Chordate genomics - Chordate genomics
Chordate genomics je studium vývoje strunat clade na základě srovnání genomy několika druh v kladu. Pole závisí na datech celého genomu (celá Sekvence DNA ) organismů. Využívá srovnání synteny bloky, translokace chromozomů a další genomové přesmyky za účelem určení evoluční historie kladu a rekonstrukce genomu zakládajícího druhu.
Výsledek
Fylogeneze
Hluboké větvení strunatců fylogeneze byl objasněn chordátovou genomikou.[1] Chordate genomics ukazuje, že Lancelety jsou nejzákladnějším živým kladu v strunatcích, zatímco Pláštěnky jsou sesterské clade k Craniata.
Synteny
Srovnání genomů Lancelet Branchiostoma floridae, a Ryba, kuře Gallus gallus, a lidé Homo sapiens odhalila rozsáhlé makro-synteny s malou nebo žádnou mikrosyntézou. To znamená, že napříč kordem Chordate se nacházejí stejné geny seskupené blízko sebe, ačkoli pořadí genů v klastrech bylo zamícháno.[2] V lidském genomu je 135 identifikovatelných segmentů, které si zachovávají synteny s chordátem předků karyotyp.
Syntenická analýza naznačuje, že u posledního společného předka Chordatů bylo 17 chromozomů.[3]
Duplikace genomu
Několik řad experimentálních důkazů silně naznačuje, že dvakrát v linii vedoucí k teleost Ryba genom předků Chordate byl duplikován.[4][5][6][7] Srovnání genomů Lancelet Branchiostoma floridae, pláštěnci Ciona intestinalis a Oikopleura dioica, mihule Petromyzon marinus, Ryba Fugu rubripes a Gasterosteus aculeatus, kuře Gallus gallus, a člověk Homo sapiens potvrdil, že dva duplikace celého genomu došlo v rané historii Obratlovců clade.[8]
Reference
- ^ „Amphioxus genom a vývoj strunatého karyotypu.“ Nicholas H. Putnam, et al. Příroda 453 1064-1071, (2008)
- ^ „Amphioxus genom a vývoj strunatého karyotypu.“ Nicholas H. Putnam, et al. Příroda 453 1064-1071, (2008)
- ^ „Amphioxus genom a vývoj strunatého karyotypu.“ Nicholas H. Putnam, et al. Příroda 453 1064-1071, (2008)
- ^ „Analýza genů mihule a hagfish odhaluje složitou historii duplikace genů během raného vývoje obratlovců.“ H. Excriva, et al., Mol. Biol. Evol. 19, 1440-1450 (2002)
- ^ „Duplikace genomu v rybách telesostu Tetraodon nigroviridis odhaluje časný proto-karyotyp obratlovců. “O. Jaillon, et al., Příroda 431, 946-957 (2004)
- ^ „Nové důkazy o duplikacích v celém genomu u původu obratlovců pomocí genové sady amphioxus a dokončených zvířecích genomů.“ G. Panopoulou, et al. Genome Res. 13, 1056-1066 (2003)
- ^ "Fugu analýza genomu poskytuje důkazy o duplikaci celého genomu brzy v průběhu vývoje paprskovitých ryb. “A. Christoffeles, et al. Mol. Biol. Evol. 21, 1146-1151 (2004)
- ^ „Amphioxus genom a vývoj strunatého karyotypu.“ Nicholas H. Putnam, et al. Příroda 453 1064-1071, (2008)
![]() | Tento strunat související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |
![]() | Tento genetika článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |