CheShift - CheShift
![]() | |
Stabilní uvolnění | 3.0 / 1. září 2013 |
---|---|
Úložiště | ![]() |
Napsáno | Krajta, HTML |
Operační systém | Cross-platform |
K dispozici v | Angličtina |
Typ | Bioinformatika |
Licence | Zdarma pro akademické použití |
webová stránka | cheshift |
CheShift-2 (vyslovuje se / tʃeʃɪft /) je aplikace vytvořená pro výpočet 13Cα a 13Cβ chemické posuny bílkovin a ověřit proteinové struktury. Je založen na výpočtech kvantové mechaniky 13Cα a 13Cβchemický posun jako funkce torzních úhlů (φ, ψ, ω a χ1, χ2) z 20. aminokyseliny.
CheShift-2 může vrátit seznam teoretických hodnot chemického posunu z a PDB soubor. Může také zobrazit 3D proteinový model založený na nahraném souboru PDB a hodnotách chemického posunu. 3D proteinový model je obarven pomocí pětibarevného kódu označujícího rozdíly mezi teoretickými a pozorovanými hodnotami chemických posunů. Rozdíly mezi pozorovanými a předpovězenými 13Cα a 13Cβ chemické posuny lze použít jako citlivou sondu, pomocí které detekují možné lokální chyby v proteinových strukturách.[1] Pokud obojí 13Cα a 13Cβ jsou poskytovány pozorované chemické posuny CheShift-2 se pokusí poskytnout seznam alternativních torzních úhlů bočního řetězce χ1 a χ2, které sníží rozdíly mezi pozorovanými a vypočítanými chemickými posuny, tyto hodnoty lze použít k opravě chyb v proteinových strukturách.[2]
CheShift-2 je přístupný online na http://www.cheshift.com nebo prostřednictvím PyMOL zapojit.
Viz také
Související software
externí odkazy
Reference
- ^ Martin, O. A., Vila, J. A. a Scheraga, H. A. (2012). „CheShift-2: grafické ověření proteinových struktur“. Bioinformatika. 28: 1538–1539. doi:10.1093 / bioinformatika / bts179. PMC 3356844. PMID 22495749.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Martin O.A. Arnautova Y.A. Icazatti A.A. Scheraga H.A. a Vila J.A. (2013). „Fyzikálně založená metoda k ověření a opravě chyb v proteinových strukturách“. PNAS. 110: 16826–16831. doi:10.1073 / pnas.1315525110. PMC 3801053. PMID 24082119.