Stránka Chi - Chi site

A Stránka Chi nebo Chi sekvence je krátký úsek DNA v genom a bakterie poblíž kterého homologní rekombinace je pravděpodobnější než v průměru v genomu. Chi stránky slouží jako stimulátory DNA oprava dvojitého vlákna v bakteriích, z nichž mohou vzniknout záření nebo chemickým ošetřením nebo výsledkem replikační vidlice zlomení během replikace DNA. The sekvence místo Chi je jedinečné pro každou skupinu blízce příbuzných organismů; v E-coli a další enterické bakterie, jako je Salmonella, je základní sekvence 5' -GCTGGTGG-3' plus důležité nukleotidy asi 4 až 7 nukleotidů na 3 'stranu základní sekvence. Existence stránek Chi byla původně objevena v genomu bakteriofág lambda, a virus který infikuje E-coli, ale nyní je známo, že se v USA vyskytuje asi 1000krát E-coli genom.

Sekvence chi slouží jako signál pro RecBCD helicase-nukleáza který spouští významnou změnu v aktivitách tohoto enzymu. Když narazí na sekvenci Chi při odvíjení DNA, rozřízne RecBCD DNA o několik nukleotidů na 3 'stranu Chi, v rámci důležitých sekvencí uvedených výše; v závislosti na reakčních podmínkách je tento řez buď jednoduchým nickem na 3'-zakončeném řetězci, nebo změnou aktivity nukleázy z řezání 3'-zakončeného řetězce na řezání 5'-zakončeného řetězce. V obou případech je výsledná 3 'jednovláknová DNA (ssDNA) vázána více molekulami RecA protein, který usnadňuje "invazi řetězce", ve kterém je jedno vlákno homologní dvouvláknové DNA vytlačeno ssANA spojenou s RecA. Pramenná invaze vytvoří společnou molekulu DNA zvanou D-smyčka. Předpokládá se, že rozlišení D-smyčky nastává replikací aktivovanou 3 'koncem generovaným v Chi (ve D-smyčce). Alternativně lze D-smyčku převést na a Křižovatka Holliday řezáním D-smyčky a druhou výměnou řetězců DNA; spojení Holliday lze převést na lineární duplexní DNA řezáním spojení Holliday a ligací výsledných zářezů. Oba typy rozlišení mohou generovat molekuly rekombinantní DNA, pokud jsou dvě interagující DNA geneticky odlišné, stejně jako opravit původně rozbitou DNA.

Weby Chi jsou někdy označovány jako „horká místa pro rekombinaci“. Název „Chi“ je zkratkou CRossover hotspot instigátor. V odkazu na E-coli phage lambda, termín je někdy psán jako “χ stránky”, používat řecké písmeno chi; pro E-coli a další bakterie je termín „Chi“ správný.

Reference

  • Amundsen SK, Sharp JW, Smith GR (2016) RecBCD Enzyme "Chi Recognition" Mutants Recognize Chi Recombination Hotspots in the Right DNA Context. Genetics 204 (1): 139-52. PMID  27401752
  • Taylor AF, Amundsen SK, Smith GR (2016) Neočekávaná kontextová závislost DNA identifikuje nový determinant hotspotů rekombinace Chi. Nucleic Acids Res. 44 (17): 8216-28. PMID  27330137
  • Smith GR. (2012). Jak RecBCD enzym a Chi podporují opravu a rekombinaci rozbití DNA: pohled molekulárního biologa. Microbiol Mol Biol Rev. 76(2): 217-28. PMID  22688812
  • Dillingham MS, Kowalczykowski SC. (2008). Enzym RecBCD a oprava dvouřetězcových zlomů DNA. Microbiol Mol Biol Rev. 72(4): 642-671. PMID  19052323
  • Amundsen SK, Taylor AF, Reddy M, Smith GR. (2007). Mezipodjednotková signalizace v enzymu RecBCD, komplexním proteinovém stroji regulovaném horkými místy Chi. Genes Dev 21(24): 3296-3307. PMID  18079176
  • Stahl FW. (2005). Chi: Malá sekvence řídí velký enzym. Genetika 170(2): 487–493. PMID  15980270

externí odkazy