSV, ARFF |
| webová stránka | sbírat compbio |
| Stáhnout URL | [1] |
CollecTF je databáze transkripční faktor vazebná místa v doméně Bakterie.[1]
Sestavuje se CollecTF pouze experimentálně ověřená místa vázající TF. Toho je dosaženo manuálním kurátorem recenzované literatury se zvláštním zaměřením na experimentální proces používaný k identifikaci TF-vazebných míst.
Položky CollecTF se pravidelně zasílají NCBI pro integraci do RefSeq dokončit záznamy genomu jako funkce propojení, maximalizovat viditelnost dat a obohatit anotaci souborů RefSeq o regulační informace. Ve snaze usnadnit komparativní genomiku a strojové učení analýz regulačních interakcí, ve svém počátečním vydání poskytuje CollecTF celooborové pokrytí dvou rodin TF (LexA a Srst ), stejně jako rozsáhlé zastoupení pro klinicky důležitou bakteriální rodinu, Vibrionaceae.
Reference
- ^ A b Kilic, S .; White, E. R .; Sagitova, D. M .; Cornish, J. P .; Erill, I. (14. listopadu 2013). „CollecTF: databáze experimentálně validovaných míst vázajících transkripční faktory v bakteriích“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (D1): D156 – D160. doi:10.1093 / nar / gkt1123. PMC 3965012. PMID 24234444.